蒙古入主中原之后，向中原各地派駐了不少蒙古軍隊。在元朝時期，這些軍隊在駐地基本上不從事生產(chǎn)，完全靠財政供養(yǎng)，屬于特權(quán)階級，但戰(zhàn)斗力退化也很快，并沒有蒙古早期那么強。到中后期，元朝稍微大規(guī)模的軍事行動，也基本上是依靠漢軍的，只是將領(lǐng)多數(shù)仍然是蒙古貴族子弟充任，漢人官吏基本上是承擔(dān)輔助功能，比如參謀軍事、籌集糧草等等這種任務(wù)。
到明朝興起，徐達率軍北伐中原的時候，蒙古軍隊在北伐主要是三個集團，但軍隊主體同樣已經(jīng)是漢人為主了，只是將領(lǐng)是蒙古貴族。而元順帝脫歡鐵木兒北逃時所帶的基本上都是蒙古貴族及其家屬，軍隊數(shù)量并不算太龐大，因為當時北京能夠用于作戰(zhàn)的軍隊實際上已經(jīng)沒有多少了，尤其是蒙古人，這時候在北京附近并沒有比較大的集團。
跟隨元順帝及其他將領(lǐng)分別退出中原的幾個大的軍事集團，因為其中漢人比較多，而這些人在逃到蒙古草原之后，并不適應(yīng)當?shù)氐纳罘绞剑院髞碇鸩侥舷孪蛎鞒督盗?，比如關(guān)中地區(qū)的一個軍事集團，還有河西走廊的軍事集團，都是如此。所以北元重返草原之后，能夠依靠的主要軍事力量，一開始也是漢人為主，漢人逐步逃回中原地區(qū)或者南下投降明軍之后，北元才又依托原本留在草原的蒙古部落，重建了軍事力量。
而且，因為明初的多次北伐，不斷掃蕩北元的殘余勢力，窮追不舍，很快就控制了長城線以北原本適合農(nóng)耕的地區(qū)，讓蒙古人被迫繼續(xù)向北撤退，完全變成純粹的游牧民族，也就是恢復(fù)到入主中原之前的狀態(tài)。因此，北元并不控制長城線以北在當時的技術(shù)條件下能夠進行農(nóng)業(yè)種植的地區(qū)，只能退回草原，繼續(xù)游牧生活。
原本被元朝派駐內(nèi)陸各地的蒙古族軍隊，在明朝興起時，也基本上分別投降了明軍，之后逐步與當?shù)貪h人融合，變成了農(nóng)耕生活方式。尤其是在南方，因為長期遠離元朝中央政權(quán)，也遠離草原，所以在元順帝北逃的時候完全沒有機會、也沒有條件一起逃回蒙古草原，只能留在當?shù)?。這其中，除了蒙古人，還有一些被元朝從其它地方征調(diào)而來的其他民族的軍隊，也就是蒙古人說的色目人，比如畏吾爾人等，也基本上都在內(nèi)陸就地逐步融合了。
當然，也有一些地方仍然保持著聚居狀態(tài)，而且保持了一些本民族的生活習(xí)慣和文化風(fēng)俗，比如湖南就有一些畏吾爾人，還有云南的蒙古族，也是在元朝時期的梁王下屬的蒙古軍隊。而這些民族即使保留了原來的民族文化習(xí)俗，在生產(chǎn)方式上也基本上就地變成農(nóng)耕為主了。但總體來說，這樣的情況不太多，大多數(shù)蒙古人都逐步與當?shù)貪h人相互融合，失去了自己原來的民族特征，變成漢人了。
這和五胡十六國時期的匈奴、鮮卑、羯族、氐族、羌族情況一樣，也和遼國時期駐扎在漢地的契丹人一樣，和金朝時期的女真人的情況也一樣。原本跟隨王朝進入中原地區(qū)的人是本民族中文化上發(fā)展程度比較高的那部分人，但也正因此，他們在王朝衰落和滅亡之后，基本上都沒有返回原來的故地，而是留在當?shù)?，和漢人相互融合，變成了漢人的一部分?？梢哉f，這是入主中原的少數(shù)民族政權(quán)普遍的現(xiàn)象。
不過，這并不代表入主中原長達百年的時間，對蒙古就毫無影響，影響當然是非常大的。比如蒙古后來的語言中就包括了大量的漢語詞匯的音譯，比如漢語中的太子，就被蒙古帶回了草原，一個部落的王子們都會被稱為臺吉，而臺吉就是太子的音譯。這和遼國時期有令穩(wěn)、詳穩(wěn)一樣，實際上就是中原的令公、相公。
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