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DNA甲基化主要形成5－甲基胞嘧啶（5-mC）和少量的N6-甲基腺嘌呤（N6-mA）及7－甲基鳥嘌呤（7-mG）。DNA的甲基化可引起基因的失活，可引起染色質結構、DNA構象、DNA穩(wěn)定性及DNA與蛋白質相互作用方式的改變，從而控制基因表達。

根據(jù)研究水平，甲基化的檢測分為三種：基因組甲基化水平(MethylationContent)的分析，候選基因甲基化的分析以及基因組層次的DNA甲基化模式(Methylationpattern)與甲基化譜(Methylation Profiling)的分析。

基因組甲基化水平的分析主要采用HPLC或高效毛細管電泳法（HPCE）；候選基因甲基化分析采用甲基化敏感性限制性內切酶PCR/Southern法、重亞硫酸鹽測序法、甲基化特異性的PCR等方法；基因組范圍的DNA甲基化模式(Methylationpattern)與甲基化譜(MethylationProfiling)分析方法主要有：限制性標記基因組掃描、甲基化間區(qū)位點擴增等。

甲基化特異性的PCR（Methylation-specific PCR，MSP）：用亞硫酸氫鹽處理基因組DNA，所有未發(fā)生甲基化的胞嘧啶被轉化為尿嘧啶，而甲基化的胞嘧啶不變；隨后設計針對甲基化和非甲基化序列的引物進行PCR。如果用針對處理后甲基化DNA鏈的引物能得到擴增片段，則說明該位點存在甲基化。

亞硫酸氫鹽測序法（Bisulfite sequencing PCR，BSP）：該方法首先用重亞硫酸鹽使DNA中未發(fā)生甲基化的胞嘧啶脫氨基轉變成尿嘧啶，而甲基化的胞嘧啶保持不變，行PCR擴增所需片段，則尿嘧啶全部轉化成胸腺嘧啶，最后，對PCR產(chǎn)物進行測序并且與未經(jīng)處理的序列比較，判斷是否CpG位點發(fā)生甲基化。此方法是精確度很高，能明確目的片段中每一個CpG位點的甲基化狀態(tài)，但需要大量的克隆測序，過程較為繁瑣、昂貴。流程見上圖：

1.基因組DNAA超聲打斷至100-500bp的片段

2.DNA片段末端修復、3’端加A堿基，連接測序接頭。

3.采用 EZ DNA Methylattion-Gold kit 進行 Bisulfite 處理

4.脫鹽處理，PCR擴增后進行文庫片段大小選擇。

5.合格的文庫用于上機測序。

高分辨率熔解曲線法（High Resolution Melting，HRM）：在非CpG島位置設計一對針對亞硫酸氫鹽修飾后的DNA雙鏈的引物，這對引物中間的片段包含感興趣的CpG島。若這些CpG島發(fā)生了甲基化，用亞硫酸氫鹽處理后，未甲基化的胞嘧啶經(jīng)PCR擴增后轉變成胸腺嘧啶，而甲基化的胞嘧啶不變，樣品中的GC含量發(fā)生改變，從而導致熔解溫度的變化