伊凡四世臨終前任命了以皇儲費奧爾多的舅舅羅曼諾夫為首的攝政會議，會議的五位攝政大臣中就有戈東諾夫，除了因為他絕對忠于伊凡雷帝以外，他的妹妹伊琳娜還是費奧多爾之妻，也就是未來的皇后。伊凡雷帝死后，在幾位權臣的權力角逐中，戈東諾夫勝出，成為大權獨攬的攝政王。在費奧爾多在位的14年中，至少有13年是戈東諾夫在實際掌權。
1598年，沒有子嗣的沙皇費奧多爾病逝，留里克王朝后繼無人，就此滅亡。群臣無奈，只好立皇后伊琳娜為沙皇。伊琳娜不貪戀皇位，自己拒絕了沙皇寶座，落發(fā)修道院做了修女。最后東正教全俄大牧首約夫出來主政，暫時代理國家大權。這位約夫大牧首，正是當年俄羅斯從拜占廷東正教教廷中獨立出來時，在戈東諾夫的支持下成為首任大牧首的。約夫大牧首提出，應該選舉戈東諾夫為新的沙皇。除約夫大牧首首倡，很多貴族也期望戈東諾夫能夠出來收拾局勢：戈東諾夫在朝中的勢力龐大，他們和戈東諾夫家族利益關系錯綜復雜，加之戈東諾夫多年的苦心經營，沒有他的主持，朝政將很快就陷入一團混亂。這時候確實沒有比戈東諾夫更合適的人選。
經大貴族杜馬推舉和縉紳會議的選舉，戈東諾夫被推舉成為新的沙皇。戈東諾夫加冕成為沙皇打破了當時俄羅斯社會中君權神授的觀念，沙皇這個概念也不再神圣，要成為沙皇也無須皇族世代相傳，子承父位。秦失其鹿，英雄共逐之，這就為后來的動蕩年代埋下了伏筆。
戈東諾夫生于1551年，其祖先是韃靼的沒落貴族，十四世紀投奔莫斯科大公。伊凡雷帝消藩時期，提拔了一大批出身平凡、但對其忠心耿耿的青年軍官，其中就包括戈東諾夫父子。老戈東諾夫是禁軍中的一位將領，小戈19歲入伍，充任禁軍駐謝爾普霍夫要塞的馬弓手。因為父親的關系，20歲時被伊凡四世選中，擔任沙皇第三次大婚的伴郎，就在這一年他還娶伊凡雷帝的寵臣禁軍首領矮子斯庫拉托夫的女兒為妻。父親在禁軍中的地位以及聯(lián)姻獲得的關系，都為戈東諾夫個人地位上升打下堅實的基礎。
1578年，戈東諾夫被伊凡四世任命為御膳侍臣：這個任命體現了伊凡雷帝的極大信任，因為猜忌多疑的沙皇一直害怕別人投毒殺害他，擔任這個職務的人必須是沙皇絕對信任的人。1580年，戈東諾夫又被任命為沙皇寢宮御前侍臣，負責管理伊凡雷帝寢宮的事物。這都是戈東諾夫家族出身禁軍、絕對忠于沙皇的結果。同年，戈東諾夫的妹妹伊琳娜被沙皇選中，嫁給了弱智的皇子費奧多爾，戈東諾夫也因此被賜予大貴族爵位。
1581年，在亞歷山德羅夫行宮，伊凡雷帝在狂怒之中用權杖打中了皇儲伊萬的太陽穴。聞訊而來的戈東諾夫急忙用身體掩護皇儲，因而也被沙皇打傷。過了十天，重傷的皇儲伊萬不治身亡。從暴怒中清醒過來的伊凡雷帝悔恨交加，對戈東諾夫施以重賞，親自探視戈東諾夫的傷勢，并處死了背后散布謠言，說戈東諾夫裝病以蒙恩寵的大臣。戈東諾夫以絕對的忠誠再次贏得了沙皇的信任。皇儲的意外死亡，使得伊凡雷帝只能將弱智的費奧爾多立為皇儲。費奧爾多統(tǒng)治時期戈東諾夫成為朝中重臣，并在隨后激烈的宮廷斗爭中脫穎而出，執(zhí)掌大權。
1598年9月1日，戈東諾夫經“再三推辭”，最終也只能接受全俄縉紳會議推舉，“勉為其難”加冕成為沙皇。
加冕當天，莫斯科城中舉行了盛大的歡慶典禮。在酒酣耳熱之余，一向以言行
謹慎著稱的戈東諾夫興致頗高，不禁脫口對臣屬們發(fā)誓道：“約夫大牧首！有天為證，朕百年之內，必使天下無有貧疾者！”面對為這個誓言而瞠目的近侍們，戈東諾夫又抖著自己的襯衫領子，補充道：“豈曰無衣？與子同裳！”
戈東諾夫加冕之初的第一項執(zhí)政措施就是大赦天下。戈東諾夫下令：所有食俸祿者，可領取雙倍年薪，所有商人在兩年內免稅，外商在一年內免稅，地主們免除一年的地稅，所有地牢中的在押犯人被遷往有窗戶、可見日光的普通牢房并可領取津貼。但他同時也推進了俄羅斯農奴化進程，規(guī)定如果一個自由人為他人工作滿六個月以上，就淪為這個人的奴仆，還公布逃亡農奴的追捕期限為五年，這些規(guī)定為后來的農民起義埋下了火種。
戈東諾夫意識到俄羅斯的落后，認識到了科技發(fā)展對國家的重要意義。他是第一個向歐洲國家派出留學生的沙皇，主要留學國家被定為德國、英國、法國和奧地利。但第一批派遣留學生的經驗是失敗的：派出去的留學生全部留在了歐洲，沒有一個返回俄羅斯。
戈東諾夫派人到西歐國家，招聘宮廷醫(yī)生、礦業(yè)工程師等各類專業(yè)人才，并對前來俄羅斯效勞的外國專家予以重賞。在戈東諾夫的帶動下，從中東歐的立窩尼亞、德國等國也有大批商人和學者來到俄羅斯，俄軍中有大量德國、波蘭和立陶宛的雇傭兵服役，在莫斯科甚至還允許德國人建立起路德教會。
戈東諾夫被選為沙皇之后，俄羅斯國內部就不斷出現各種反對派，主要由原來和戈東諾夫同朝稱臣的大貴族們組成。他們對戈東諾夫由嫉妒轉而變?yōu)樵骱?，暗地里稱他是“皇奴”，意指他的禁軍和御前侍衛(wèi)出身。戈東諾夫覺察到了反對派的活動和心理，但他性格謹慎小心，不忍對以前的同事下狠手，沒能夠采取嚴厲的鎮(zhèn)壓措施，反而優(yōu)柔寡斷，虛與委蛇，安插了大量探聽消息的人，監(jiān)視大臣和貴族們的言行舉動。戈東諾夫執(zhí)政犯下主要錯誤就在于他沒能果斷地加固中央集權，斬草除根，而是采取收買奸細，重賞揭發(fā)自己主子的奴仆的辦法來打擊貴族們，這種做法導致了所謂的“寬嚴皆誤”，在眾多貴族奴仆中出現了大量的告密者，進一步招致了大貴族們的不滿和反對。此前并不反對戈東諾夫的費奧多爾羅曼諾夫、瓦西里舒伊斯基等人也遭到打壓，尤其是羅曼諾夫家族：費奧多爾和兒子米哈伊爾被剝奪爵位，強制送到修道院做修士。
1601年，俄羅斯發(fā)生大面積饑荒，連續(xù)三年顆粒無收，面包的價格上漲了百倍。三年里全國餓死的人口達數十萬，有些地方甚至發(fā)生人相食的慘劇，各地盜賊蜂擁而起。民間廣泛傳說是因為戈東諾夫篡位奪權，逆天而動，所以上天才給俄羅斯這樣重的懲罰。
為了挽救局勢，戈東諾夫下令在莫斯科開始向饑民發(fā)放金錢。這個決定是錯誤的，原因在于，金錢在饑荒時期并不能代替糧食。大量民眾涌向莫斯科，結果卻無糧可買，結局是餓殍遍野，尸枕于路。戈東諾夫發(fā)覺到自己的錯誤，把命令改為在莫斯科開倉放糧，賑濟饑民，結果是大量饑民舍棄家中為數不多的存糧，再次涌入莫斯科，很快國庫中的存糧被搶食一空，莫斯科再次餓殍遍野。
饑荒和沙皇對農奴的殘酷政策導致大量農奴的逃亡，這些農奴逃到南方和烏克蘭等地區(qū)，加入哥薩克起義。1604年終于有了收成，但是饑荒時期造反的各路強盜卻并未就此收手。在烏克蘭哥薩克首領的帶領下，哥薩克騎兵曾試圖北上進攻莫斯科，但很快被沙皇的軍隊擊潰。
1604年，傳來消息說，伊凡雷帝早已身亡的幼子季米特里竟然還活著，已經從波蘭立陶宛王國領兵前來進攻俄羅斯。這個自稱季米特里的人的身世在歷史上沒有明確的記載，但多數人認為他就是潛逃到波蘭的教士格里高利奧特列別夫。格里高利在修道院做教士的時候，曾聽人說起過被流放到烏格里奇的伊凡雷帝幼子季米特里被戈東諾夫殺害的傳言，故而產生了一個大膽計劃：自稱季米特里，爭奪俄羅斯皇位，歷史上稱其為“偽季米特里”。在遭到戈東諾夫追殺后，偽季米特里逃到波蘭，自稱就是僥幸逃生的季米特里，波蘭國王出于自己的政治目的，馬上就承認偽季米特里是伊凡雷帝的幼子，并給予資助，出動軍隊幫助偽季米特里復位。
1604年10月，偽季米特里在波蘭軍隊的保護下，率兵進入俄羅斯境內。對戈東諾夫不滿的大貴族們紛紛倒戈，向偽德米特里宣誓效忠，大量流亡農民也加入了他的隊伍。1605年1月份，戈東諾夫派別利斯基大公和督軍瓦西里舒伊斯基領兵，在多勃雷尼奇擊敗了偽季米特里，但偽德米特里再次組織起軍隊，向莫斯科進發(fā)。
1605年4月13日，戈東諾夫在宮中設午宴，款待外國使節(jié)。午宴過后，戈東諾夫走上陽臺，觀賞莫斯科城市風光。就在他走上陽臺的時候，突然七竅流血，昏迷過去。宮中御醫(yī)急忙趕來，但已無濟于事。據猜測，戈東諾夫也是被周圍近臣下毒謀殺的。戈東諾夫死后，莫斯科城中的貴族們向戈東諾夫的兒子宣誓效忠，擁戴其子成為新的沙皇。
戈東諾夫死后，俄羅斯進入了長達十余年的混亂時期。很快，偽季米特里在毫無抵抗的情況下，兵臨莫斯科城下。城中貴族開城請降，承認偽季米特里是伊凡雷帝的幼子并向他效忠。偽季米特里宣布，只要戈東諾夫家族的人還在沙皇位子上，他就不進城。于是城中的大貴族們聯(lián)合起來，殺害了戈東諾夫全家，戈東諾夫的女兒也被送給偽季米特里做妾。偽季米特里率軍進城，正式稱沙皇。
