ChIRP（Chromatin Isolation by RNA Purification）方法是斯坦福大學(xué)的研究人員在2011年首次介紹的。這種技術(shù)在lncRNA研究方面很有潛力，能夠定位與染色質(zhì)相關(guān)RNA發(fā)生相互作用的基因組位點(diǎn)。不過(guò)，實(shí)驗(yàn)方案比較復(fù)雜，需要來(lái)自不同供應(yīng)商的多種試劑。因此，只有實(shí)驗(yàn)高手才有信心開展這種分析。
這款名為Magna ChIRP? RNA Interactome Kit的一體化試劑盒簡(jiǎn)化了ChIRP的操作流程，讓所有實(shí)驗(yàn)室都能進(jìn)入這一領(lǐng)域。它提供了所有必需的緩沖液、酶和試劑以及陰性對(duì)照探針組，還有詳細(xì)的實(shí)驗(yàn)方案。第一次動(dòng)手的用戶則可以選擇EZ-Magna ChIRP? kit，它還帶有陽(yáng)性對(duì)照探針組和檢測(cè)引物，方便驗(yàn)證實(shí)驗(yàn)是否成功。
試劑盒利用even/odd多組探針設(shè)計(jì)，特異性地捕獲和檢測(cè)與RNA相互作用的DNA、RNA或蛋白，操作簡(jiǎn)便，靈敏度高，有助于研究人員發(fā)現(xiàn)新的分子機(jī)理和研究靶點(diǎn)。這種拆分的捕獲探針也避免了非特異性的信號(hào)，有助于明確鑒定特異性的相互作用。
具體的實(shí)驗(yàn)流程如下。首先是交聯(lián)和裂解細(xì)胞，超聲波處理，再加入生物素化的捕獲寡核苷酸，它們與互補(bǔ)的RNA序列結(jié)合。然后加入PureProteome?鏈霉親和素磁珠，強(qiáng)力拉下與目標(biāo)RNA結(jié)合的染色質(zhì)區(qū)域。在洗滌后，分離DNA、RNA或蛋白組分進(jìn)行進(jìn)一步的分析。
默克生命科學(xué)的負(fù)責(zé)人Patrick Schneider表示：“近年來(lái)，非編碼RNA已經(jīng)逐漸成為熱門的研究領(lǐng)域，因?yàn)檠芯咳藛T發(fā)現(xiàn)DNA序列本身并不能決定細(xì)胞的遺傳命運(yùn)。目前已開展大量研究，以了解染色質(zhì)相關(guān)RNA如何影響基因表達(dá)和表觀遺傳調(diào)控。Magna ChIRP? RNA Interactome Kit為此提供了一種簡(jiǎn)便方法，讓所有研究人員都能使用?！?/span>
目前已發(fā)表的文獻(xiàn)：
Long noncoding RNA GIHCG promotes hepatocellular carcinoma progression through epigenetically regulating miR-200b/a/429.
Sui, CJ; Zhou, YM; Shen, WF; Dai, BH; Lu, JJ; Zhang, MF; Yang, JM
J Mol Med (Berl) 1281-1296 2016
Long noncoding RNA glypican 3 (GPC3) antisense transcript 1 promotes hepatocellular carcinoma progression via epigenetically activating GPC3.
Zhu, XT; Yuan, JH; Zhu, TT; Li, YY; Cheng, XY
FEBS J 3739-3754 2016
Long Noncoding RNA lncCAMTA1 Promotes Proliferation and Cancer Stem Cell-Like Properties of Liver Cancer by Inhibiting CAMTA1.
Ding, LJ; Li, Y; Wang, SD; Wang, XS; Fang, F; Wang, WY; Lv, P; Zhao, DH; Wei, F; Qi, L
Int J Mol Sci 0 2016
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