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編譯：微科盟 Nicole，編輯：微科盟景行、江舜堯。

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原名：Global transcriptome analysis reveals circadian control of splicing events in Arabidopsis thaliana

譯名：全球轉(zhuǎn)錄組分析揭示了擬南芥剪接事件的晝夜節(jié)律控制

期刊：The Plant Journal

IF：6.141

發(fā)表時(shí)間：2020年7月

通訊作者：Marcelo J Yanovsky

通訊作者單位：阿根廷國(guó)家科學(xué)技術(shù)研究委員會(huì)

DOI號(hào)：10.1111/tpj.14776

1   晝夜節(jié)律轉(zhuǎn)錄組的全球RNA-seq揭示已知和新的晝夜節(jié)律調(diào)控的基因

為了分析基因表達(dá)的晝夜節(jié)律調(diào)節(jié)，使用培養(yǎng)15天的擬南芥，首先在光/暗（LD）12 h:12 h光周期培養(yǎng)，隨后轉(zhuǎn)移到恒定光照條件（LL），并在LL培養(yǎng)24小時(shí)后每4小時(shí)取樣1次，持續(xù)取樣2天，設(shè)置2個(gè)生物學(xué)重復(fù)（圖1a）。對(duì)樣品提取總RNA，進(jìn)行高通量測(cè)序，構(gòu)建了迄今為止植物晝夜節(jié)律轉(zhuǎn)錄組的最深測(cè)序深度。獲得了每個(gè)基因長(zhǎng)度的reads數(shù)，并且僅選擇了在整個(gè)時(shí)間過(guò)程中的任何時(shí)間點(diǎn)中值均高于0.05的reads進(jìn)行進(jìn)一步分析（18,503個(gè)基因）。

進(jìn)一步采用了預(yù)篩選步驟以排除任何非節(jié)律性轉(zhuǎn)錄本，然后僅對(duì)在整個(gè)時(shí)間過(guò)程中顯示出變化的基因（13,256個(gè)基因）進(jìn)行晝夜節(jié)律分析。本文應(yīng)用了Jonckheere-Terpstra-Kendall（JTK）算法，發(fā)現(xiàn)總共9,127個(gè)基因具有節(jié)律性并表現(xiàn)出晝夜節(jié)律的表達(dá)模式（JTK_cycle，p <0.01和q <0.01；圖1b）。為了驗(yàn)證方法的有效性，通過(guò)qPCR驗(yàn)證已知核心生物鐘基因的表達(dá)模式（圖1d-k），與轉(zhuǎn)錄組結(jié)果一致。

然后對(duì)晝夜節(jié)律變化的數(shù)據(jù)集進(jìn)行了GO分析，結(jié)果表明鐘控基因（clock-controlled genes，CCG）參與了多種生物過(guò)程，包括但不限于免疫反應(yīng)、激素信號(hào)傳導(dǎo)、光信號(hào)傳導(dǎo)、代謝和光合作用，這與以前的報(bào)道一致。幅度直方圖分析顯示，大多數(shù)轉(zhuǎn)錄本的相對(duì)振幅低于3，而少數(shù)生物鐘轉(zhuǎn)錄本的振幅較高，包括核心生物鐘基因，與哺乳動(dòng)物和果蠅中已知的基因一致。

對(duì)晝夜節(jié)律調(diào)節(jié)基因的相分布分析表明，25.9％（2364個(gè)基因）在LL10-12處表達(dá)較高，而24.66％（2251個(gè)基因）在LL22-LL0處表達(dá)較高。這些分別對(duì)應(yīng)于LD 12 h:12 h光周期的晝夜轉(zhuǎn)換（圖1b）。在LL10-12達(dá)到峰值的基因參與了96個(gè)生物學(xué)過(guò)程（p <0.05），包括對(duì)應(yīng)激、免疫應(yīng)答、脂質(zhì)代謝、信號(hào)傳導(dǎo)和蛋白質(zhì)過(guò)程的響應(yīng)。在LL22-0處達(dá)到峰值的基因參與了146個(gè)生物學(xué)過(guò)程，包括RNA修飾/加工、芥子油苷的生物合成、碳水化合物代謝、線粒體/細(xì)胞內(nèi)轉(zhuǎn)運(yùn)和核糖體生物發(fā)生。

通過(guò)將數(shù)據(jù)集與之前研究中全局?jǐn)M南芥晝夜節(jié)律基因表達(dá)數(shù)據(jù)集進(jìn)行比較發(fā)現(xiàn)與Covington + Edwards組合基因列表（DS1）重合率為41.67％（3,803個(gè)基因），與Hsu＆Harmer數(shù)據(jù)集（DS2）重合率為49.76％。在所有3個(gè)數(shù)據(jù)集中共發(fā)現(xiàn)2,763個(gè)基因（30.27％）表達(dá)循環(huán)（圖2a）。通過(guò)合并這3個(gè)數(shù)據(jù)集，發(fā)現(xiàn)迄今已有超過(guò)37.29％的擬南芥基因被晝夜節(jié)律調(diào)控。

2   新的生物鐘轉(zhuǎn)錄本

本文數(shù)據(jù)集還揭示了以前的兩項(xiàng)全局研究尚未發(fā)現(xiàn)的新的生物鐘調(diào)控基因（圖2a）。由于所使用的技術(shù)在基因組覆蓋率上的差異，本文發(fā)現(xiàn)了3545個(gè)新的晝夜節(jié)律基因。GO分析顯示，與翻譯、核糖體生物發(fā)生和RNA代謝相關(guān)（圖2b）。應(yīng)當(dāng)指出，其中某些基因之前研究中有報(bào)道，例如，晝夜節(jié)律相關(guān)基因CAB2。

有趣的是，146個(gè)跨越許多家族的轉(zhuǎn)錄因子（TF）是新型CCG的一部分，包括bZIP、bHLH、與MADS box相關(guān)、WRKY、MYB和NAC等（圖2c）。這些TFs基因表達(dá)模式的RNA-seq數(shù)據(jù)見(jiàn)圖2d。這些基因的進(jìn)一步研究可能會(huì)為生物鐘如何調(diào)節(jié)基因表達(dá)的新見(jiàn)解。

圖2. 新的晝夜節(jié)律基因和特定的基因家族。（a） Venn圖顯示RNA-seq晝夜節(jié)律基因表達(dá)（RNA-seq-LL）與Covington+ Edwards綜合數(shù)據(jù)集（DS1）和Hsu & Harmer數(shù)據(jù)集（DS2）。（b） 新的晝夜節(jié)律基因相關(guān)的生物過(guò)程（BP）。（c-d）新的轉(zhuǎn)錄因子基因。（c） 顯示晝夜節(jié)律數(shù)據(jù)集的新基因和所有已知轉(zhuǎn)錄因子基因之間的比較的Venn圖。（d）146個(gè)新的轉(zhuǎn)錄因子基因的logCPM基因表達(dá)的相位排序熱圖。DS1:數(shù)據(jù)集1。DS2：數(shù)據(jù)集2。CPM：百萬(wàn)分之計(jì)數(shù)。

3   晝夜節(jié)律調(diào)節(jié)其他剪切事件

本文將RNA-seq與TAIR10參考基因組進(jìn)行比對(duì)，用于檢測(cè)和量化剪切事件，按照基因表達(dá)進(jìn)行了剪切事件的節(jié)奏分析。使用這種方法，結(jié)合AtRTD2注釋，發(fā)現(xiàn)了3976個(gè)鐘控的剪切事件（CCE）。尤其是300個(gè)內(nèi)含子保留（IR）、40個(gè)外顯子跳躍、78個(gè)5'可變剪切位點(diǎn)（Alt5's）、113個(gè)3'可變剪切位點(diǎn)（Alt3's）以及470個(gè)多重同時(shí)涉及一種以上的可變剪切（AS）事件類型，發(fā)現(xiàn)22個(gè)未定義的和1720個(gè)新的外顯子以及1233個(gè)新的內(nèi)含子，以上都是有節(jié)律變化的，并且表現(xiàn)出晝夜節(jié)律的表達(dá)模式，相對(duì)幅度> 0.15。為了提高嚴(yán)格性，應(yīng)用了額外的過(guò)濾步驟，計(jì)算了剪切入百分比（PSI）和內(nèi)含子保留百分比（PIR）指數(shù)。本文保留了在所有分析的時(shí)間點(diǎn)上，PSI / PIR（dPSI / PIR）變化超過(guò)5％的晝夜節(jié)律的事件。這導(dǎo)致總共1513個(gè)事件對(duì)應(yīng)于1169個(gè)基因，分為以下幾類：79個(gè)Alt3、48個(gè)Alt5、300個(gè) IR，8個(gè) ES，350個(gè)多重事件（圖3a）以及7個(gè)新的外顯子和721個(gè)新的內(nèi)含子（圖3b）。有趣的是，本研究還揭示了617個(gè)CCG的外顯子和/或內(nèi)含子可變剪切在一天中也受到生物鐘調(diào)節(jié)。另一方面，還有552個(gè)基因的表達(dá)不受晝夜節(jié)律調(diào)節(jié)，但8510個(gè)CCG沒(méi)有可檢測(cè)的可變剪切事件（CCE）?？偣灿?52個(gè)基因具有新的外顯子/內(nèi)含子事件，69個(gè)Alt3′s，48個(gè)Alt5′s，286個(gè)IR，8個(gè)ES和292個(gè)多重事件。

對(duì)該數(shù)據(jù)集進(jìn)行了GO分析，結(jié)果表明鐘控的剪切事件（CCE）的基因包括參與初級(jí)代謝（GO：0044283）、氮代謝（GO：0006807和GO：0034641）、核酸代謝（GO：0006139和GO：0090304）、RNA/mRNA處理（GO：0016070、GO：0006396、GO：0006397、GO：0016071）、脂質(zhì)代謝（GO：0006644、GO：0009245、GO：0046493和GO：0008654）、開(kāi)花（GO：0009909和GO：0009910）和RNA剪切（GO：0000375、GO：0000377、GO：0008380）。

為了驗(yàn)證方法的有效性，本研究從數(shù)據(jù)集中檢查了2個(gè)剪切事件的表達(dá)模式，并通過(guò)半定量（sq）RT-PCR和SDS-PAGE對(duì)其進(jìn)行了驗(yàn)證。然后通過(guò)qPCR進(jìn)一步證實(shí)了結(jié)果，均獲得了與RNA-seq分析流程數(shù)據(jù)所產(chǎn)生的模式相匹配的結(jié)果（圖3e-h）。驗(yàn)證了COL2基因的內(nèi)含子保留剪切事件（IR-AT3G02380：E002–width 143bp）和光周期和開(kāi)花調(diào)節(jié)因子CONSTANS的同源物。這些是先前已有研究的，因此可以作為陽(yáng)性對(duì)照。根據(jù)生物信息學(xué)分析IR在光/暗周期的白天之前出現(xiàn)，并且在白天/夜晚轉(zhuǎn)換時(shí)達(dá)到峰值，如RNA-seq和PIR模式（圖3e）所示。通過(guò)sqRT-PCR，SDS-PAGE和qPCR（圖3f）進(jìn)行的分析證明了使用的生物信息學(xué)分析的有效性。此外，本研究結(jié)果在CT36處顯示出一個(gè)IR峰值，這完全符合之前的研究，并進(jìn)一步驗(yàn)證了我們的本文分析流程。此外，本研究還驗(yàn)證了A / N-InvC基因的IR事件（IR-AT3G06500：E015- width 81bp，圖3g-h）。該基因在根、枝葉和花中表達(dá)，并編碼位于線粒體中的堿性/中性轉(zhuǎn)化酶。該基因的突變導(dǎo)致芽生長(zhǎng)減少。保留該內(nèi)含子會(huì)導(dǎo)致蛋白翻譯提前中止，出現(xiàn)少了123個(gè)氨基酸殘基的截短的蛋白質(zhì)。

圖3. 生物鐘控制元件分析。（a）生物鐘控制的按類型（alt 3'ss、alt 5'ss、ES、IR和multiple）注釋事件的分布。（b） 新的（非注釋的）生物鐘控制的外顯子和內(nèi)顯子事件的分布。（c-d）logCPM生物鐘控制剪接事件的相位排序熱圖按類型表達(dá)：（c）注釋事件（alt 3'ss，alt 5'ss，ES，IR和multiple），（d）非注釋事件（exonic和intronic）。（e-f）符合性評(píng)估的驗(yàn)證。（e）PIR標(biāo)準(zhǔn)化為COL2 E2的最大值。（f）COL2 E2 IR事件的qPCR驗(yàn)證（**p<0.01）。（g） PIR標(biāo)準(zhǔn)化為A/N-INvC E15的最大值。（h）A/N-INvC E15 IR事件的qPCR驗(yàn)證（**p<0.01）。COL2:CONSTANS like 2（At3g02380）。A/N-INvC：堿性/中性轉(zhuǎn)化酶C（Alkaline/Neutral Invertase C，AT3G06500）。

4   多個(gè)拼接調(diào)控因子處于生物鐘控制下

本文認(rèn)為這種對(duì)可變剪切的晝夜節(jié)律控制可能至少部分是由于對(duì)剪切的基本晝夜節(jié)律的控制。為了檢驗(yàn)這個(gè)假設(shè)，本文列舉了所有已知的剪切調(diào)控因子，包括SR、hnRNP、核心剪切體蛋白、剪切體裝配的調(diào)控因子、特定snRNP的成分以及一些調(diào)節(jié)SR蛋白功能的激酶。然后，將其與Covington + Edwards數(shù)據(jù)集（DS1）、Hsu＆Harmer數(shù)據(jù)集（DS2）和本文的數(shù)據(jù)集進(jìn)行比較。在這426個(gè)與剪切相關(guān)的基因中，有31個(gè)在所有3個(gè)數(shù)據(jù)集中都是有節(jié)奏性表達(dá)（圖4a），本研究認(rèn)為這31個(gè)拼接調(diào)控因子將是最重要的節(jié)律調(diào)控因子。

這些基因之一AT2G02570，先前已被描述為哺乳動(dòng)物運(yùn)動(dòng)神經(jīng)元生存（SMN）的同源物，其控制剪切體的組裝。但是， BlastP搜索顯示，AT2G02570與剪接因子30（SPF30，例如NP_005862.1）密切相關(guān)。SPF30是剪接體組裝所需的SMN旁系同源物，SMN還包含Tudor域。該結(jié)構(gòu)域與形成參與剪接過(guò)程的環(huán)的Sm核糖核蛋白具有親和力。基于越來(lái)越多的證據(jù)表明，選擇性剪接不僅受SR和hnRNP輔助因子的調(diào)節(jié)，還受核心剪接體組分或蛋白水平或活性的改變的調(diào)節(jié)，因此本文決定進(jìn)一步研究AT2G02570（本文稱為AtSPF30）的生物學(xué)功能。

5   AtSPF30影響生物鐘調(diào)節(jié)事件

為了研究AtSPF30在CCE調(diào)節(jié)中的作用，首先通過(guò)qPCR驗(yàn)證了其有節(jié)奏的轉(zhuǎn)錄模式（圖4b-d），并利用2個(gè)不同的T-DNA插入突變體（atspf30-1和atspf30-2，圖5a）進(jìn)行分析。純合突變體植物在形態(tài)上與野生型非常相似（圖5a）。對(duì)生物鐘調(diào)節(jié)的輸出、葉片運(yùn)動(dòng)和開(kāi)花的表征顯示Col-0與突變體之間的葉片運(yùn)動(dòng)周期無(wú)顯著差異（圖5b），并且測(cè)試了不同光周期（LL、LD和SD；圖5c）。

 圖4. 晝夜節(jié)律調(diào)節(jié)的剪接因子和AtSPF30。（a） Venn圖顯示了穩(wěn)定的節(jié)律變化基因（在本研究的RNA-seq數(shù)據(jù)集以及DS1和DS2上循環(huán)的基因）和剪接相關(guān)基因之間的比較。（b-d）AtSPF30表達(dá)模式來(lái)自：（b）Mockler Dairnal web server，LL23\u LDHH數(shù)據(jù)集，（c）來(lái)自晝夜節(jié)律RNA序列的標(biāo)準(zhǔn)化計(jì)數(shù)（本研究），以及（d）qPCR數(shù)據(jù)（每個(gè)時(shí)間點(diǎn)3個(gè)生物復(fù)制）。AtSPF30：擬南芥剪接因子30（Arabidopsis thaliana Splicing Factor 30，AT2G02570）。

與在相同條件下生長(zhǎng)的Col-0植物相比，在恒定光照下生長(zhǎng)的atspf30-1突變植物的RNA-seq分析顯示286個(gè)改變的剪切事件（| FC |> 1.5，p <0.05，q <0.05和dPSI / PIR > 5％；圖6a）。在野生型植物中，最豐富的AS事件是與3'可變剪切位點(diǎn)（Alt3's；33％）相關(guān)的事件，然后是內(nèi)含子保留（IR；32％），5'可變剪切位點(diǎn)（Alt5's；22％）相關(guān)的事件和外顯子跳躍（ES；13％）。但是，在atspf30-1突變體中改變的AS事件中，發(fā)現(xiàn)IR事件的比例相對(duì)于野生型植物的頻率有所增加，3'alt事件和5'alt事件相對(duì)有所降低（圖6a-b ）。有趣的是，這些事件中有32個(gè)也在PCE / PIR過(guò)濾的CCE子集中（圖6c）。分析spf30-1與Col-0的這32個(gè)事件的dPSI / PIR，本文假設(shè)整個(gè)晝夜節(jié)律期間，atspf30-1上的內(nèi)含子保留率也會(huì)高于野生型水平?？紤]到這一點(diǎn)，選擇了一個(gè)既受AtSPF30突變影響又受鐘控且在CT16處具有峰值相位的IR事件進(jìn)行驗(yàn)證（圖6d-f）。qPCR定量顯示，缺乏功能的AtSPF30會(huì)影響整個(gè)晝夜節(jié)律中AT5G17670：E006的整體含量，而不會(huì)影響節(jié)奏模式（圖6f）。因此，在發(fā)生這種剪切事件的情況下，AtSPF30既調(diào)節(jié)內(nèi)含子保留的基線水平，又調(diào)節(jié)其整體振幅。

圖6.在atspf30-1中CCEs被錯(cuò)誤調(diào)控。（a-b）atspf30-1受影響事件的分布。（a） 按類型（alt 3'ss、alt 5'ss、ES和IR）分類的注釋事件，（b）非注釋事件（外顯子和內(nèi)顯子）。（c）顯示所有生物鐘控制元件（CCE）和受atspf30-1影響的拼接事件之間的比較的Venn圖。（d）比較AT5G17670基因座區(qū)域Col-0（藍(lán)色）和atspf30-1（黑色）的RNA-sesq數(shù)據(jù)的讀取密度直方圖。紅色矩形區(qū)域表示IR事件的讀取密度區(qū)域。AT5G17670基因模型顯示在圖的底部。（e）AT5G17670:E006事件的PIR圖。（f） AT5G17670:E006在Col-0（黑色）和atspf30-1（藍(lán)色）中的qPCR。

AS在植物中高度流行，影響超過(guò)60％含內(nèi)含子基因的前體mRNA。許多基因響應(yīng)環(huán)境的發(fā)展和變化（例如光照和溫度）發(fā)生AS。越來(lái)越多的證據(jù)表明AS會(huì)影響生物鐘，而影響剪切體相關(guān)成分的突變會(huì)改變晝夜節(jié)律。此外，在果蠅、小鼠和人類細(xì)胞系中進(jìn)行的研究已經(jīng)確定了生物鐘在控制剪切過(guò)程中的作用。但是，目前尚無(wú)任何植物物種對(duì)AS的鐘控程度的全局性轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究。一項(xiàng)使用GeneChip AtTILE1切片陣列技術(shù)的全局研究分析內(nèi)含子顯示共有499個(gè)基因包含內(nèi)含子變化。本研究使用了NGS Illumina mRNA-seq技術(shù)，避免了微陣列探針的技術(shù)問(wèn)題。通過(guò)將高分辨率的mRNA-seq與本研究開(kāi)發(fā)的生物信息學(xué)相結(jié)合，在分析剪切事件的同時(shí)考慮了潛在的基因表達(dá)水平，找到300個(gè)內(nèi)含子保留、8個(gè)外顯子跳躍、79個(gè)3'可變剪切位點(diǎn)、48個(gè)5'可變剪切位點(diǎn)以及350個(gè)多重注釋（不止一種類型）（圖3a）受到晝夜節(jié)律的調(diào)控。還分別發(fā)現(xiàn)了7和721個(gè)新的外顯子和內(nèi)含子事件。有趣的是，在發(fā)現(xiàn)的646個(gè)含有循環(huán)內(nèi)含子的基因中，只有35個(gè)與Hazen等人報(bào)道的499個(gè)重疊（7％，占499個(gè)中的35個(gè)）。

越來(lái)越多的證據(jù)表明，剪切可能通過(guò)共轉(zhuǎn)錄進(jìn)行拼接。此外，發(fā)現(xiàn)CTS是在包括人類、果蠅和酵母的不同物種中剪切的主要模式。最近發(fā)現(xiàn)這也發(fā)生在擬南芥中。這些發(fā)現(xiàn)表明，對(duì)于晝夜節(jié)律基因，組成性剪切也將以晝夜節(jié)律的方式發(fā)生，因?yàn)樗鼘⒁怨厕D(zhuǎn)錄方式發(fā)生。有趣的是，研究表明在擬南芥幼苗中，很大比例的選擇性剪切事件是通過(guò)共轉(zhuǎn)錄確定的。本問(wèn)找到了與617個(gè)CCG相對(duì)應(yīng)的810個(gè)CCE。其中，只有175個(gè)CCE（21.6％）與各自的CCG相匹配。此外，發(fā)現(xiàn)在基因表達(dá)水平上沒(méi)有可檢測(cè)到的晝夜節(jié)律調(diào)節(jié)的703個(gè)CCE。以上結(jié)果表明，盡管剪切主要在擬南芥中共轉(zhuǎn)錄，但是AS的晝夜節(jié)律調(diào)節(jié)很大程度上獨(dú)立于晝夜節(jié)律基因表達(dá)。晝夜節(jié)律時(shí)間RNA測(cè)序分析可以提供有關(guān)此問(wèn)題的進(jìn)一步見(jiàn)解。

本文還發(fā)現(xiàn)，鐘控的剪切因子AT2G02570在突變時(shí)會(huì)影響一部分AS事件。該基因先前已被鑒定為SMN同源物。SMN編碼生存運(yùn)動(dòng)神經(jīng)元蛋白，是一種剪切體復(fù)合物成分，當(dāng)突變時(shí)，會(huì)引起常染色體隱性隱性脊髓性肌萎縮。但是本文生物信息學(xué)分析表明，AT2G02570與SPF30密切相關(guān)（圖S8）。AtSPF30突變體atspf30-1中發(fā)現(xiàn)286個(gè)AS事件發(fā)生改變。這與以前的報(bào)道一致，表明核心剪切體成分或蛋白質(zhì)水平或活性的變化可調(diào)節(jié)剪切體裝配的動(dòng)力學(xué)，從而可調(diào)節(jié)其他剪切。

CCEs與atspf30-1數(shù)據(jù)集之間的比較顯示，受AtSPF30突變體影響的286個(gè)事件中有32個(gè)事件屬于PSI / PIR過(guò)濾的CCE子集。此外，對(duì)這些剪切事件的仔細(xì)檢查表明是通過(guò)增加總體保留水平而優(yōu)先影響了IR事件。實(shí)際上qPCR分析表明，盡管與Col-0觀察到的模式相似，但AT5G17670：E015的IR在所有測(cè)定的時(shí)間點(diǎn)都較高（圖6f）。表明對(duì)AS進(jìn)行晝夜節(jié)律控制是多因素的，因?yàn)榧词筍PF30通過(guò)調(diào)制幅度和整體水平（即更高的IR）做出貢獻(xiàn)，但在缺少SPF30時(shí)仍會(huì)繼續(xù)潛在的節(jié)律變化。

除了AtSPF30，在所有已知的晝夜節(jié)律數(shù)據(jù)集中還發(fā)現(xiàn)了30種與剪切相關(guān)的蛋白質(zhì)也處于晝夜節(jié)律的調(diào)控下（圖4a），其對(duì)AS的晝夜控制的貢獻(xiàn)尚待確定，應(yīng)進(jìn)一步研究。對(duì)這些由晝夜節(jié)律控制的剪切相關(guān)因素的調(diào)節(jié)可能導(dǎo)致剪切事件的時(shí)間特定的微調(diào)。盡管許多研究顯示非冗余的剪切因子在突變時(shí)會(huì)影響生物鐘，本研究沒(méi)有發(fā)現(xiàn)證據(jù)表明晝夜節(jié)律調(diào)節(jié)剪切因子和相關(guān)蛋白會(huì)導(dǎo)致核心生物鐘成分發(fā)生AS改變，但它們的作用是作為輸出（CCG）影響其他變化（CCE）。

剪切因子也受到生物鐘剪切事件的影響。本文分析顯示了57個(gè)與剪切相關(guān)的基因，這些基因也在剪切水平上受到調(diào)節(jié)。將來(lái)對(duì)這些剪切事件的生物學(xué)功能進(jìn)行詳細(xì)研究將有助于更好地了解生物鐘如何調(diào)節(jié)可變剪切，反之亦然。

長(zhǎng)鏈非編碼RNA（lncRNA）是另一種可以調(diào)節(jié)AS的反式作用因子。例如由核斑點(diǎn)RNA結(jié)合蛋白（NSR）和AS競(jìng)爭(zhēng)者長(zhǎng)鏈非編碼RNA（ASCO-lncRNA）構(gòu)成的AS調(diào)節(jié)環(huán)：ASCO-lncRNA可以結(jié)合AtNSR并與AS目標(biāo)有效競(jìng)爭(zhēng)，從而調(diào)節(jié)IR。此外，已有研究表明lncRNA可以被生物鐘調(diào)節(jié)，并且反過(guò)來(lái)，一些lncRNAs也靶向核心生物鐘成分?？偟膩?lái)說(shuō)，這使lncRNA成為一個(gè)有趣的研究方向。但是，本文無(wú)法分析反義蛋白質(zhì)編碼基因/非編碼基因的調(diào)控。這仍然是未來(lái)研究中一個(gè)有趣的方向。

之前研究已經(jīng)證明核心生物鐘組件高度敏感性，并且在環(huán)境擾動(dòng)下會(huì)經(jīng)歷AS。此外，環(huán)境干擾似乎比生物鐘本身更能調(diào)制核心生物鐘組件的AS。綜上所述，這表明核心生物鐘的AS調(diào)制主要通過(guò)其輸入路徑（在環(huán)境擾動(dòng)之后）進(jìn)行，而對(duì)AS的晝夜節(jié)律控制主要保留給輸出路徑的調(diào)制。但是必須指出，這項(xiàng)工作中報(bào)告的CCE數(shù)量非常保守，并且隨著晝夜節(jié)律研究的測(cè)序深度增加，將來(lái)可能會(huì)增加。諸如Pacific Biosystems或Oxford Nanopore新型技術(shù)的出現(xiàn)，很可能會(huì)在不久的將來(lái)在全局實(shí)現(xiàn)可靠的轉(zhuǎn)錄亞型的定量分析。

1  科研│PLANT PHYSIOL：晝夜節(jié)律生物鐘對(duì)大麥轉(zhuǎn)錄組的影響

不來(lái)關(guān)注一波嘛

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