如果說《十三經(jīng)注疏》代表了從漢到唐的經(jīng)學研究成果,是兩漢以來傳注體和義疏體的結(jié)合,是治經(jīng)學、儒學的必讀的基本典籍。那么,宋元人的“四書五經(jīng)”注釋系統(tǒng),則是以理學治經(jīng)的成果。用理學來治經(jīng)與“十三經(jīng)注疏”系統(tǒng)存在著明顯不同:“十三經(jīng)注疏”系統(tǒng)注重從訓詁、名物、禮制等入手闡發(fā)經(jīng)書中的史實和制度,而“四書五經(jīng)”系統(tǒng)則注重在經(jīng)注里面貫徹作者的天理、心性等哲學思想。