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肝癌純生信

大家好，我是Jerry，今天我給大家分享一篇單基因在肝癌疾病方面的純生信文章，該文章是發(fā)表于Aging-US雜志上，最新影響因子為5.682分。該篇文章的整體思路較簡(jiǎn)單，復(fù)現(xiàn)難度不大！！

本篇文章的全部分析均依賴于在線數(shù)據(jù)庫(kù)，未涉及數(shù)據(jù)集的下載和R語(yǔ)言的操作，有興趣的同學(xué)可以將本文章作為模板嘗試發(fā)表一篇純生信文章。

注：不同版本的TCGA數(shù)據(jù)，有可能獲取的患者的樣本例數(shù)不一致，因?yàn)門(mén)CGA數(shù)據(jù)庫(kù)一直處于更新過(guò)程中。所以看到生信文章中TCGA里同一個(gè)癌種的患者樣本數(shù)不一致，大家也不要奇怪，有可能就是版本不同導(dǎo)致的。大家做生信分析的時(shí)候，盡量選擇TCGA數(shù)據(jù)庫(kù)中的最新版本的數(shù)據(jù)進(jìn)行下載。

期刊簡(jiǎn)介

文章標(biāo)題

CCL14 is a prognostic biomarker and correlates with immune infiltrates in hepatocellular carcinoma

復(fù)現(xiàn)工具

◆ 仙桃學(xué)術(shù)工具

（https://www.xiantao.love/products）

◆ Oncomine數(shù)據(jù)庫(kù)

（https://www.oncomine.org/resource/login.html）

◆ Kaplan-Meier plotter數(shù)據(jù)庫(kù)

（http://kmplot.com/analysis/）

◆ TIMER 數(shù)據(jù)庫(kù)

（https://cistrome.shinyapps.io/timer/）

◆ GEPIA數(shù)據(jù)庫(kù)

（http://gepia.cancer-pku.cn/index.html）

復(fù)現(xiàn)內(nèi)容

Figure 1: CCL14在不同腫瘤類型中的表達(dá)情況

Figure 2: CCL14在不同腫瘤類型中的預(yù)后意義

Figure 3: CCL14的表達(dá)水平與肝癌組織內(nèi)免疫細(xì)胞浸潤(rùn)的相關(guān)性分析

Figure 4: CCL14的表達(dá)與肝癌和膽管癌組織內(nèi)免疫浸潤(rùn)細(xì)胞標(biāo)記基因之間的相關(guān)性分析

Table 1: 在不同的臨床病理?xiàng)l件下，CCL14的表達(dá)水平與肝癌患者臨床預(yù)后的相關(guān)性

Table 2: CCL14與免疫細(xì)胞標(biāo)記基因之間的相關(guān)性分析

Table 3: CCL14和免疫細(xì)胞標(biāo)記基因的相關(guān)性分析

Figure S1: CCL14在不同腫瘤類型中的預(yù)后意義

Figure S2: CCL14的表達(dá)與不同腫瘤類型中免疫浸潤(rùn)水平的相關(guān)性

文章復(fù)現(xiàn)

Figure 1

CCL14在不同腫瘤類型中的表達(dá)情況

由于目前Oncomine數(shù)據(jù)庫(kù)網(wǎng)站存在技術(shù)問(wèn)題，無(wú)法登陸，本次Fig. 1的復(fù)現(xiàn)將借助仙桃工具和TIMER數(shù)據(jù)庫(kù)完成。

1. 進(jìn)入仙桃學(xué)術(shù)（https://www.xiantao.love/products），選擇高級(jí)版，點(diǎn)擊“立即使用”

注：免費(fèi)版和基礎(chǔ)版都可以進(jìn)行統(tǒng)計(jì)和可視化，由于高級(jí)版功能最全，這里選擇高級(jí)版作為范例。

2. 按照下圖中的順序，選中TCGA的泛癌分析，鍵入目標(biāo)基因CCL14，點(diǎn)擊確認(rèn)即可得到Fig.1中的B圖像；

3. 下圖即為仙桃工具產(chǎn)生的圖片結(jié)果

4. 利用TIMER數(shù)據(jù)庫(kù)復(fù)現(xiàn)Fig.1 B圖像，點(diǎn)擊該鏈接https://cistrome.shinyapps.io/timer/進(jìn)入TIMER數(shù)據(jù)庫(kù)，選中Cancer Exploration的Gene_DE模塊。

5. 在Gene expression中鍵入CCL14，點(diǎn)擊submit，即可得到Fig. 1B的原圖像；

Figure 2

CCL14在不同腫瘤類型中的預(yù)后意義

使用Kaplan-Meier plotter數(shù)據(jù)庫(kù)

1. 點(diǎn)擊鏈接http://kmplot.com/analysis/，進(jìn)入該數(shù)據(jù)庫(kù)，根據(jù)Fig.2中的腫瘤的順序，依次為肝癌、乳腺癌、胃癌和其余腫瘤；首先根據(jù)下圖選中Liver cancer。

2. 根據(jù)下圖順序，依次鍵入CCL14基因名，選中median值作為該基因表達(dá)高低的切分點(diǎn)，作者在Fig.2中包含了OS、RFS、PFS和DSS，依次選中即可得到Fig.2 A-D，點(diǎn)擊繪圖。

3. 即可得到下述圖像，點(diǎn)擊下載按鈕，該圖像即為Fig.2A。

4. 其余腫瘤的操作是類似的，此處不再重復(fù)。

Figure 3

CCL14的表達(dá)水平與肝癌組織內(nèi)免疫細(xì)胞浸潤(rùn)的相關(guān)性分析

Figure S2

CCL14的表達(dá)與不同腫瘤類型中免疫浸潤(rùn)水平的相關(guān)性

TIMER數(shù)據(jù)庫(kù)復(fù)現(xiàn)

1. 點(diǎn)擊該鏈接https://cistrome.shinyapps.io/timer/進(jìn)入TIMER 1.0數(shù)據(jù)庫(kù)，選中下圖圈出的Gene模塊，進(jìn)入Gene-免疫細(xì)胞浸潤(rùn)相關(guān)性頁(yè)面；

2. 在下圖中鍵入基因名稱-CCL14，依次選擇目的腫瘤-肝癌（LIHC）和其他所有相關(guān)腫瘤，選中默認(rèn)的免疫細(xì)胞類型，點(diǎn)擊提交，即可得到原文Fig.3和Fig.S2中的圖像。

3. CCL14與LIHC中免疫細(xì)胞浸潤(rùn)的結(jié)果，F(xiàn)ig.3的結(jié)果。

Figure 3

CCL14的表達(dá)與肝癌和膽管癌組織內(nèi)免疫浸潤(rùn)細(xì)胞標(biāo)記基因之間的相關(guān)性分析

Table 2

CCL14與免疫細(xì)胞標(biāo)記基因之間的相關(guān)性分析

TIMER數(shù)據(jù)庫(kù)復(fù)現(xiàn)

1. 點(diǎn)擊該鏈接https://cistrome.shinyapps.io/timer/進(jìn)入TIMER 1.0數(shù)據(jù)庫(kù)，選中下圖圈出的Correlation模塊，進(jìn)入Gene-Gene相關(guān)性頁(yè)面；根據(jù)Fig.4所示，依次選中肝癌和膽管癌；根據(jù)既往研究的報(bào)道，作者獲得一系列與7種免疫浸潤(rùn)細(xì)胞密切相關(guān)的標(biāo)記基因，在下述的Gene Symbol（Y軸）依次輸入這些標(biāo)記基因，并在x軸的方塊內(nèi)輸入CCL14，相關(guān)性矯正選擇為none或者Tumor purity，點(diǎn)擊上傳可分別得到Fig.4中的全部圖像，以及Table 2中的結(jié)果。

2. 結(jié)果圖像（未經(jīng)過(guò)矯正），下圖1即為的Fig.4A，下圖2為Fig.4B。其余圖像的操作是類似的，此處不再重復(fù)。

3. 結(jié)果圖像（經(jīng)過(guò)Tumor purity的矯正），其中右下角的相關(guān)性結(jié)果即為校正后的Cor值和相應(yīng)的P值；其余結(jié)果也是類似的重復(fù)操作。

Table 1

在不同的臨床病理?xiàng)l件下，CCL14的表達(dá)水平與肝癌患者臨床預(yù)后的相關(guān)性

Kaplan-Meier plotter數(shù)據(jù)庫(kù)復(fù)現(xiàn)

1. 點(diǎn)擊鏈接http://kmplot.com/analysis/，進(jìn)入該數(shù)據(jù)庫(kù)，點(diǎn)擊下圖中的Liver cancer選項(xiàng)進(jìn)入肝癌亞組的預(yù)后分析；

2. 根據(jù)Table1的結(jié)果，作者是將全部的肝癌患者根據(jù)不同的臨床病理學(xué)分級(jí)進(jìn)行亞組分析，而進(jìn)一步在亞組中將患者區(qū)分為CCL14的高、低表達(dá)組，從而得到與總生存（OS）和無(wú)進(jìn)展生存（PFS）相關(guān)的風(fēng)險(xiǎn)比值

3. 在下述圖像中，鍵入目的基因CCL14，選中以median作為區(qū)分高、低表達(dá)的分界線，在survival中可選中OS或PFS，而在臨床指標(biāo)中可依次選中stage、Grade、AJCC_T、vascular Invas、gender、race、Alcohol consumption、hepatitis virus，上述指標(biāo)即為T(mén)able1的Clinicopathological factors里面的項(xiàng)目；最后點(diǎn)擊繪圖。

4. 即可得到相應(yīng)的HR值和95%置信區(qū)間，以及相應(yīng)的p值；如下圖1為OS和stageI和StageI+II的K-M plotter圖像，與原文結(jié)果是完全一致的。

5. 由于其余指標(biāo)的復(fù)現(xiàn)均為重復(fù)操作，此處不再重復(fù)。

Table 3

CCL14和免疫細(xì)胞標(biāo)記基因的相關(guān)性分析

GEPIA數(shù)據(jù)庫(kù)復(fù)現(xiàn)

1. 點(diǎn)擊鏈接http://gepia.cancer-pku.cn/index.html，進(jìn)入GEPIA數(shù)據(jù)庫(kù)，選擇Multiple Gene Analysis模塊下的Correlation analysis選項(xiàng)；

2. 在相關(guān)性分析模塊中，在基因A中鍵入CCL14，而在Gene B中依次鍵入免疫細(xì)胞標(biāo)記基因，相關(guān)系數(shù)選擇為Spearman，而TCGA腫瘤和Normal中則分別選中相應(yīng)的Tumor和Normal數(shù)據(jù)添加至右側(cè)的Dataset中，最后點(diǎn)擊Plot即可得到每個(gè)基因與CCL14的相關(guān)性系數(shù)。

3，此處以CCL14-CD86相關(guān)性為例，展示在腫瘤組織內(nèi)的相關(guān)圖像；與Table3中的結(jié)果是完全一致的。其余基因的操作完全一致，此處不再重復(fù)。

Figure S1

CCL14在不同腫瘤類型中的預(yù)后意義

GEPIA數(shù)據(jù)庫(kù)復(fù)現(xiàn)

1. 點(diǎn)擊鏈接http://gepia.cancer-pku.cn/index.html，進(jìn)入GEPIA數(shù)據(jù)庫(kù)，如下圖所示，在檢索框內(nèi)鍵入CCL14基因，點(diǎn)擊Survival analysis即可進(jìn)入該數(shù)據(jù)庫(kù)的預(yù)后分析頁(yè)面；

2. 在該頁(yè)面中，依次輸入目的基因，先后選擇OS和RFS，根據(jù)Fig. S1結(jié)果設(shè)置Median作為高、低表達(dá)的區(qū)分值，在Datasets selections中選擇相應(yīng)腫瘤的數(shù)據(jù)集，此處以ACC作為示例；點(diǎn)擊Plot即可獲得OS和RFS的圖像結(jié)果。

3. 如下兩圖即為Fig.S1A-B圖像結(jié)果；其余腫瘤的預(yù)后繪圖與本次操作完全一致，此處不再重復(fù)。

—END—

撰文丨Jerry

排版丨豨薟

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Figure 1

Figure 2

Figure 3

Figure S2

Figure 3

Table 2

Table 1

Table 3

Figure S1