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ENGS-SYMBLE的ID轉(zhuǎn)換代碼

##read.delim()函數(shù)讀取tsv數(shù)據(jù)

stringsAsFactors=FALSE

exp <- read.csv("ID.csv",header = TRUE, sep = ",") 

data=data.frame(exp)

library(stringi)##加載包

data$Ensembl_ID=stri_sub(data$Ensembl_ID,1,23)##保留前15位

# 加載相關(guān)包

library(clusterProfiler)

library(org.Hs.eg.db)

# 查看org.Hs.eg.db 包提供的轉(zhuǎn)換類型

keytypes(org.Hs.eg.db)

# 需要轉(zhuǎn)換的Ensembl_ID

Ensembl_ID <- data$Ensembl_ID

# 采用bitr()函數(shù)進(jìn)行轉(zhuǎn)換

gene_symbol <- bitr(Ensembl_ID, fromType="ENSEMBL", toType=c("SYMBOL", "ENTREZID"), OrgDb="org.Hs.eg.db")

# 查看轉(zhuǎn)換的結(jié)果

head(gene_symbol)

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