做生物學(xué)研究的人，難免會(huì)遇到各種各樣的基因ID號(hào)。有我們比較熟悉的也比較直觀的基因名字，如TP53。也有其他數(shù)據(jù)庫里，但是也比較常用的ID，如ensembl ID，entrez gene ID等等。
下圖是TP53這個(gè)基因在genecard數(shù)據(jù)庫里面的詳細(xì)信息
https://www.genecards.org/cgi-bin/carddisp.pl?gene=TP53&keywords=TP53
我們可以看到這個(gè)基因?qū)?yīng)的gene symbol，Ensembl gene ID，Entrez gene ID以及Uniprot ID(對(duì)應(yīng)的是蛋白信息)。
做數(shù)據(jù)分析的時(shí)候，我們經(jīng)常需要在各種gene ID之間進(jìn)行轉(zhuǎn)換。前面也簡單給大家介紹過一些做ID轉(zhuǎn)換的工具
?DAVID（https://david.ncifcrf.gov/home.jsp）
?biomart基因ID轉(zhuǎn)換，獲取轉(zhuǎn)錄本類型
這些都是一些網(wǎng)頁工具，用起來也比較方便。但是當(dāng)我們?cè)谟肦處理數(shù)據(jù)的時(shí)候，不希望把基因名字導(dǎo)出來，用網(wǎng)頁工具做個(gè)轉(zhuǎn)換，再導(dǎo)到R里面，這樣很不方便。有沒有R包可以直接把ID給轉(zhuǎn)換了，這樣整個(gè)分析工作就不用切換工具了。答案是肯定的。今天小編就來給大家介紹兩個(gè)R包，完成基因ID轉(zhuǎn)換。
方法一、org.Hs.eg.db包
假設(shè)我們手上有16個(gè)m6A甲基化相關(guān)的基因symbol，現(xiàn)在想轉(zhuǎn)換成ensemble gene ID和Entrez gene ID。
#16個(gè)m6A甲基化相關(guān)的基因名字m6a_sym=c("METTL3","METTL14","METTL16","WTAP","VIRMA","RBM15","ZC3H13","YTHDF1","YTHDF2","YTHDF3","YTHDC1","YTHDC2","HNRNPA2B1","HNRNPC","FTO","ALKBH5")#如果沒有安裝org.Hs.eg.db，需要先運(yùn)行下面這條命令安裝#BiocManager::install("org.Hs.eg.db")
#加載org.Hs.eg.dblibrary(org.Hs.eg.db)#查看支持哪些IDcolumns(org.Hs.eg.db)可以看到genecard里面出現(xiàn)的幾種ID號(hào)這個(gè)包都支持
gene symbol轉(zhuǎn)成Ensembl gene ID
ensembls <- mapIds(org.Hs.eg.db, keys = m6a_sym, keytype = "SYMBOL", column="ENSEMBL")ensembls 
gene symbol轉(zhuǎn)成Entrez gene ID
entriz <- mapIds(org.Hs.eg.db, keys = m6a_sym, keytype = "SYMBOL", column="ENTREZID")entriz 
當(dāng)然也可以一次性轉(zhuǎn)換到多種ID
#一次性轉(zhuǎn)換到ENSEMBL ID,ENTREZ ID和UNIPROT IDAnnotationDbi::select(org.Hs.eg.db, keys=m6a_sym,keytype="SYMBOL", columns = c("ENSEMBL","ENTREZID","UNIPROT"))
方法二、clusterProfiler包
gene symbol轉(zhuǎn)成Ensembl gene ID
#如果沒有安裝clusterProfiler，需要先運(yùn)行下面這條命令安裝#BiocManager::install("clusterProfiler")
#加載clusterProfilerlibrary(clusterProfiler)s2ens = bitr(m6a_sym, fromType="SYMBOL", toType="ENSEMBL", OrgDb="org.Hs.eg.db")s2ens一次性轉(zhuǎn)換到多種ID
bitr(m6a_sym, fromType="SYMBOL", toType=c("ENSEMBL","ENTREZID"), OrgDb="org.Hs.eg.db")為了方便大家交流學(xué)習(xí)，共同進(jìn)步，我特地創(chuàng)建了微信交流群
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