在該文章中，科研大神們研究了LncRNA HOXC-AS3與胃癌的聯(lián)系，發(fā)現(xiàn)HOXC-AS3可能在轉(zhuǎn)錄水平上起主要調(diào)節(jié)作用，并經(jīng)過試驗驗證HOXC-AS3通過轉(zhuǎn)錄之后調(diào)控其他基因來參與胃癌的發(fā)生，該研究內(nèi)容較多，也較深入，那今天我們來看另外一篇高分文章，與之前文章的研究思路作比較，總結(jié)關(guān)于LncRNA的研究思路可以有哪些。
文章：H19 Induces Abdominal Aortic Aneurysm Development and Progression
期刊：《Circulation》
影響因子：18.88
該文章研究的是lncRNA H19與腹主動脈瘤（AAA）發(fā)展的聯(lián)系，我們來看文章的具體內(nèi)容：
1. 作者建立了兩種動物模型，首先在小鼠模型中進行RNA測序，發(fā)現(xiàn)lncRNA H19是AAA組織中上調(diào)的轉(zhuǎn)錄因子之一；
但在PPE輸注的另外的小鼠模型中發(fā)現(xiàn)了三個有關(guān)的上調(diào)LncRNA，但是因為lncRNA H19在小鼠和人類樣本中是最顯著上調(diào)的IncRNA，故選它作為研究對象；
之后研究人員設(shè)置了體內(nèi)敲除lncRNA H19實驗以及原位雜交實驗，結(jié)果表明，H19表達在擴張的主動脈組織中的內(nèi)側(cè)SMC中顯著升高；
2. 研究人員又采用動態(tài)活細胞成像系統(tǒng)觀察到H19的過度表達導(dǎo)致SMCs細胞凋亡增強和增殖率降低。敲除H19抑制SMC凋亡，但未觀察到對增殖率有顯著影響，這些數(shù)據(jù)表明lncRNA H19可調(diào)節(jié)平滑肌細胞功能；
3. 大量研究表明H19可能作為miR-675的貯存器發(fā)揮作用，用lncRNA H19野生型載體（H19 wt）或lncRNA H19突變株轉(zhuǎn)染培養(yǎng)的hAoSMC，來評估m(xù)iR675在H19介導(dǎo)的SMCs效應(yīng)中的作用，結(jié)果表明在AAA發(fā)育過程中，H19對SMC的影響與miR675無關(guān)；
4. 接下來作者進行了分析和推測，提出H19可能通過改變轉(zhuǎn)錄因子調(diào)節(jié)SMC細胞凋亡，并確定了幾個轉(zhuǎn)錄因子；
設(shè)計RNA陣列來研究H19過表達和敲除后SMC中轉(zhuǎn)錄因子表達的變化。結(jié)果表明HIF1是唯一的差異調(diào)節(jié)因子；之后使用siRNA誘導(dǎo)HIF1α的抑制，證實HIF1α介導(dǎo)H19的作用；
為了進一步探討HIF1α觸發(fā)SMC凋亡的機制，作者進行了HIF1α過表達，或者通過AAA相關(guān)因子AngII誘導(dǎo)其表達，由此引出與促凋亡蛋白Bcl-2啟動子區(qū)相關(guān)的p53結(jié)合位點；
5. 用qRT-PCR評估小鼠和人AAA樣品中HIF1α和凋亡相關(guān)基因的表達，結(jié)果表明H19，HIF1α和BAX均表達上調(diào)，而抗凋亡蛋白BCL2在鼠AngII和PPE模型以及人主動脈瘤中均顯著下調(diào)，H19和HIF1α在兩種小鼠模型中誘導(dǎo)一致，而已知HIF1α下游靶標(biāo)的特定變化在不同的模型中不一致，說明這些變化可能與模型相關(guān)而不是呈HIF1α依賴性；
6. 之后作者通過PPE灌注在野生型（WT）或Ldlr-/-Yucatan迷你豬中誘導(dǎo)AAA，與假手術(shù)組相比，H19的表達顯著上調(diào)，同時PPE誘導(dǎo)的AAA中HIF1α的表達增強；
7. 之后研究人員利用原位雜交（ISH）和鄰近連接測定（PLA）來評估H19和HIF1α之間的物理相互作用，結(jié)果表明AngII治療以及H19的過表達顯著增強了H19和HIF1（主要在細胞質(zhì)中）之間的相互作用；
8. 作者又設(shè)計了生物素標(biāo)記的ISH探針，靶向HIF1α啟動子區(qū)域，在細胞核中證實了Sp1和H19之間的相互作用模式。然后使用在啟動子區(qū)域含有HIF1α wt或Sp1結(jié)合位點突變體的熒光素酶報告基因測定法。觀察發(fā)現(xiàn)Sp1和H19過表達的組合處理顯著增加了轉(zhuǎn)錄活性，這表明H19可促進Sp1與HIF1α啟動子區(qū)域的結(jié)合；
9. 此外，作者使用LongTarget工具預(yù)測H19-HIF1結(jié)合模式，這些數(shù)據(jù)表明，H19通過招募Sp1啟動子區(qū)域增強HIF1γ轉(zhuǎn)錄。
現(xiàn)在我們來總結(jié)下，上篇文章中，作者首先采取生信分析方法在胃癌表達譜中確定一個高表達的LncRNA，接下來驗證，驗證完后探討其機制，重點就在這里，上篇文章中，作者先做推測該LncRNA在順式元件中起作用，然后做實驗證實該推測判斷錯誤，說明該LncRNA可能在轉(zhuǎn)錄水平上起主要調(diào)節(jié)作用，之后又深入做實驗證實了該結(jié)論；
而在本文中，作者建立了兩個不同的誘導(dǎo)動物模型，這就成為了該文章的加分項之一，然后作者確定了要研究的LncRNA之后，也進行了細胞實驗驗證其功能，之后推測其作用機制。
這篇文章的重點就在這里，經(jīng)過分析確定了有可能與之相關(guān)的miRNA，但實驗證明該LncRNA對腫瘤的影響與該miRNA并無聯(lián)系，于是作者進行了分析和推測，提出H19可能通過改變轉(zhuǎn)錄因子來調(diào)節(jié)SMC細胞凋亡，之后設(shè)置實驗證實H19促進HIF1α的轉(zhuǎn)錄，并且可以調(diào)控其翻譯后在細胞內(nèi)的定位，如下圖所示：
所以，上篇文章中，是關(guān)于lncRNA在轉(zhuǎn)錄水平上的調(diào)控作用，而該篇文章中是關(guān)于lncRNA促進HIF1α的轉(zhuǎn)錄，且在翻譯后進行調(diào)控，那你學(xué)習(xí)到了嗎？
看來，想要發(fā)高分文章，普通的套路是不行的，思路才是最重要的，你有什么想法，在留言區(qū)與小編一起討論吧~
