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別人的啟動(dòng)子課題都是怎么設(shè)計(jì)的

微笑如酒 >《生信》

2017.05.04

關(guān)注

別人的啟動(dòng)子課題都是怎么設(shè)計(jì)的

原創(chuàng) 2017-05-04 C君 GCBI知識(shí)庫

GCBI知識(shí)庫

微信號(hào) GCBI-lib

功能介紹 GCBI，是一個(gè)發(fā)現(xiàn)和創(chuàng)造基因知識(shí)的地方。GCBI注重知識(shí)的科學(xué)性、權(quán)威性、豐富性和創(chuàng)新性，為科研工作者提供更為優(yōu)質(zhì)便捷的資源，包括文獻(xiàn)分享、經(jīng)驗(yàn)技術(shù)和最新資訊等。GCBI吸收了大數(shù)據(jù)、新知識(shí)和新技術(shù)，輸出的是醫(yī)學(xué)創(chuàng)新的動(dòng)力引擎。

miRNA promotor

“GCBI課程系列之課題設(shè)計(jì)”

C君 | 文

DNA ……

外泌體 lncRNA

之前介紹了很多從測(cè)序開始的實(shí)驗(yàn)思路，那當(dāng)我們找到了一個(gè)影響細(xì)胞功能學(xué)的基因，接下去分子機(jī)制怎么做？

第一種想法是往下游走，看它參與了哪些代謝通路，它的靶基因是什么，通過怎樣的一個(gè)調(diào)控最終影響了細(xì)胞的功能。另外一種思路是往上游走，看看是什么原因?qū)е铝嘶虻漠惓１磉_(dá)。

那基因的表達(dá)和什么相關(guān)？

DNA甲基化、組蛋白修飾、轉(zhuǎn)錄因子、增強(qiáng)子、啟動(dòng)子等（轉(zhuǎn)錄調(diào)控原件+轉(zhuǎn)錄調(diào)控因子），做上游實(shí)驗(yàn)就可以從這些點(diǎn)入手。

A T

-?-

啟動(dòng)子課題設(shè)計(jì)

G C

今天的周四課堂王剛老師介紹了啟動(dòng)子相關(guān)課題怎么去做。

長按下方二維碼觀看課程視頻

力彑

-?-

內(nèi)容概要

夂小

本次課程以兩篇文章為例，一篇從分子機(jī)制出發(fā)，一篇從臨床出發(fā)。

第一篇文章：套路簡單

HIF-1α binding to AEG-1 promoter induced upregulated AEG-1 expression associated with metastasis in ovarian cancer.

PMID: 28401704 IF: 2.915 Cancer Med. 2017 Apr 12

這篇文章首先驗(yàn)證了AEG-1的上調(diào)和卵巢癌的轉(zhuǎn)移相關(guān)，那是什么導(dǎo)致了AEG-1的上調(diào)？

在最開始列舉了很多與基因表達(dá)相關(guān)的因素，如果沒什么線索，就可以從啟動(dòng)子入手，它是基因轉(zhuǎn)錄的“開關(guān)”嘛。兩種可能性，一種是啟動(dòng)子本身突變導(dǎo)致基因異常轉(zhuǎn)錄，也有可能是什么因子活化了啟動(dòng)子區(qū)域。

這篇文章屬于第二種情形，發(fā)現(xiàn)缺氧誘導(dǎo)因子HIF-1a可能會(huì)誘導(dǎo)AEG-1的表達(dá)。怎么證明？還是兩件套，過表達(dá)和干擾HIF-1a，看看AEG-1的表達(dá)是否受到影響。事實(shí)證明就是這樣的。

圖 HIF-1a誘導(dǎo)了AEG-1的上調(diào)和增強(qiáng)了OVCAR3細(xì)胞的侵襲能力

那HIF-1a怎么調(diào)控AEG-1的表達(dá)呢？比較難解釋的部分大家還是看視頻吧。

總結(jié)下文章的思路：找到一個(gè)影響細(xì)胞功能學(xué)的基因，推測(cè)其上游因子，對(duì)上游因子進(jìn)行過表達(dá)或干擾驗(yàn)證兩者關(guān)系，最后研究調(diào)控機(jī)制。

安利來了……

像這種找上下游調(diào)控有什么工具？

調(diào)控雷達(dá)——輸入基因即可以查詢到相關(guān)的轉(zhuǎn)錄因子，上下游基因，miRNA和lncRNA.

比如文中的AEG-1，通過調(diào)控雷達(dá)可以看到它的轉(zhuǎn)錄因子，靶向miRNA和相關(guān)lncRNA。

調(diào)控雷達(dá)詳細(xì)介紹

第二篇文章：臨床角度出發(fā)

The TERT promoter mutation incidence is modified by germline TERT rs2736098 and rs2736100 polymorphisms in hepatocellular carcinoma.

PMID: 28416747 IF:5.008 Oncotarget. 2017 Feb 18

TERT(端粒酶逆轉(zhuǎn)錄酶)啟動(dòng)子突變與人類癌癥相關(guān)。這篇文章作者首先統(tǒng)計(jì)了較多的樣本，發(fā)現(xiàn)TERT啟動(dòng)子突變和肝癌的預(yù)后顯著相關(guān)，并確定了兩個(gè)熱門突變位點(diǎn)rs2736098和rs2736100。