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在做TCGA分析miRNA的時候，很多學(xué)員提到，希望我們能錄制視頻，將miRNA的3p和5p區(qū)分開來，分別分析。后續(xù)無論是做實(shí)驗(yàn)，發(fā)表文章，還是預(yù)測靶基因，都更方面快捷。正好TCGA的數(shù)據(jù)加入了mirbase數(shù)據(jù)id，可以方便我們區(qū)分3p和5p。所以錄制這個TCGA數(shù)據(jù)庫批量挖掘miRNA的視頻。

microRNA（miRNA）是一類能夠調(diào)節(jié)基因表達(dá)的短單鏈內(nèi)源非編碼RNA（約22nt），通過與互補(bǔ)的mRNA選擇性地結(jié)合抑制蛋白的產(chǎn)生，廣泛存在于動物、植物、病毒等多種有機(jī)體中。

miRNA命名規(guī)則

命名包含三部分內(nèi)容，即物種，microRNA類別，序號。三者間用短線連接（hsa-mir-7）。

   1. 物種一般用三個小寫字母表示，如hsa,mmu和rno分別代表人，小鼠和大鼠。

   2. MicroRNA類別是指所命名的microRNA是pre-miRNA還是mature miRNA。pre-miRNA用mir表示，mature miRNA用miR表示。

   3. 序號為一阿拉伯?dāng)?shù)字，代表microRNA發(fā)現(xiàn)的先后。一般而言，數(shù)字越小，發(fā)現(xiàn)越早。

位于基因組不同部位但產(chǎn)生同樣的mature miRNA的pre-miRNA在序號后添加短線和阿拉伯?dāng)?shù)字以示區(qū)別，如hsa-mir-7-1, hsa-mir-7-2, hsa-mir-7-3。

有些pre-miRNA可以產(chǎn)生兩個mature miRNA。對應(yīng)pre-miRNA莖環(huán)結(jié)構(gòu)5' 和3' 序列的mature miRNA分別加后綴-5p和-3p以示區(qū)分，如hsa-miR-769-5p和hsa-miR-769-3p。

對于僅相差1-2個堿基的mature miRNA，加一個小寫字母后綴以示區(qū)別，如hsa-miR-19a, hsa-miR-19b。