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miRBase:

http://www.mirbase.org

是miRNA的主要公共數(shù)據(jù)庫，提供miRNA序列，注釋查詢，定位，發(fā)卡序列以及命名服務(wù)。

microRNA.org:

http://www.microrna.org/

miRanda數(shù)據(jù)庫提供了關(guān)于人類、果蠅和斑馬魚基因組的microRNA靶目標(biāo)的預(yù)測信息以及miRNA在不同組織的表達(dá)譜。

deepBase：

http://deepbase.sysu.edu.cn/

deepBase從新一代測序技術(shù)(深度測序技術(shù)，deep-sequencing)數(shù)據(jù)中注釋和鑒定microRNA，piRNA，siRNA基因及長非編碼RNA基因及其他們的表達(dá)模式。

starBase：

http://starbase.sysu.edu.cn/

starBase 是一個整合多個數(shù)據(jù)庫的尋找結(jié)合位點的網(wǎng)站，提供了各式各樣的可視化界面去探討microRNA的靶標(biāo)。

targetScan：

http://www.targetscan.org/vert_70/

TargetScan是比較常用的網(wǎng)站，簡單易懂，通過搜索和每條miRNA種子區(qū)域匹配的保守的8mer和7mer位點來預(yù)測靶基因，預(yù)測miRNA靶標(biāo)假陽性率較低。

TarBase:

http://www.tarbase.com/

TarBase數(shù)據(jù)庫人工搜集了實驗驗證過的miRNA的靶基因，包括在人、小鼠、果蠅、蠕蟲和斑馬魚中的miRNA的靶基因。

miRanda：

http://www.microrna.org/microrna/home.do

miRanda是一個miRNA靶基因預(yù)測軟件，適用范圍廣泛，不受物種限制，同時提供windows,linux,和macintosh多平臺版本，可以下載到本地運行。

RNAhybrid：

https://bibiserv.cebitec.uni-bielefeld.de/

RNAhybrid是一種用于尋找一條長鏈RNA和一條短鏈RNA的最小配對自由能的工具，基于miRNA-target配對自由能預(yù)測microRNA的靶標(biāo)，主要用作microRNA靶基因預(yù)測。

CoGeMiR：

http://cogemir.tigem.it/

CoGeMiR數(shù)據(jù)庫總結(jié)關(guān)于在進(jìn)化過程中MicroRNA 在不同動物中的保守性。該數(shù)據(jù)庫搜集已知的和預(yù)測的microRNA關(guān)于染色體定位、保守性和表達(dá)譜方面的信息。

miRNApath：

http://lgmb.fmrp.usp.br/mirnapath/tools.php

miRNApath是一個關(guān)于miRNA、靶基因以及代謝通路的的數(shù)據(jù)庫。

mirWalk:

http://zmf.umm.uni-heidelberg.de/apps/zmf/mirwalk/ 

查找通路中的miRNA以及其靶基因，并且能夠查詢疾病相關(guān)miRNA。