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1 安裝pheatmap包有兩種方式：

    a.install.packages(“pheatmap”)

    b. 通過bioconductor安裝：

    source('http://biocoundctor.org/biocLite.R')
    biocLite('pheatmap')

2 R包的調(diào)用： library(pheatmap)。

3 熱圖的繪制函數(shù)就是pheatmap函數(shù)，對其參數(shù)做以下介紹：

官方的參數(shù)初始情況如下圖：

 我們看到它的參數(shù)設(shè)置和其他的heatmap繪制函數(shù)基本一致。那么我們今天主要講里面幾個主要的參數(shù)，具體的熱圖繪制，調(diào)用函數(shù)的時候注意以下參數(shù)默認(rèn)值即可。

1. color = colorRampPalette(rev(brewer.pal(n= 7, name = 'RdYlBu')))(100)

主要是設(shè)置heatmap中每個格子的顏色以及顏色的過渡范圍。

2.  cellwidth = NA, cellheight = NA

設(shè)置heatmap中每個格子的寬度和高度。

3. scale = 'none'

其參數(shù)有三種：row，column，none（默認(rèn)）。此參數(shù)的意義就是所有的參與熱圖的數(shù)值是否做Z-score處理，并且是對數(shù)值的每一列處理還是每一行處理。

4. cluster_rows = TRUE,cluster_cols = TRUE

對于行列的數(shù)據(jù)是否做聚類，TRUE做聚類，反之不做。

5. cutree_rows = NA, cutree_cols =NA

此參數(shù)是將熱圖的行列分成幾塊，并相互獨立開。

6. annotation_row = NA,annotation_col = NA

此參數(shù)是指對于行列的注釋名稱是否設(shè)置，當(dāng)然這里設(shè)置名稱需要以因子的形式設(shè)置

例：annotation_row = data.frame(

                   GeneClass = factor(rep(c('Path1', 'Path2', 'Path3'),c(10, 4, 6)))

                )

annotation_col = data.frame(

                   CellType = factor(rep(c('CT1', 'CT2'), 5)),

                   Time = 1:5

                )

7. annotation_names_row = TRUE,annotation_names_col = TRUE

此參數(shù)是指是否顯示我們設(shè)置的行列的名稱，比如上面設(shè)置的列名稱CellType。

8. annotation_colors = NA

此參數(shù)的功能是設(shè)置行列每個因子對應(yīng)的顏色設(shè)置，默認(rèn)也會提供顏色，只是可能不是自己所要，舉例其設(shè)置形式：

ann_colors = list(

    Time =c('white', 'firebrick'),

    CellType =c(CT1 = '#1B9E77', CT2 = '#D95F02'),

    GeneClass =c(Path1 = '#7570B3', Path2 = '#E7298A', Path3 ='#66A61E')

)

那么，展示一個已畫好的熱圖，供大家參考，具體的代碼自行發(fā)揮。畢竟繪制heatmap一個函數(shù)就可以了。