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先看一眼這個(gè)函數(shù)的參數(shù)，這么多，而且最后還有省略號(hào)。那么我們應(yīng)該怎么合理使用這些參數(shù)讓你的熱圖看起來(lái)更加高大上呢？pheatmap(mat, color = colorRampPalette(rev(brewer.pal(n = 7, name ='RdYlBu')))(100), kmeans_k = NA, breaks = NA, border_color = 'grey60',cellwidth = NA, cellheight = NA, scale = 'none', cluster_rows = TRUE,cluster_cols = TRUE, clustering_distance_rows = 'euclidean',clustering_distance_cols = 'euclidean', clustering_method = 'complete',clustering_callback = identity2, cutree_rows = NA, cutree_cols = NA,treeheight_row = ifelse((class(cluster_rows) == 'hclust') || cluster_rows,50, 0), treeheight_col = ifelse((class(cluster_cols) == 'hclust') ||cluster_cols, 50, 0), legend = TRUE, legend_breaks = NA,legend_labels = NA, annotation_row = NA, annotation_col = NA,annotation = NA, annotation_colors = NA, annotation_legend = TRUE,annotation_names_row = TRUE, annotation_names_col = TRUE,drop_levels = TRUE, show_rownames = T, show_colnames = T, main = NA,fontsize = 10, fontsize_row = fontsize, fontsize_col = fontsize,display_numbers = F, number_format = '%.2f', number_color = 'grey30',fontsize_number = 0.8 * fontsize, gaps_row = NULL, gaps_col = NULL,labels_row = NULL, labels_col = NULL, filename = NA, width = NA,height = NA, silent = FALSE, na_col = '#DDDDDD', ...)1、數(shù)據(jù)準(zhǔn)備#用來(lái)畫(huà)熱圖的數(shù)據(jù)mat用來(lái)畫(huà)熱圖的數(shù)據(jù)參數(shù)，一般是一個(gè)矩陣，數(shù)據(jù)是基因表達(dá)值，行代表基因，列代表樣本。此次例子，我們選擇了一套GEO數(shù)據(jù)庫(kù)的肺癌數(shù)據(jù)，數(shù)據(jù)編號(hào)為GSE19804，120個(gè)樣本，其中包含60個(gè)癌癥樣本和60個(gè)癌旁正常樣本，前面我們使用t檢驗(yàn)，并對(duì)p值進(jìn)行BH校正，篩選fdr小于0.01的基因中前100個(gè)在癌癥相對(duì)于正常樣本中顯著差異表達(dá)的基因進(jìn)行熱圖繪制。部分?jǐn)?shù)據(jù)顯示如下：2、畫(huà)圖如使用默認(rèn)參數(shù)畫(huà)出來(lái)的熱圖，是不是很不好看？基因名和樣本名亂成一堆，也看不出來(lái)那些樣本聚類(lèi)到了一起...3、參數(shù)調(diào)整#顏色參數(shù)color表示顏色，用來(lái)畫(huà)熱圖的顏色，可以自己定義，默認(rèn)值為colorRampPalette(rev(brewer.pal(n = 7, name ='RdYlBu')))(100)，RdYlBu也就是Rd紅色，Yi黃色，Bu藍(lán)色的過(guò)度，則主調(diào)色為紅黃藍(lán)。我們現(xiàn)在將其色調(diào)改為紅白藍(lán)，看下圖，是不是立馬好看多了？不知道該選什么顏色？網(wǎng)址顏色大全https://www.color-hex.com/color-names.html送給你。#數(shù)據(jù)變換參數(shù)scale是指對(duì)數(shù)值進(jìn)行均一化處理，在基因表達(dá)量的數(shù)據(jù)中，有些基因表達(dá)量極低，有些基因表達(dá)量極高，因此把每個(gè)基因在不同處理和重復(fù)中的數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)換為平均值為0，方差為1的數(shù)據(jù)，可以看出每個(gè)基因在某個(gè)處理和重復(fù)中表達(dá)量是高還是低，一般選擇做row均一化。clustering_method表示聚類(lèi)方法，值可以是hclust的任何一種，如'ward.D','single', 'complete', 'average', 'mcquitty', 'median', 'centroid', 'ward.D2'。cluster_rows表示行是否聚類(lèi)，值可以是FALSE或TRUEclustering_distance_rows行距離度量的方法，如歐氏距離cutree_rows行聚類(lèi)數(shù)treeheight_row行聚類(lèi)樹(shù)的高度，默認(rèn)為50gaps_row對(duì)行進(jìn)行分割，就不應(yīng)對(duì)相應(yīng)的行進(jìn)行聚類(lèi)cluster_cols表示列是否聚類(lèi)，值可以是FALSE或TRUEclustering_distance_cols列距離度量的方法cutree_cols列聚類(lèi)數(shù)treeheight_col列聚類(lèi)樹(shù)的高度，默認(rèn)為50gaps_col對(duì)列進(jìn)行分割，就不應(yīng)對(duì)相應(yīng)的列進(jìn)行聚類(lèi)我們現(xiàn)在將數(shù)據(jù)進(jìn)行行均一化，聚類(lèi)方法選擇complete，進(jìn)行均一化之后的熱圖還沒(méi)有前面的好看，查看數(shù)據(jù)表達(dá)情況，我們發(fā)現(xiàn)最小的表達(dá)值3.149和最大的表達(dá)值13.533之間并沒(méi)有相差很大，因此這套數(shù)據(jù)其實(shí)不適合做均一化處理，畫(huà)出來(lái)的熱圖更好看。#色度條就是熱圖右上角那個(gè)小小的長(zhǎng)方條legend邏輯值，是否顯示色度條，默認(rèn)為T(mén)legend_breaks顯示多少個(gè)顏色數(shù)值段legend_labels對(duì)色度條上對(duì)應(yīng)位置的字符進(jìn)行修改我們對(duì)其進(jìn)行字符修改，可以看到色度條上相應(yīng)的數(shù)字變成了表示顏色高低表達(dá)的字符。#注釋條annotation_colors對(duì)標(biāo)簽的顏色進(jìn)行修改annotation_legend是否顯示標(biāo)簽注釋條annotation_row數(shù)據(jù)框格式，用來(lái)定義熱圖所在行的注釋條annotation_names_row邏輯值，是否顯示行標(biāo)簽名稱(chēng)annotation_col數(shù)據(jù)框格式，用來(lái)定義熱圖所在列的注釋條annotation_names_col邏輯值，是否顯示列標(biāo)簽名稱(chēng)這里我們以列注釋條為例。在注釋條中，這里可以看到正常樣本的大類(lèi)中混有幾個(gè)癌癥樣本，癌癥大類(lèi)中也混入了幾個(gè)正常樣本？你有沒(méi)有想過(guò)是為什么呢？當(dāng)然，你也可以選擇不對(duì)列進(jìn)行聚類(lèi)，這樣樣本的順序可以隨你自己決定怎樣放在一起。#其他修改參數(shù)main設(shè)置圖的標(biāo)題fontsize是設(shè)置所有除主圖以外的標(biāo)簽的大小number_color字體的顏色show_rownames是否顯示行名fontsize_row行名的字體大小labels_rowX軸坐標(biāo)名設(shè)置show_colnames是否顯示列名fontsize_col列名的字體大小labels_coly軸坐標(biāo)名設(shè)置我們修改了字體大小，不顯示樣本名，以及設(shè)置圖片標(biāo)題，到此時(shí)，經(jīng)過(guò)一系列參數(shù)更改，是不是已經(jīng)比一開(kāi)始使用默認(rèn)參數(shù)好看多了呢？（可以增加一個(gè)對(duì)比圖，GSE19804_tumor_vs_normal_heatmap6.png與GSE19804_tumor_vs_normal_heatmap1.png的 對(duì)比）。當(dāng)然還有一些其他的用到不多的參數(shù)，留給讀者自己去實(shí)驗(yàn)一下吧...#小格子參數(shù)設(shè)置--熱圖是由一個(gè)個(gè)的小四方格子組成的，每一個(gè)小格子代表一個(gè)基因在一個(gè)樣本內(nèi)的表達(dá)情況。fontsize_number小格子中數(shù)字大小display_numbers邏輯值，是否在小格子中顯示數(shù)字number_format小格子中數(shù)字顯示形式，但僅有在display_numbers=T時(shí)才能使用na_col設(shè)置小格子為缺失值時(shí)的顏色cellwidth表示每個(gè)小格子的寬度cellheight表示每個(gè)小格子的高度#輸出文件參數(shù)設(shè)置，一般可以直接將畫(huà)好的熱圖以png格式或者pdf格式進(jìn)行寫(xiě)出。filename輸出圖畫(huà)的文件名width輸出圖畫(huà)的寬度height輸出圖畫(huà)的高度