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今天我們就分別來說說這5個(gè)R包畫熱圖的方法。先從heatmap函數(shù)說起。

heatmap(temp,col=colorRampPalette(c('green','black','red'))(12),ColSideColors=colorRampPalette(c('green','black','red'))(12),Colv=NA,cexRow=0.8,cexCol=1.2)

Col指定熱圖所用顏色：

ColSideColors/RowSideColors代表列、行邊是否顯示顏色bar

ColV/RowV表示是否按照列/行聚類，默認(rèn)均為真值

cexCol/cexRow分別表示列/行標(biāo)簽字體大小

scale=c('row','column','none')#設(shè)置是否歸一化

margins=c(5,5)#設(shè)置熱圖下方及右方寬度

若熱圖中對(duì)于樣本有多種分組，需要在行/列帝顯示兩行或多行顏色bar，可選擇heatmap.plus或pheatmap包

cellwidth、cellheigh t#小方格寬度、高度

scale='none' ##是否歸一化

cluster_rows、cluster_cols #是否按行、列聚類

treeheight_row、treeheight_col #橫向、縱向樹高度

legend、annotation（設(shè)置分組）等高級(jí)選項(xiàng)見后面

display_numbers=TRUE #在小方格中顯示數(shù)字

1、無參數(shù)（結(jié)果如右圖1）

pheatmap(temp)

2、設(shè)置col、row方向的樹高（結(jié)果如右圖2）

pheatmap(temp,treeheight_row=120,treeheight_col=20))

3、單一方向聚類（右圖1）

pheatmap(temp,treeheight_row=120,treeheight_col=20,cluster_cols=FALSE)

4、更改顏色（右圖2）

pheatmap(temp,treeheight_row=120,treeheight_col,cluster_cols=FALSE,color=colorRampPalette(c('green','black','red'))(1000))

5、去掉方格邊框、調(diào)節(jié)字體大小、保存（右圖1）

pheatmap(temp,treeheight_row=120,treeheight_col=20,cluster_cols=FALSE,color=colorRampPalette(c('green','black','red'))(5),border_color=NA,fontsize=10,fontsize_row=8,fontsize_col=16,filename='fig1.pdf',width=6,height=14)

treeheight_col、treeheight_row分別為縱向、橫向樹形高度

border_color方格邊框顏色

fontsize為所有字體大小，fontsize_row、fontsize_col分別為row、col方向標(biāo)簽字體大小

6、設(shè)置多個(gè)分組

pheatmap(temp,cluster_cols=FALSE,cluster_rows=TRUE,legend=TRUE,color=colorRampPalette(c('green','black','red'))(1000),border_color=FALSE,fontsize=10,fontsize_row=12,fontsize_col=12,annotation=anno,annotation_legend=TRUE,annotation_colors=anno_colors)

annotation是一個(gè)dataframe，它的每行代表一個(gè)列（樣本）的信息，包括每一列（樣本）所屬的group名，它的colnames代表分組名，rownames為列（樣本）名；annotation_colors是list，每個(gè)列表元素代表一個(gè)級(jí)別，包括分組中各組名稱以及對(duì)應(yīng)的顏色值。

7、不聚類

pheatmap(temp,cluster_col=FALSE,cluster_rows=FALSE,legend=FALSE,color=colorRampPalette(c('green','black','red'))(1000),border_color=TRUE,fontsize=10,fontsize_row=12,fontsize_col=12,filename='fig1.png',width=6,height=14)

8、不聚類、填充數(shù)字

pheatmap(temp,cluster_col=FALSE,cluster_rows=FALSE,legend=FALSE,color=colorRampPalette(c('green','black','red'))(1000),border_color=TRUE,fontsize=10,fontsize_row=12,fontsize_col=12,display_numbers=TRUE,number_format='%.2f',filename='fig1.png',width=6,height=14)

所需包ggplot2、reshape2

library('ggplot2')

library('reshape2')

##首先分別對(duì)數(shù)據(jù)temp在行/列方向上聚類，并保存聚類后的行列順序

hc=hclust(dist(temp))

row_order=hc$order

temp1=temp[row_order,] ###是否對(duì)行列進(jìn)行聚類

temp1=melt(temp1) ###數(shù)據(jù)變換，從matrix到ggplot可以識(shí)別的類型

p<> #指定橫縱坐標(biāo)、填充值

xlab('')+ylab('')+labs(title='')+geom_tile(colour='white',size=0)+scale_fill_grandient(low='green',high='red')+ ###定義填充顏色

geom_text(aes(label=round(value,2)),angel=45,size=3) ###加數(shù)字

print(p)

scale按行或列均一化（'col'或'row'）

Rowv、Colv是否對(duì)行、列聚類

dendrogram是否繪制樹形（none、both、row、col）

margins設(shè)置下方、右方label寬度(eg:margins=c(5,7))

ColSideColors，RowSideColors設(shè)置列、行分組顏色（顏色分別對(duì)應(yīng)各列、各行）

示例代碼（右圖）：

library('gplots')

group=colorRampPalette(c('green','red'))(12)

#12種表示分組關(guān)系的顏色

heatmap.2(temp,col=redgreen,Colv=FALSE,ColSideColors=group,key=TRUE,symkey=FALSE,density.info='none',trace='none')

所需包lattice、latticeExtra

colorkey=list(space='left',width=1.5) #設(shè)置顏色條的寬度和位置（top、left、right、bottom，但不可以與樹形放置在同一側(cè)）

legend=list(...) #在圖上的頂部或右部添加聚類樹（僅可以在右方或上方加），并定義樹形狀（type參數(shù)指定：三角形triangle或矩形<默認(rèn)>）

levelplot(t(data),aspect='fill',...) ###data為matrix

示例代碼（右圖）：

library('lattice')

library(latticeExtra)

hc=hclust(dist(temp)) ###按行聚類

dd.row=as.dendrogram(hc) ###保存行聚類樹形

row.ord=order.dendrogram(dd.row) ###保存行聚類順序

hc=hclust(dist(t(temp))) ###按列聚類

dd.col=as.dendrogram(hc) ###保存列聚類樹形

col.rod=order.dendrogram(dd.col) ###保存列聚類順序

temp1=temp[row.ord,] ###只對(duì)行聚類（是否對(duì)行、列聚類）

levelplot(t(temp1),aspect='fill',colorkey=list(space='left',width=1.5),xlab='',ylab='',legend=list(right=list(fun=dendrogramGrob,args=list(x=dd.row,rod=row.ord,side='right',size=5)),

scales=list(x=list(rot=60)) ###x軸標(biāo)簽旋轉(zhuǎn)60度

今天的干貨分享到這里了，如果覺得鼓搗代碼太麻煩了，可以試著用云平臺(tái)的熱圖工具畫呀（嘻嘻，不打個(gè)廣告小編渾身不自在）。