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解螺旋公眾號·陪伴你科研的第1903天

你曾經(jīng)為作圖而苦惱嗎？你曾經(jīng)因為Figure丑而被導師嫌棄嗎？你曾為高顏值的PPi圖、火山圖、熱圖、韋恩圖，弦圖和主成分分析圖而折服嗎？今天筆者給大介紹一款強大的在線作圖神器——NetworkAnalyst，能夠?qū)⒛阒赖母叨舜髿馍蠙n次的圖一網(wǎng)打盡。

進入NetworkAnalyst網(wǎng)站，網(wǎng)址為https://www.networkanalyst.ca/. 在網(wǎng)頁的上方有關(guān)于NetworkAnalyst網(wǎng)站的定義：它是一個基因表達和meta分析的可視化分析平臺?？梢钥吹?，該網(wǎng)站由5個數(shù)據(jù)上傳入口，可以根據(jù)不同的需求進行選擇，今天筆者以Multiple Gene ExpressionTables入口為例給大家講解。

圖1

點擊Multiple GeneExpression Tables進入數(shù)據(jù)上傳界面，根據(jù)提示可以看到，該入口最大的數(shù)據(jù)上傳數(shù)目為1000。

圖2

需要上傳數(shù)據(jù)時，點擊“Upload”即可上傳，這里我以網(wǎng)站自帶的數(shù)據(jù)為例進行上傳。點擊“Try our example”，獲取三個數(shù)據(jù)集，分別為“E-GEOD-25713、E-GEOD-59276和GSE69588”。

圖3

點擊“OK”即可完成上傳，網(wǎng)站對各個數(shù)據(jù)分別進行了ID轉(zhuǎn)換、注釋、標準化以及可視化等多項操作。

圖4

點擊“Visualization”欄目下方的“view”，可以看到該數(shù)據(jù)集分析后的箱式圖和主成分分析（PCA）圖。

圖5

在圖4網(wǎng)頁的下端，點擊“Proceed”，隨后在新出現(xiàn)的網(wǎng)頁中選擇“Next”對這三個數(shù)據(jù)集進行處理。在質(zhì)量檢測（quality check）頁面中，可以看到這三個數(shù)據(jù)集的PCA圖和密度圖。

圖6

點擊“Proceed”繼續(xù)處理，在新的網(wǎng)頁中點擊“submit”，“Proceed”。可以看到各個基因在三個數(shù)據(jù)集中的變化。

圖7

點擊后方的“View”，可以對基因的變化進行可視化。

圖8

點擊網(wǎng)頁下方的“Proceed”,隨后可以選擇不同的展現(xiàn)方式對數(shù)據(jù)進行可視化。

圖9

對單個數(shù)據(jù)集中的基因進行分析有三個，分別為“Network visual analytics、ORA Enrichment和ORA Heatmap Clustering”，下面一一為大家做介紹。

Network visual analytics

點擊“Network visual analytics”，選擇“GSE69558數(shù)據(jù)集”，隨后點擊“OK”?？梢钥吹接卸鄠€網(wǎng)絡圖可供選擇，這里我選擇構(gòu)建“Generic PPI”。

圖10

點擊“Generic PPI”，隨后需要選擇構(gòu)建蛋白相互作用網(wǎng)絡的數(shù)據(jù)庫，這里我選擇應用較多的STRING數(shù)據(jù)庫。

圖11

點擊“ok”，隨后選擇“Proceed”繼續(xù)處理數(shù)據(jù)，就可以獲得如下圖的PPI網(wǎng)絡圖。在該頁面中，可以對PPI圖進行各種調(diào)整，包括背景顏色、可視化圖形、布局和邊緣類型。

圖12

ORA Enrichment

點擊“ORA Enrichment”，可以獲得如下圖所示的ORA富集圖，與PPI圖類似也可以對圖形進行修改。

圖13

ORA Heatmap Clustering

點擊“ORA Heatmap Clustering”，在數(shù)據(jù)集選擇頁面中點擊“ok”即可獲得如下圖ORA熱圖。

圖14

介紹完單個數(shù)據(jù)集中的基因分析，下面來看看多個數(shù)據(jù)集中的基因分析。主要包含5種可視化分析圖，分別為“Venn Diagram、Chord Diagram、GSEA Enrichment Network、GSEA Heatmap Clustering和PCA 3D”。

Venn Diagram

點擊“Venn Diagram”，“ok”,隨后可以獲得如下韋恩圖。點擊韋恩圖中的任意區(qū)域，可以在左邊看到交集中的基因。

圖15

Chord Diagram

點擊“Chord Diagram”，由于弦圖在基因超過1000個時無法展示，而且需要兩個數(shù)據(jù)集，因此我們選擇的這三個數(shù)據(jù)集無法得出弦圖。

圖16

GSEA Enrichment Network

點擊“GSEA Enrichment Network”，可以獲得以下GSEA富集圖。

圖17

GSEA Heatmap Clustering

點擊“GSEA Heatmap Clustering”，可以獲得如下GSEA熱圖。

圖18

PCA 3D

點擊“PCA 3D”，獲得如下主成分分析圖。

圖19

只需要你準備原始的測序數(shù)據(jù)，該在線網(wǎng)站可以實現(xiàn)一鍵分析，而且可以進行多種高顏值圖形的可視化。各位科研同伴們，可以試試這個網(wǎng)站啊，保證你愛不釋手。

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