GSEA是一款常用的生信分析軟件,
最常使用的功能是幫助大家尋找某個基因可能參與的信號通路和生物學(xué)過程
在很多文章中,我們經(jīng)常會看到下面這張圖:
那么這張圖是怎么做出來的?
圖1:
GSEA的全貌
圖2:
表達數(shù)據(jù)表的格式
1、默認格式 2、 總的基因數(shù)目 3、總的樣本量
(保存時在文本格式二進制下 輸入 “文件名.gct” 注意要加雙引號)
圖3:
點擊左側(cè)load data 上傳上述表達數(shù)據(jù)
圖4:
點擊 左側(cè) Run GSEA
1、點選 圖3 上傳的表達數(shù)據(jù)
圖5:
點擊圖4中的2,選擇所需要分析的生物學(xué)通路
圖6:
點擊圖4中的3后,依次按順序點選下圖中的按鈕,選擇需要分析的基因
圖7:
點擊圖4中的4,選擇表達數(shù)據(jù)中芯片的來源
圖8:
作為單個基因分析,一定要記得更改下圖中方框中的選擇項
圖9:
依次點選查看下圖中按鈕
圖10:
點擊圖9中的3,查看最終結(jié)果,如下圖示:
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