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大家好，有朋友在后臺問如何用R繪制聚類熱圖，其實繪制聚類圖的方法有很多，比如MeV軟件等等，我們今天看如何用R來繪制聚類圖。

首先我們看原始數據，原始數據有兩組，每組4個樣品，共八個樣品，每個樣品有35個microRNA，目的是對35個microRNA和8個樣品進行聚類。

將目標文件所在目錄通過setwd命令設置為當前工作目錄，并用getwd()查看目錄是否設置成功；設置成功后，利用read.table命令讀入目標文件（heatmap_example.txt，注意將文件保存為tab分隔的純文件文件txt），將第一行的樣本名設置為列名（header=T），將第一列設置為行名（row.names=1），通過head(data)查看文件前6行。

###安裝軟件包

install.packages('pheatmap')

install.packages('vegan')

###加載所需軟件包

 library(pheatmap)

 library(gplots)

 library(vegan)

 library(permute)

 library(lattice)

###input target file

 data<>

 data<>

###計算樣品（或基因）間的距離，常用的計算距離函數如vegdist（包含在vegan包中），可以選擇的距離參數如” euclidean”,” jaccard”等，此處以bray-curtis距離為例（”bray”）。

drows<>

dcols<>

###調用pdf函數，用于將圖形保存到heatma.pdf中（可根據需要輸入其他文件名稱）。

pdf(file='heatmap.pdf',width=10,height=10)

###使用pheatmap函數畫圖

pheatmap(data,cellwidth = NA, cellheight =NA, treeheight_row = 50, treeheight_col = 50 ,color = colorRampPalette(c('green', 'black','red'))(100), scale='row', legend=TRUE,border_color=NA, fontsize_row=8, fontsize_col=10,clustering_distance_rows =drows, clustering_distance_cols = dcols, clustering_method='average',main='Heatmap')

###最后關閉圖形函數，返回R終端，即正常輸入界面

 dev.off()

然后回車，就出現(xiàn)我們要的熱圖啦，繪制的聚類圖如下

本文所用數據和代碼下載鏈接：http://pan.baidu.com/s/1eRKmzuE 密碼：be2i

好了，今天就到這里了，關于代碼或者其它分析感興趣的也可以留言給我，謝謝！

That’s all. Thank you!

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