1、報(bào)告結(jié)構(gòu)
報(bào)告從結(jié)構(gòu)上可以分為很多個(gè)部分，首先是報(bào)告的基本信息，然后是用藥提示這一部分，通過(guò)用藥提示我們可以對(duì)整個(gè)報(bào)告所有的結(jié)果有一個(gè)認(rèn)識(shí)，所有的重要結(jié)果都可以從用藥提示里看到，然后用藥提示分為兩部分，一個(gè)是靶向用藥提示，第二個(gè)是化療用藥提示。然后再下面的一部分是一個(gè)變異檢測(cè)結(jié)果，意思就是說(shuō)是在患者血液的ctDNA檢測(cè)到的所有結(jié)果都在這里面，如果有基因拷貝數(shù)變異的話，它也在拷貝數(shù)變異檢測(cè)結(jié)果里頭。
再接下去的一頁(yè)，是目前NCCN指南推薦的檢查，我們把這些靶向藥物和對(duì)應(yīng)的基因檢測(cè)結(jié)果整理出來(lái)，方便臨床大夫看到結(jié)果。但實(shí)際上，我們檢測(cè)的，要比這些列舉的多很多。再后面的話就是靶向藥物解析結(jié)果，其中這個(gè)又分成了很多個(gè)部分，首先第一個(gè)大表格提示敏感的靶向藥物，接下來(lái)是提示耐藥和無(wú)效的靶向藥物。如果發(fā)現(xiàn)耐藥的基因位點(diǎn)，會(huì)在這個(gè)表格里面寫(xiě)明。最后一部分，是研究結(jié)論不一致的靶向藥物，這個(gè)是有的文獻(xiàn)支持某個(gè)基因突變對(duì)靶向藥物敏感，有的文獻(xiàn)則不支持，對(duì)于這部分結(jié)果我們放到哪里。再后面是化療藥物解析，這一般會(huì)有2-3頁(yè)。
最后面是報(bào)告的參考文獻(xiàn)，即判斷靶向藥物的敏感和耐藥所引用的參考文獻(xiàn)，以及一些臨床實(shí)驗(yàn)的列表。最后把我們檢測(cè)的基因，以及我們檢測(cè)所涉及的一些局限性也放到這里了。
2、變異檢測(cè)結(jié)果
如下圖，我們可以看到這份報(bào)告的檢測(cè)結(jié)果，總共有十二行。每一行代表一個(gè)基因的一種突變，最前面是基因的名字。第二列是基因的堿基改變，DNA的變化，第三列是氨基酸的改變，最后一列是突變頻率，由于正常細(xì)胞也會(huì)裂解釋放DNA，ctDNA里不只是腫瘤細(xì)胞的DNA，突變頻率指的是檢測(cè)到的腫瘤的突變占所有的DNA中這個(gè)基因位點(diǎn)的頻率，突變頻率越高，表明腫瘤細(xì)胞占的百分比就越大。
在這個(gè)病人的樣本，我們可以看到，第一行的EGFR基因的19外顯子缺失突變，占到了51.9%，這個(gè)突變是個(gè)對(duì)靶向藥物敏感的突變，在這里它還是存在的。理論上患者對(duì)特羅凱耐藥了，為何它還存在，這個(gè)在第三行大家可以看到T790M存在，而且突變頻率也很高，有32.5%，對(duì)于第一代和第二代耐藥最常見(jiàn)的原因就是T790M，大約有50%是這個(gè)突變導(dǎo)致的耐藥，好消息是剛批準(zhǔn)的9291是可以控制T790M突變導(dǎo)致的耐藥。但是這個(gè)患者也用了9291，但是耐藥并且進(jìn)展。大家往下看報(bào)告，可以看到EGFR基因的C797S，這個(gè)突變會(huì)導(dǎo)致T790M耐藥，這個(gè)突變頻率有18.4%，也是很高的。從這幾個(gè)突變位點(diǎn)，可以部分解釋了患者對(duì)目前靶向藥物的不敏感的原因，另外我們還通過(guò)二代測(cè)序檢測(cè)到了其他耐藥原因，即患者在EGFR基因、HER2基因存在拷貝數(shù)擴(kuò)增，從血液里檢測(cè)出拷貝數(shù)擴(kuò)增，這是很不容易的，一般檢測(cè)到的是基因的點(diǎn)突變。同時(shí)存在EGFR和HER2擴(kuò)增也是會(huì)導(dǎo)致患者對(duì)EGFR-TKI耐藥。通過(guò)這么多不同原因，如T790M和C797S突變，EGFR、HER2擴(kuò)增，我們可以大致了解患者究竟是什么原因?qū)е铝四退?，下一步我們就?huì)希望了解，究竟是有什么樣的治療方案呢。
對(duì)于其他的基因突變，如TP53，突變頻率也很高有36.7%，或者第四行，RB1基因，突變頻率有20.5%，這也是很高的。當(dāng)然下面還有突變頻率較為低的突變，但是這些并沒(méi)有在第一頁(yè)展示出來(lái)。這是因?yàn)殡m然這些基因突變了，但是沒(méi)有針對(duì)這些突變的靶向藥物存在。所以，希望大家理解的是，雖然能找到基因突變，但是不是所有的基因突變有對(duì)應(yīng)的靶向藥物，即找到基因突變，并不是意味著一定會(huì)有對(duì)應(yīng)的靶向藥物，這是很重要的一點(diǎn)。
如RB1基因是一個(gè)失活突變，這個(gè)基因失活會(huì)導(dǎo)致對(duì)帕博西林的耐藥，但是由于帕博西林這個(gè)藥并沒(méi)有在FDA批準(zhǔn)到肺癌里面，所以我們沒(méi)有在報(bào)告里放這個(gè)，但是我們會(huì)在與患者溝通時(shí)闡釋這個(gè)結(jié)果。大家看到ROS1、ALK基因也有突變，但是雖然有突變，但是這個(gè)突變沒(méi)有在很重要的位置，不影響蛋白的功能，也不適合用對(duì)應(yīng)的靶向藥物進(jìn)行治療。一般而言，首先我們要把基因突變給檢測(cè)出來(lái)，然后我們會(huì)判斷這個(gè)基因突變是否影響了蛋白的功能。只有真正影響了基因的功能，失活或者持續(xù)活化，這樣的情況下，靶向藥物一般才能起到一定的抑制作用，也才能判斷一個(gè)患者是不是適合用相對(duì)應(yīng)的靶向藥物。
3、用藥提示
接下來(lái)我們回到靶向藥物提示這里。在這里我們會(huì)標(biāo)明推薦的靶向藥物，不推薦的靶向藥物，這里的推薦和不推薦的依據(jù)是基因的突變類(lèi)型，如果是矛盾的結(jié)果，即有的文獻(xiàn)提示敏感，有的文獻(xiàn)提示耐藥，則放到最后一列，即有爭(zhēng)議的結(jié)果里面。我們可以看到EGFR的變異分為五行，第一行是最開(kāi)始就有的19外顯子缺失，第二行是T790M突變，第三行和第四行是導(dǎo)致T790M耐藥的C797S突變，最后一行是EGFR的拷貝數(shù)擴(kuò)增。從這里可以看到，雖然是同樣的EGFR基因，不同的位點(diǎn)的突變對(duì)應(yīng)的藥物療效是不一樣的。如第一行的外顯子19缺失是提示對(duì)吉非替尼等敏感，我們將其放入第四列。同樣T790M突變，提示對(duì)吉非替尼等耐藥，我們將其放入耐藥的那一列。同理C797S突變，提示對(duì)T790M突變耐藥。EGFR擴(kuò)增也預(yù)示對(duì)應(yīng)西妥昔單抗和帕尼單抗藥物敏感，但是EGFR基因擴(kuò)增對(duì)應(yīng)吉非替尼等藥物的療效目前存在爭(zhēng)議，有文獻(xiàn)說(shuō)EGFR擴(kuò)增對(duì)于TKI藥物仍舊是敏感的，但有的文獻(xiàn)說(shuō)二者沒(méi)有關(guān)系，所以我們將其放入最后一列——研究結(jié)果存在爭(zhēng)議。
對(duì)于Her2拷貝數(shù)增加，有曲妥珠單抗，拉帕替尼等是有效的。但是根據(jù)文獻(xiàn)來(lái)說(shuō)，這些藥物有的說(shuō)有效，有的則報(bào)道無(wú)效，對(duì)于這些結(jié)果我們都放入研究結(jié)論不一致里面。
所以，我們一般會(huì)綜合患者的基因檢測(cè)結(jié)果，最后進(jìn)行判斷哪些藥物是推薦的，哪些是不推薦的。所以大家可以從這里看出來(lái)，我們最終推薦的是西妥昔單抗和帕尼單抗。而對(duì)于正在用的9291并沒(méi)有推薦，因?yàn)槌霈F(xiàn)了耐藥的突變，這與臨床上的結(jié)果，即患者正在使用9291但是病情進(jìn)展的結(jié)果是相一致的。
但是雖然我們推薦了西妥昔單抗和帕尼單抗，但是患者還存在Her2擴(kuò)增，所以對(duì)于患者使用我們推薦的藥物后，效果究竟怎樣，也是不好說(shuō)的。這種情況下，一般是根據(jù)患者之前的治療經(jīng)過(guò)，副反應(yīng)等進(jìn)行綜合考慮，并跟患者溝通其治療過(guò)程，再進(jìn)行權(quán)衡判斷。也是說(shuō)到為何我們給患者推薦了西妥昔單抗，還是不敢肯定結(jié)果如何。就是因?yàn)榛颊叩钠渌蛲蛔?，即攜帶T790M和C797S突變的癌細(xì)胞對(duì)于西妥昔單抗是不敏感的。這也是靶向藥物很大的一個(gè)缺陷，即只能殺滅一定靶點(diǎn)的癌細(xì)胞，對(duì)于其他的靶點(diǎn)它是無(wú)能為力的。
回到這個(gè)患者的情況，我們查文獻(xiàn)發(fā)現(xiàn)，有患者同樣是存在EGFR擴(kuò)增和Her2擴(kuò)增，這部分患者使用了西妥昔單抗加拉帕替尼后，有一定的效果。在這個(gè)研究中，有18個(gè)患者，3個(gè)部分緩解，9個(gè)患者疾病穩(wěn)定，83%的臨床獲益。只是不同的是，那些患者沒(méi)有EGFR的外顯子19缺失，沒(méi)有T790M突變，所以究竟患者使用了這些藥物后效果如何，我們還沒(méi)有這方面的報(bào)道。
如果患者的身體狀態(tài)較好的情況下，還可以推薦使用化療。說(shuō)到化療，我們?cè)诘诙糠钟袀€(gè)化療藥物的提示，對(duì)于化療藥物提示，我們推薦力度不像是靶向藥物那么大。這里頭有很主要的原因是，第一是化療藥物解析方面，能找到的療效證據(jù)是來(lái)自于人群的研究。也就是說(shuō)化療藥物的敏感性，是基于兩個(gè)人群，如A人群的基因型是A，B人群的基因型是B，如果A人群的化療藥物效果好，就歸納為A型基因?qū)熕幬镄Ч?，但這是人群的平均結(jié)果，如果是歸納到單個(gè)人上，這個(gè)支持力度就有限了。另外一個(gè)原因，靶向藥物是反映腫瘤細(xì)胞的基因突變，而化療藥物是查的白細(xì)胞的基因多態(tài)性，對(duì)化療藥物敏感性的結(jié)果都是來(lái)自白細(xì)胞的突變。我們用正常細(xì)胞的基因突變?nèi)ヮA(yù)測(cè)化療藥物作用于腫瘤細(xì)胞的療效，這個(gè)指導(dǎo)意義是很受限的，但如果我們用正常細(xì)胞的基因突變?nèi)ヮA(yù)測(cè)化療藥物的毒副作用，這個(gè)結(jié)果會(huì)好一些。即對(duì)于化療藥物的療效，其實(shí)要根據(jù)臨床實(shí)際來(lái)決定來(lái)的，即只有在有兩種化療藥物供選擇的情況下，再參考化療藥物毒副作用、敏感性結(jié)果。
這個(gè)患者之前用過(guò)的化療方案，如果效果很好情況下，可以嘗試化療。如何患者身體條件很好的情況下，可以做下化療。這些化療藥物敏感性的檢測(cè)結(jié)果要根據(jù)臨床的肝腎功能、身體狀況來(lái)決定的。最后小結(jié)，患者查到很多基因突變，但是很多基因突變沒(méi)有靶向藥物。在EGFR基因存在很多突變，突變類(lèi)型很復(fù)雜，除了有外顯子19之外，還有T790M，以及C797S。同時(shí)還有EGFR和Her2的擴(kuò)增，這也可能是其對(duì)EGFR-TKI耐藥的原因。經(jīng)過(guò)這個(gè)綜合檢測(cè)、綜合的分析后，我們認(rèn)為患者適合的靶向藥物是西妥昔單抗和拉帕替尼這樣的治療。如身體狀態(tài)較好，可以進(jìn)行化療，即一種靶向藥物并不能清除所有的癌細(xì)胞。這里把這個(gè)中間的邏輯盡可能講清楚了，具體到某個(gè)突變使用某個(gè)藥物，具體解析可見(jiàn)靶向藥物解析那個(gè)表格里面，對(duì)于每個(gè)突變進(jìn)行文獻(xiàn)查找，最后進(jìn)行綜合分析。
這個(gè)患者是2011年6月發(fā)現(xiàn)肺腺癌，發(fā)現(xiàn)時(shí)沒(méi)有了手術(shù)機(jī)會(huì)，使用了標(biāo)準(zhǔn)的化療方案，后來(lái)骨轉(zhuǎn)移，做了放療。后來(lái)發(fā)現(xiàn)EGFR的L858R突變，使用特羅凱效果很好。后面特羅凱耐藥后使用2992，2個(gè)月后換用了特羅凱加卡博替尼，還是出現(xiàn)了進(jìn)展，想通過(guò)基因檢測(cè)看看為何是耐藥了，尋找下一步的治療方案。
在變異檢出的那一頁(yè)，可以看到EGFR的突變是L858R，突變頻率是2.4%，另外一個(gè)是TP53的錯(cuò)義突變，頻率是1.8%。從患者的基因突變結(jié)果來(lái)看，只是找到了EGFR的突變，頻率也不是很低。但是沒(méi)有T790M、MET擴(kuò)增、EGFR擴(kuò)增等耐藥的突變都沒(méi)有檢測(cè)到。由于患者之前的EGFR的敏感突變還存在，所以我們還是推薦患者使用EGFR-TKI這么一種藥物。從這里也可以看出來(lái)，真正用藥時(shí)還是要結(jié)合臨床實(shí)際來(lái)的。
但是患者已經(jīng)是特羅凱耐藥了，加184效果也不好，究竟是什么原因?qū)е碌哪退幠?，我們查了很多文獻(xiàn)，其實(shí)也沒(méi)有查到真正耐藥的原因。這種情況的概率是30-40%，即從基因突變的角度找不到耐藥的原因。這里有個(gè)可能的原因是， 我們檢測(cè)了52個(gè)基因，其他的沒(méi)有包含在內(nèi)的基因發(fā)生了突變，導(dǎo)致了耐藥。由于這些突變目前沒(méi)有對(duì)應(yīng)的靶向藥物，所以我們沒(méi)有著重去檢測(cè)他們。也有一種可能，即我們對(duì)EGFR耐藥突變了解還不充分。即我們?nèi)蛟贓GFR基因耐藥的認(rèn)識(shí)還有一些偏差，所以有30-40%的病人是找不到耐藥原因的。
圖９
雖然找不到原因，從結(jié)果上看，由于敏感突變存在，所以患者還需要特羅凱去控制，即攜帶這些敏感突變的癌細(xì)胞可能具有很強(qiáng)的生長(zhǎng)優(yōu)勢(shì)，如果不使用藥物把他們給控制住，可能就會(huì)導(dǎo)致這部分癌細(xì)胞失控。另外一個(gè)，是患者使用阿法替尼，即希望去控制Her2擴(kuò)增，效果不是很理想，可能患者體內(nèi)沒(méi)有Her2擴(kuò)增，可能效果未必會(huì)比特羅凱好?，F(xiàn)在加用卡博替尼，即針對(duì)MET擴(kuò)增靶點(diǎn)并沒(méi)有在基因檢測(cè)中被檢測(cè)到，可能這也并不是最合適的選擇。但卡博替尼還有個(gè)VEGFR靶點(diǎn)，有一定抑制血管生成的作用，所以聯(lián)用這兩個(gè)靶向藥物是有一定道理的。
對(duì)于這個(gè)報(bào)告，我們最想了解的是特羅凱加卡博替尼的治療效果是不是很好，如果不是很理想，則可以使用抗血管生成抑制劑這樣的藥物。對(duì)于血管生成抑制劑藥物，如果我們基因檢測(cè)發(fā)現(xiàn)VEGFR擴(kuò)增我們會(huì)給出提示，但沒(méi)有DNA水平擴(kuò)增，但是患者也可能是VEGFR高表達(dá)，如果這樣使用抗血管生成藥物會(huì)效果較好。我們比較了幾種肺癌常用的血管生成抑制劑，一個(gè)是貝伐單抗，一個(gè)是凡德他尼，凡德他尼既有EGFR靶點(diǎn)還有VEGFR靶點(diǎn)，臨床數(shù)據(jù)提示凡德他尼和化療聯(lián)用的數(shù)據(jù)也很不錯(cuò)，所以如果患者特羅凱和卡博替尼聯(lián)用效果不好，倒是可以使用貝伐單抗。如果患者身體條件可以，也可以使用一段時(shí)間的化療，看是否可以把敏感的和不敏感的癌細(xì)胞給清除掉。
對(duì)于這個(gè)案例總結(jié)是雖然患者對(duì)EGFR-TKI耐藥，但是耐藥機(jī)制不是T790M或MET擴(kuò)增導(dǎo)致的，所以治療上不能按照常規(guī)的一代耐藥換二代，二代耐藥換三代。應(yīng)該考慮特羅凱加卡博替尼治療效果，如果不是很理想，可以考慮使用貝伐單抗或凡德他尼這樣的藥物來(lái)治療。如果身體準(zhǔn)許條件下，可以進(jìn)行化療，即有研究表明化療一段時(shí)間后，之前耐藥的靶向藥物可能會(huì)變得重新敏感。從這個(gè)案例可以看出，對(duì)于EGFR-TKI的耐藥機(jī)制也不是100%的了解，對(duì)于一些案例可能很好地解釋了什么藥物合適，什么藥物不合適。但是對(duì)于另外一些案例，可能查了半天，并不能給出很清晰的結(jié)論，用那種藥物合適。要解決這個(gè)問(wèn)題，我們能夠做的也就是緊跟國(guó)內(nèi)外的研究進(jìn)展，如果有進(jìn)展則納入我們的知識(shí)體系當(dāng)中，希望能解決越來(lái)越多的問(wèn)題。這也是一個(gè)基因測(cè)序公司需要不斷地查閱文獻(xiàn)，累積相應(yīng)的數(shù)據(jù)庫(kù)。
編者：id4hehe
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