元末農(nóng)民大起義中崛起的朱元璋先后削平江南群雄后于公元1368年稱帝，北伐徹底摧毀了元朝殘余勢力，開始了長達(dá)277年的明朝統(tǒng)治。
明初，黃河承元末之舊，由于財(cái)力困難，百廢待興，未能對黃河進(jìn)行大規(guī)模的治理。呈現(xiàn)河道混亂、多支并流、變遷頻繁、河患嚴(yán)重的局面。明初黃河一般為向南經(jīng)淮河流入黃海，其入淮河道較大的有賈魯故道、渦水、潁水，此外還有一些較小的支流。除南流外，明初黃河還時(shí)常北決，沖入山東運(yùn)河。這些支流此決彼淤，迭為主次，黃河不斷作南北擺動，其河患的發(fā)生地集中在河南境內(nèi)，尤其是開封上下決溢次數(shù)極為頻繁。
直到永樂年間疏浚貫通大運(yùn)河后，供應(yīng)宮廷、百官俸祿和軍餉的東南漕糧由運(yùn)河“一衣帶之水”輸達(dá)北京，保證運(yùn)河的安全暢通成為明朝至關(guān)重要的軍國大事。明代運(yùn)河既要用黃河之水，又要避黃河沖決之害，“非假黃河之支流，則運(yùn)道淺澀難行，但沖決過甚，則運(yùn)道反被淤塞。利運(yùn)道者，莫大于黃河；害運(yùn)道者，亦莫大于黃河”（王軏《處河患恤民窮以裨治道疏》，《明經(jīng)世文編》卷一百八十三）。
由于保障漕運(yùn)成為明代治理黃河的行動準(zhǔn)則，梁山是大運(yùn)河的水脊地帶，成為僅次于黃、淮河穿運(yùn)處的重要水利樞紐，期間，黃河對于梁山自然亦是禍福并存，貫穿整個(gè)明代。
明初，黃河主流仍走賈魯治河后的故道，“自曹縣西南的黃陵岡向東南行，經(jīng)單縣南、碭山北至徐州附近入泗水”（《中國三千年運(yùn)河史》），借淮入海。
洪武元年（公元1368年）黃河“決曹州雙河口，入魚臺”（《明史·河渠志》），梁山一帶被淹，“壽張縣城（今壽張集）圮于水”（《梁山水利志·大事記》）。“此次黃河決口，洪水沖開壽張誠西門，于城西匯成支流，后稱為林秭河?？h城被迫南遷（15里）到薛屯，一年后又遷至黃河北，即今壽張”（《山東省梁山縣地名志·壽張集》）。
洪武二十四年（公元1391年）四月，黃河又在原武黑洋山大決，分而三：一支東經(jīng)開封城北五里，折向東南流，再經(jīng)陳州、向城、太和、穎州、穎上，至壽州正陽鎮(zhèn)入淮，后人稱為“大黃河”；一支仍東走徐州以南入淮，因水流較小，后人稱為“小黃河”；另一支由曹州、鄆城漫東平之安山（湖），致使元代開鑿的會通河淤塞。《濟(jì)寧山水志》稱“這是黃河第十八次大徙，第五次流經(jīng)濟(jì)寧（梁山）境”。大運(yùn)河因之被迫斷航達(dá)二十年之久。
永樂九年（公元1411年）宋禮疏浚會通河，“使大河由封丘金龍口至魚臺縣塌場，會入汶水，經(jīng)徐、呂二洪向南入淮河，恢復(fù)了主河?xùn)|流的局面”。但宋禮重浚會通河時(shí)以汶水為水源建南旺分水樞紐，在設(shè)置安山湖水柜時(shí)，從金龍口引黃河水循濟(jì)水故道入之濟(jì)運(yùn)，作為南旺諸湖的補(bǔ)充，這個(gè)黃河入梁山的支流就是柳長河。
黃河主流回歸東流故道后，河南境內(nèi)仍未建立強(qiáng)固的堤防工程，所以，大汛時(shí)首當(dāng)其沖。由于黃河人為地往北分水，常常造成主溜奪枝向北決口，梁山一帶頻遭水災(zāi)，并沖毀張秋會通河運(yùn)道，使漕運(yùn)時(shí)時(shí)處于黃河洪水威脅之下。
正統(tǒng)十三年（1448年），黃河決于陳留縣金村堤及黑潭南岸，不久，新鄉(xiāng)八柳樹和滎澤均決口，河流分為三股：一支“自新鄉(xiāng)八柳樹，漫曹、濮，抵東昌，沖張秋，潰沙灣，壞運(yùn)道，東入?！?；一支自滎澤“漫流于原武，抵開封、祥符、扶溝、通許、洧（wěi）川、尉氏、臨穎、郾城、陳州、商水、西華、項(xiàng)城、太康”，南入于淮；東出徐州的賈魯故道水流微弱，“徐、呂二洪遂淺澀”（《明史·河渠志》）。
明孝宗弘治二年（公元1489年），黃河大決于開封及封丘金龍口，洪水四散奔流，郡邑多被害?！睹魇贰ず忧尽份d：“五月，河決開封及金龍口，入張秋運(yùn)河，又決埽頭五所入沁”。這次決口后，形成南、東、北三面分流的局勢，向南流的分為三支，一支由穎水，兩支入渦河，統(tǒng)匯入淮河入海。北流自原武經(jīng)陽武、祥符、封丘、蘭陽、儀封、考城至曹州沖入張秋運(yùn)河。冬季水消，一些決口淤淀，東流成為主流，由祥符翟家口合沁河，出丁家道口，下徐州?！睹魇贰ず忧尽份d：弘治三年（公元1490年）戶部侍郎白昂治河，通過筑堤疏浚等措施，“使河入汴，汴入睢，睢入泗，泗入淮以達(dá)于?！?。梁山境暫時(shí)不走黃河，兩年后，即弘治五年（公元1492年）七月，“河勢北趨，祥符、蘭陽決口數(shù)道，沖黃陵崗（今蘭考境）犯張秋、戴家廟，掣漕河與汶水會而北行”（《黃河變遷史》）?！斑@是黃河第二十一次大徙，第六次流經(jīng)濟(jì)寧（梁山）境”（《濟(jì)寧山水志》）。
直到弘治七年（公元1494年）劉大夏治河，斷絕黃河北流之路，主流復(fù)歸蘭陽、考城、歸德（商丘）、徐州會淮水東流。
河南境內(nèi)的北岸堤防形成后，南岸也相繼修筑了堤防。在明朝后期，盡管河患頻仍，但多集中在曹縣、單縣、沛縣、徐州等地，河南境內(nèi)的決口已較少出現(xiàn)，黃河很少北犯梁山了。
據(jù)《黃河水利史述要》，崇禎十五年（公元1642年）九月，李自成率領(lǐng)農(nóng)民起義軍與明軍戰(zhàn)與開封，明河南巡撫高名衡掘開開封城北朱家寨及馬家口（《明史》認(rèn)為馬家口為李自成所決，近認(rèn)為二口均為明軍所決）大堤，“至汴堤以外，合為一流，決一大口，直沖汴城以去，而河之故道則涸為平地”（《明史·河渠志》）。一年多以后，明王朝也就滅亡了
