阿桂與溫福、豐昇額會師美諾后，檄令索諾木交出僧格桑，索諾木不理。于是阿桂和溫福在乾隆三十八年奏準(zhǔn)三路進(jìn)攻大金川。這時，阿桂又被授以禮部尚書之職。阿桂與溫福、豐昇額分道進(jìn)軍后，連奪叛軍幾個碉卡，進(jìn)展頗為順利。然而由于統(tǒng)帥溫福指揮失宜并敗死，戰(zhàn)局發(fā)生逆轉(zhuǎn)。索諾木擊敗溫福軍后，乘勝占據(jù)小金川。阿桂聞變，毫不慌亂，親自斷后，將所部安全地撤至達(dá)河。
乾隆帝在熱河（今河北省承德市）行宮得到兵敗的消息，十分震驚，特地召大學(xué)士劉統(tǒng)勛商議對策。劉統(tǒng)勛原不主張對金川用兵，至此卻力主征伐。于是，乾隆帝授阿桂為定西將軍，豐昇額、明亮為副將軍，并調(diào)遣健銳、火器營二千名士兵和吉林索倫兵二千名一起進(jìn)剿金川。阿桂很快就收復(fù)了小金川全境。
捷報傳來，乾隆帝甚為高興，賜詩褒獎阿桂，并命他迅速移師進(jìn)剿大金川。然而，奪取大金川卻不是一件容易的事。因為“大金川之地自乾隆十二三年以來全力抗守，增壘設(shè)險，嚴(yán)密十倍小金川。”阿桂深知此情，作了充分的準(zhǔn)備，然后，于乾隆三十九年兵分三路向大金川進(jìn)攻，經(jīng)過兩年的鏖戰(zhàn)和圍攻，在海蘭察等將領(lǐng)和廣大士卒的奮勇沖殺下，終于在乾隆四十一年正月逼令索諾木偕其祖莎羅奔及部眾二千余降，阿桂安置大小金川“歸順”的藏族頭領(lǐng)和一般人員，設(shè)副將、同知分駐其地，不久設(shè)懋功廳，廢除了原來的土司制度。
阿桂征伐大小金川的勝利，也使他的地位大大提高。乾隆帝封其為一等誠謀英勇公，并進(jìn)為協(xié)辦大學(xué)士、吏部尚書和軍機(jī)大臣。乾隆四十一年四月，清軍班師回朝。乾隆帝親自到北京城南良鄉(xiāng)“行郊迎禮”，進(jìn)城后，“御紫光閣，行飲至禮”。
在清政府批準(zhǔn)他的建議后，阿桂于乾隆二十五年(1760年)春，帶領(lǐng)各族軍民，頂風(fēng)冒雪，翻越天山的穆素爾冰達(dá)坂，從阿克蘇趕赴伊犁，爭取在春暖解凍時播下第一批種子。
伊犁，是我國西北邊疆一塊美麗富饒的寶地。天山分支哈爾克他烏山和婆羅科努山，象南北兩大屏障高聳屹立，既減弱了西伯利亞寒潮的侵襲，又阻止了塔克拉瑪干大沙漠干熱風(fēng)的危害。境內(nèi)伊犁河及其上游的喀什河，鞏乃斯河，特克斯河日夜奔流。這里氣候溫和，雨量充沛，土地肥沃，是發(fā)展農(nóng)業(yè)生產(chǎn)的理想場所。但是，清朝統(tǒng)治新疆初期的伊犁，由于長期戰(zhàn)爭的破壞，卻變成人煙稀少，野獸出沒的一片荒野，一切生產(chǎn)都處于停頓狀態(tài)。清政府為了鞏固在新疆的統(tǒng)治和保衛(wèi)西北邊疆的安全，決定在這里建城駐兵，守邊衛(wèi)內(nèi)。要實現(xiàn)這一目標(biāo)，首先必須解決軍民的吃糧問題。伊犁距內(nèi)陸遙遠(yuǎn)，高山戈壁阻隔，靠內(nèi)陸運糧當(dāng)然無望，只有在當(dāng)?shù)赝吞镩_荒、種地產(chǎn)糧，才是唯一出路。阿桂就是肩負(fù)著這一重大使命從事這項工作的。
阿桂帶領(lǐng)各族軍民到伊犁后，抓住春播季節(jié)，在伊犁河南的海努克等地一面開荒下種，一面建房筑壘，很快取得成效；接著，組織軍民開挖渠道，整修道路，為進(jìn)一步恢復(fù)生產(chǎn)作準(zhǔn)備。在阿桂的組織和各族軍民努力下，伊犁的屯田當(dāng)年即獲得成效，僅300戶維吾爾族農(nóng)民屯田“所收谷石，接濟(jì)前后駐扎官兵，及厄魯特(蒙古族)，回人(維吾爾族)二千余口，可至來年五月”，一下子解決了當(dāng)?shù)剀娒竦某燥垎栴}。
清政府接到阿桂的以上報告后，大受鼓舞，決定擴(kuò)大伊犁的屯田面積。乾隆二十六年(1761年)春，從烏魯木齊抽調(diào)的500名綠營兵，從南疆招集的800戶維吾爾族農(nóng)民，先后到達(dá)伊犁。阿桂把這些軍民安置在伊犁河兩岸，立即開始墾荒播種。這年秋收時，800戶維吾爾族農(nóng)民“合算每人收谷四十石”，綠營兵“屯田八千畝，收獲大小麥、黍、粟、青稞等谷，共二萬七千一百石有奇”，又是一個大豐收。
其次，繼續(xù)擴(kuò)大土兵屯田的面積。清政府從內(nèi)陸抽調(diào)到伊犁屯田的綠營兵很快達(dá)到2500名。阿桂把屯兵分為25屯，每屯100名，分別安置在綏定、清水河、蘆草溝一帶(皆今霍爾果斯縣境)，并特設(shè)總兵一人管轄。根據(jù)規(guī)定，每個土兵屯地20宙，由官方發(fā)給農(nóng)具耕畜，每屯年交糧食1800石至2800石不等。后來，清政府又把內(nèi)陸的大批犯人發(fā)遣到伊犁種地，交給屯兵看管，每人種地12畝，年交糧6石。這是伊犁軍民糧食的另一個重要來源。
再次，遷移內(nèi)陸的無地農(nóng)民到伊犁屯田。對凡是到伊犁屯田的內(nèi)陸農(nóng)民，當(dāng)局“每戶給地三十畝”，并提供農(nóng)具、耕畜，種子等，讓他們安心生產(chǎn)。土地六年后交賦，每年交糧9升左右。對屯田土兵遣犯的家屬，也分給他們土地，盡量把他們編入民籍，安心生產(chǎn)。
另外，對這一時期遷移到伊犁定居的錫伯、索倫等族軍民，阿桂也進(jìn)行了妥善的安置，讓他們在查布察爾、霍爾果斯一帶，一方面駐防守邊，一方面屯田生產(chǎn)。這些八旗軍民克服了重重困難，開墾出大片土地，很快做到了糧食自給自足。
總之，伊犁地區(qū)的屯田在阿桂等人的組織領(lǐng)導(dǎo)下，在各族軍民的共同努力下，取得了顯著的成績，昔日荒涼的伊犁河谷，變成到處是良田炊煙，雞鳴畜叫的塞外糧倉。
乾隆四十七年(1782年)，據(jù)伊犁將軍伊勒圖向清政府報告說：當(dāng)?shù)赜捎谕吞镞B年豐收，倉庫里儲存的糧食達(dá)“五十多萬石”，“足可備放三年有余”，陳陳相因，以致于發(fā)生霉?fàn)€。由于糧食問題的解決，給伊犁經(jīng)濟(jì)的發(fā)展奠定了基礎(chǔ)，當(dāng)?shù)氐男竽翗I(yè)、商業(yè)相應(yīng)也發(fā)展起來。伊犁九城也先后建成，成為伊犁軍民守衛(wèi)西北邊疆的主要據(jù)點。
伊犁“如內(nèi)陸，數(shù)千里行旅晏然”，出現(xiàn)了前所未有的社會安定、繁榮的景象。在這次完成把伊犁建成新疆政治、軍事中心和反對外來侵略堅強(qiáng)堡壘的任務(wù)中，無庸質(zhì)疑，阿桂是有“經(jīng)始之功”的。
清乾隆四十三年 (1778)，黃枚(?～1784)任浙江平陽知縣。不久，民間流傳“黃梅（枚）時節(jié)家家苦，青草池塘處處冤”的謠諺。四十九年，知府方林彈劾他虧空庫實，撤了他的職。接署的金仁、汪誠先都不敢就任。到十一月，仍由他復(fù)職。不但未彌補(bǔ)虧空，反而挾制上司。其時尚書曹文埴受命來浙江清厘倉庫，黃枚是他外孫女婿，所以有恃無恐。 乾隆五十一年閏七月，浙江提督學(xué)政竇光鼐主持院試，高宗令他就所見聞上奏。竇于閱卷中，見平陽縣童生楊中所寫并非制藝，而是黃枚的罪狀，讀后大驚。經(jīng)查實：該縣虧空已在10萬以上，黃枚猶借此向民間勒借。遂上奏。朝廷派大學(xué)士阿桂會辦。阿桂為黃枚義父，與曹文埴等串通，復(fù)奏反誣竇光鼐所奏不實。
竇光鼐即親到平陽查訪，再上奏折云：“臣赴縣學(xué)明倫堂，有吳榮烈等紳民數(shù)百人呈送五十年田單二千余，供稱‘黃知縣以彌補(bǔ)虧空為名，畝捐錢五十，戶給一單。’復(fù)據(jù)吳榮烈等人呈送四十七年借票九張，錢二千一百千，供稱：‘四十四年，四十七年勸捐兩次’。監(jiān)生伍庚等供稱：‘勸捐不到者，即飭役勒捐錢，自百余干至三五十千不等，縣庫有籍可稽?！揭靥锴甙倨呤曈衅妫€捐錢五十，已浮于原虧之?dāng)?shù)。以此彌補(bǔ)，已屬違法；況仍不彌補(bǔ)，實出情理之外。平邑倉谷四萬七千一百余石，黃枚糶成空倉。每當(dāng)采買，并不給價。先付花戶小票一張，號曰‘飛頭’；或付谷領(lǐng)一紙，先填明石數(shù)充官，俟繳錢后發(fā)還。票內(nèi)銀價，乃用以收錢，謂之‘朋帖錢’。所繳谷錢，每石五六百、六七百不等，名為采買，實則勒捐。是該員借彌補(bǔ)而勒捐，既勒捐而仍不彌補(bǔ)。在任八年，侵吞部定谷價勒捐之錢，計贓不下二十余萬。原告吳榮烈等隨臣到杭，愿與黃枚質(zhì)對。田單、印票、飛頭、谷領(lǐng)、收帖、催貼、借票各檢一紙，恭呈御覽?！?/p>
但這奏折又被扣押。浙江巡撫伊齡阿卻據(jù)溫處道、永嘉知縣、平陽知縣等匯報，謊奏竇光鼐在平陽“刑逼書吏、恐嚇生監(jiān)、勒寫親供狀”，于是奉旨革職拿問。 吳榮烈等趕赴溫州，見到竇光鼐，執(zhí)手痛哭。竇說：“我愿為此事捐生，你們也受到牽連，有遺憾不?”都說愿隨竇赴杭誓死抗?fàn)?。在公堂對質(zhì)中，潘榮桂大呼：“自古皆有死，民無信不立！”審問官相顧失色。
這時，竇的最后一道奏折僥幸被附于湖南某將軍封折中，才被乾隆看到，下諭：“著阿桂會同江蘇巡撫閔鶚元查辦”。
至此，阿桂不得不據(jù)實回奏：黃枚在任期中共侵吞庫銀一萬七干余兩，以借彌補(bǔ)為名，按田科派勒索，計銀—萬四千余兩。奉旨：黃枚著即處斬。大學(xué)士阿桂、尚書曹文埴，下至道、府、縣各官十余人，分別受到革職或降職處分。
乾隆三十三年，明瑞征緬兵敗自盡身亡以后，乾隆帝即授阿桂為副將軍，偕同經(jīng)略大學(xué)士傅恒、副將軍阿里袞再次進(jìn)攻緬甸。同年三月，阿桂奉召回京，四月授兵部尚書，六月又出任云貴總督。十一月，阿桂抵達(dá)云南永昌后，便與阿里袞率軍攻取緬甸舊都木梳，然后，阿桂則率另一路軍往蠻暮（今緬甸八莫）、野牛壩等地督造戰(zhàn)船，以備水軍進(jìn)戰(zhàn)之用。清軍連續(xù)進(jìn)攻，一再獲勝，但因緬軍持續(xù)抵抗和水土不合，士卒大量病亡，副將軍阿里衰病故，經(jīng)略傅恒身患重病，乾隆帝令阿桂籌畫撤軍事宜，并于乾隆三十四年底與緬甸議和。阿桂于十二月被任命為禮部尚書，因尚在云南，先由索爾納代理其職。時木邦、蠻暮和孟連土司頭目為躲避緬甸侵害，請求清政府將他們安置于內(nèi)陸，阿桂建議將云南大理、蒙化一帶舊有的馬廠官莊田撥給他們居住為生，朝廷予以批準(zhǔn)。乾隆三十五年八月，乾隆帝以緬甸不遣使臣進(jìn)貢，將阿桂的領(lǐng)侍衛(wèi)內(nèi)大臣、禮部尚書和鑲紅旗漢軍都統(tǒng)等職均革去，“著以內(nèi)大臣革職留任，辦副將軍事，令其自效”。乾隆三十六年，又令阿桂出偏師騷擾緬甸，待其疲憊，再興師攻之，阿桂則上疏請求大舉攻緬，乾隆帝認(rèn)為阿桂的建議不合時宜，下詔斥責(zé)，并奪其官，留軍營效力。
