施工合同主體糾紛
(1)施工單位無證、無照承包工程所簽訂的合同無效(一般農(nóng)建工程除外)。
(2)施工單位借用、冒用、盜用營業(yè)執(zhí)照、資質(zhì)證書承包工程所簽訂的合同無效。
(3)施工單位超越經(jīng)營范圍、資質(zhì)等級承包工程所簽訂的合同無效。
(4)無資質(zhì)的建筑隊掛靠建筑公司，成為建筑公司的一個工區(qū)對外承包工程，有兩種情況:
①以掛靠單位的名義簽訂合同的，合同無效;
②以被掛靠單位的名義簽訂合同，有兩種情況:A.建筑公司承包工程，將工程交給建筑隊施工，所簽訂的合同有效;B.建筑隊自己承包工程，以建筑公司的名義簽訂合同，合同無效。
(5)建筑公司的分支機構(gòu)對外承包工程，所簽訂的合同無效。
(6)個人建筑隊、個人合伙建筑隊承建的一般農(nóng)用建筑，符合有關(guān)規(guī)定的，認定有效。
(7)兩個施工單位聯(lián)合共同承包工程的，應按資質(zhì)等級低的單位的業(yè)務許可范圍承包，否則合同無效。
施工合同工程款糾紛
(1)關(guān)于無效合同的工程價款結(jié)算
施工合同被確認為無效后，若建設工程經(jīng)竣工驗收合格的，按照雙方合同的約定結(jié)算工程價款;若建設工程經(jīng)竣工驗收不合格的，修復后驗收合格的，發(fā)包人可以要求承包人承擔修復費用;修復后仍驗收不合格的，承包人無權(quán)得到整個工程的工程價款。
(2)關(guān)于發(fā)包人與承包人之間就同一工程簽訂幾份不同版本合同的工程價款結(jié)算
若幾份不同版本的合同中有一份是經(jīng)備案的中標合同，以經(jīng)備案的中標合同為結(jié)算依據(jù)。否則，應根據(jù)合同簽訂的時間順序，以后簽訂的合同為結(jié)算依據(jù)。
(3)關(guān)于實際施工人主張工程價款的特別規(guī)定
實際施工人以轉(zhuǎn)包人、違法分包人為被告起訴的，人民法院應當依法受理。
實際施工人以發(fā)包人為被告主張權(quán)利的，人民法院可以追加轉(zhuǎn)包人或者違法分包人為本案當事人。發(fā)包人只在欠付工程價款的范圍內(nèi)對實際施工人承擔責任。
工程質(zhì)量糾紛
(1)一般施工質(zhì)量糾紛
由于承包方原因造成工程質(zhì)量不符合合同規(guī)定的，承包方應負責無償修理或返工，由此造成工程逾期交付的，應支付逾期違約金。在合同規(guī)定的保修期內(nèi)，對屬于承包方責任的工程質(zhì)量問題，負責無償修理。
隱蔽工程經(jīng)雙方驗收認可后，承包人繼續(xù)施工而發(fā)現(xiàn)隱蔽工程存在質(zhì)量問題造成損失的，發(fā)包人應承擔相應的過錯責任;若設計單位和監(jiān)理單位亦有過錯的，應按過錯大小各自承擔相應的責任。
(2)工程未經(jīng)驗收即投入使用的質(zhì)量糾紛
發(fā)包方工程未經(jīng)驗收即投入使用的，其責任在發(fā)包方，承包方不予認可，出現(xiàn)的質(zhì)量問題由發(fā)包方自己承擔。但未經(jīng)竣工驗收，發(fā)包人提前使用建筑物，使用后發(fā)現(xiàn)因地基基礎(chǔ)工程和主體結(jié)構(gòu)的質(zhì)量存在缺陷影響建筑物安全使用的，承包人應承擔民事責任。發(fā)包人能夠證明工程質(zhì)量不符合規(guī)定的質(zhì)量標準，是由于施工人偷工減料，使用不合格材料，或者不按設計圖紙、技術(shù)標準施工造成的，施工人應當承擔民事責任。對于其他可整改或者外露的質(zhì)量問題，施工人不承擔民事責任，返工和修理費由發(fā)包人自行承擔。
施工合同工期糾紛
工程實際工期超過施工合同約定工期的，若系承包人原因造成延期，則應按合同約定承擔違約責任。若是發(fā)包人原因造成延期，應按合同約定賠償承包人損失。若是雙方原因造成工期延誤的，則應按實際情況確定責任
簽訂建設工程施工合同時應注意的問題
1、在施工總承包合同中，發(fā)包人不得:
(1)直接指定專業(yè)施工分包人或者勞務分包人;
(2)指定承包人負責采購的建筑材料、設備、建筑構(gòu)配件的生產(chǎn)商、供應商; （注：來源于《建筑法》，俗稱甲指乙供，指的是未在合同中約定就甲供材）。
(3)將應當由一個承包人完成的建設工程肢解成若干部分發(fā)包給幾個承包人; （比如：一條路，分成若干段）
(4)將應當采取招標方式發(fā)包的建筑工程發(fā)包給未中標人或者中標無效的投標人。
2、在施工總承包合同中，施工總承包人不得:
(1)將總承包工程全部轉(zhuǎn)包給其他承包人，或者將工程肢解成若干部分以分包的名義發(fā)包給其他承包人;
(2)除勞務分包外，在合同未約定且未經(jīng)發(fā)包人認可的情況下將總承包工程中的專業(yè)工程分包給其他施工人;
(3)將工程主體結(jié)構(gòu)的施工交由他人完成。
3、工程分包應遵循一定的原則:
(1)除施工總承包合同已有約定外，專業(yè)施工分包必須經(jīng)發(fā)包人認可;
(2)專業(yè)施工分包人必須具備相應的專業(yè)承包施工資質(zhì)，并在其資質(zhì)等級許可的范圍內(nèi)承攬業(yè)務，勞務分包人必須具備相應的勞務承包資質(zhì)，并在其資質(zhì)許可的范圍內(nèi)承攬業(yè)務;
(3)專業(yè)施工分包人必須自行完成所承包的工程，不得將全部轉(zhuǎn)包或者部分再分包;
(4)專業(yè)施工分包人就其完成的工作成果與施工總承包人共同向施工總承包合同的發(fā)包人承擔連帶責任
工程索賠
工程索賠是工程合同承、發(fā)包雙方中的任何一方因未能獲得合同約定支付各種費用、順延工期、賠償損失的書面確認，在約定期限內(nèi)向?qū)Ψ教岢鲑r償請求的一種權(quán)利，是單方的權(quán)利主張。
索賠的法律特征有:
(1)與工程簽證是雙方法律行為的特征不同，工程索賠是雙方未能協(xié)商一致的結(jié)果，是單方主張權(quán)利的要求，是單方法律行為。
(2)與工程簽證涉及的利益已經(jīng)確定的特點不同，工程索賠涉及的利益尚待確定，是一種期待利益。
(3)與工程簽證一般不依賴于其他證據(jù)不同，工程索賠是要求未獲確認的權(quán)利的單方主張，必須依賴于證據(jù)。
發(fā)包人未能按照合同約定支付各種費用、順延工期、賠償損失的，根據(jù)《建設工程施工合同(示范文本)》(GF-1999-0201)的規(guī)定，承包人可以按以下規(guī)定向發(fā)包人索賠:
(1)有正當索賠理由，且有索賠事件發(fā)生時的有關(guān)證據(jù);
(2)索賠事件發(fā)生后28天內(nèi)，向發(fā)包人發(fā)出索賠的通知;
(3)發(fā)包人在接到索賠通知后28天內(nèi)未給予答復，或要求承包人進一步補充索賠理由和證據(jù)，發(fā)包人在10天內(nèi)未予答復或未對承包人作進一步要求的，應視為該項索賠已經(jīng)認可。
發(fā)包人向承包人索賠的主要原因有:工程誤期、違反合同規(guī)定、工程缺陷和不執(zhí)行工程師糾正指示、承包人違約，以及由于承包人違約、毀約或他對此負有責任引起的變更等。發(fā)包人應按合同規(guī)定的合法程序要求承包人補償、賠償和趕工。在發(fā)包人向承包人索賠成立時，發(fā)包人可以從應支付或?qū)⒁Ц兜娜魏慰铐椫袑⒊邪藨袚r償扣回，也可以從保留金和履約擔保中得到補償，或者以債務方式利用承包人的現(xiàn)場材料和設備作為抵押等。
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