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使用說明：

$Rscript $scriptdir/enrichGSEA_pip.r -h
usage: /work/my_stad_immu/scripts/enrichGSEA_pip.r [-h] -a all.deg.file -g
                                                   gmtfile [-p pvalueCutoff]
                                                   [-t pvalueCutoff]
                                                   [-n prefix] [-o outdir]
                                                   [-H height] [-W width]
GSEA enrich analysis :https://www.omicsclass.com/article/1504
optional arguments:
  -h, --help            show this help message and exit
  -a all.deg.file, --all.deg.file all.deg.file
                        all diff express gene list file,must include log2FC
                        column, required
  -g gmtfile, --gmtfile gmtfile
                        GSEA gmtfile function class file, required
  -p pvalueCutoff, --pvalueCutoff pvalueCutoff
                        pvalue cutoff on enrichment tests to report,
                        [optional, default: 0.1 ]
  -t top, --top top
                        top NES for barplot [optional, default:10 ]
  -n prefix, --prefix prefix
                        the output file prefix [optional, default: GSEA ]
  -o outdir, --outdir outdir
                        output file directory [default cwd]
  -H height, --height height
                        the height of pic inches [default 5]
  -W width, --width width
                        the width of pic inches [default 5]

參數(shù)說明：

-a 輸入差異基因分析所以的結(jié)果； 必須含有l(wèi)og2FC這列差異倍數(shù)信息，用于GSEA排序；

-g 指定 gmt文件  基因集： 更多GSEA功能富集數(shù)據(jù)下載：http://software.broadinstitute.org/gsea/downloads.jsp#msigdb

使用舉例：

#更多GSEA功能富集數(shù)據(jù)下載：http://software.broadinstitute.org/gsea/downloads.jsp#msigdb
wget -c https://data.broadinstitute.org/gsea-msigdb/msigdb/release/7.4/c2.cp.kegg.v7.4.symbols.gmt

Rscript $scriptdir/enrichGSEA_pip.r   --all.deg.file $workdir/04.deg/S1_vs_S2.all.tsv \
  --gmtfile  c2.cp.kegg.v7.4.symbols.gmt -o GSEA -n S1_vs_S2_KEGG -p 0.05 

結(jié)果展示：

富集結(jié)果：

Description為基因集的名字，setSize代表該基因集下的基因總數(shù)，enrichmentScore代表Enrichment score, NES代表歸一化后的Enrichment score,    pvalue，表征富集結(jié)果的可信度， qvalue是多重假設(shè)檢驗(yàn)矯正后的p值。

富集圖：

分成3個(gè)部分，

第一部分為基因Enrichment Score的折線圖，橫軸為該基因下的每個(gè)基因，縱軸為對應(yīng)的Running ES, 在折線圖中有個(gè)峰值，該峰值就是這個(gè)基因集的Enrichemnt score，峰值之前的基因就是該基因集下的核心基因。

第二部分為hit，用線條標(biāo)記位于該基因集下的基因 

第三部分為所有基因的rank值分布圖, 對應(yīng)了縱軸的標(biāo)題。

參考文獻(xiàn)：

Yu G, Wang L, Han Y, He Q (2012). “clusterProfiler: an R package for comparing biological themes among gene clusters.” OMICS: A Journal of Integrative Biology, 16(5), 284-287. doi: 10.1089/omi.2011.0118.