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咱公眾號也不能只做一個(gè)系列，所以經(jīng)過深思熟慮，打算將來慢慢增加一些內(nèi)容，主要有以下幾個(gè)系列TCGA數(shù)據(jù)分析系列GEO數(shù)據(jù)分析系列"老板給一個(gè)基因，我該怎么辦"系列文獻(xiàn)閱讀系列R語言學(xué)習(xí)系列Python學(xué)習(xí)系列前段時(shí)間我們更新過一篇推文熱圖系列1，隸屬R語言學(xué)習(xí)系列，今天我們繼續(xù)熱圖系列2導(dǎo)入數(shù)據(jù)library(pheatmap)TEST=read.csv("TEST.csv",sep = ',',header = T,row.names=1)繪制默認(rèn)熱圖pheatmap(TEST)歸一化我們的示例數(shù)據(jù)基因差異很明顯，而且沒有離群值，當(dāng)有一個(gè)極大值的時(shí)候，就不會(huì)有這樣的效果，比如TEST1=TESTTEST1[1,20]<-1000pheatmap(TEST1)這樣完全看不出差異了，所以這個(gè)時(shí)候需要對數(shù)據(jù)進(jìn)行標(biāo)準(zhǔn)化#scale = "row"參數(shù)對行進(jìn)行歸一化#clustering_method參數(shù)設(shè)定不同聚類方法，默認(rèn)為"complete",可以設(shè)定為#'ward', 'ward.D', 'ward.D2', 'single', 'complete', 'average', 'mcquitty', 'median' or 'centroid'pheatmap(TEST1,scale = "row")#按照行進(jìn)行均一化這樣就可以看清基因表達(dá)之間的差異了聚類pheatmap(TEST1,scale = "row",clustering_distance_rows = "correlation")#表示行聚類使用皮爾森相關(guān)系數(shù)聚類，默認(rèn)為歐氏距離"euclidean"#可以對行，列聚類，cluster_row行 ,cluster_col列pheatmap(TEST,scale = "row",cluster_row=T,cluster_col=T)設(shè)定cell 的大小pheatmap(TEST, cellwidth = 10, cellheight = 5, fontsize = 10)#寬10，長5，字體大小10設(shè)定 text#display_numbers = TRUE參數(shù)設(shè)定在每個(gè)熱圖格子中顯示相應(yīng)的數(shù)值，#number_color參數(shù)設(shè)置數(shù)值字體的顏色,#fontsize_number設(shè)置數(shù)字的大小pheatmap(TEST, display_numbers = TRUE,number_color = "black",fontsize_number=6)#設(shè)定展示條件pheatmap(TEST, display_numbers = matrix(ifelse(TEST > 6, "*", ""), nrow(test)))#圖8#展示大于6的為*設(shè)置 legend#legend_breaks參數(shù)設(shè)定圖例顯示范圍，legend_labels參數(shù)添加圖例標(biāo)簽pheatmap(TEST, legend_breaks = -3:3)#也可以去掉legendpheatmap(TEST, legend= F)設(shè)定 color#自定義顏色 colorRampPalette pheatmap(TEST, color = colorRampPalette(c("navy", "white", "firebrick3"))(100))每一種顏色在R里面都有代碼，如下圖，我們可以不斷的嘗試直到畫出自己滿意的顏色代碼網(wǎng)址：https://www.114la.com/other/rgb.htm設(shè)置邊框# border_color參數(shù)設(shè)定每個(gè)熱圖格子的邊框色# border=TRIUE/FALSE參數(shù)是否要邊框線pheatmap(TEST, border=FALSE)#不要邊框設(shè)置注釋#生成列的注釋colnames(TEST)annotation_col= data.frame(Type=factor(c(rep('cancer',10),rep('normal',10))))rownames(annotation_col) =colnames(TEST)#畫圖pheatmap(TEST, annotation_col = annotation_col)設(shè)定gappheatmap(TEST,scale = "row", annotation_col = annotation_col,gaps_row = 25,cluster_rows = FALSE)pheatmap(TEST,scale = "row", annotation_col = annotation_col,gaps_col = 10,cluster_cols = FALSE)pheatmap(TEST,scale = "row", annotation_col = annotation_col,gaps_col = 10,cluster_cols = FALSE,gaps_row = 25,cluster_rows = FALSE)展示行或者列的labellabels_row = c("gene1", "", "", "","", "", "", "","", "", "", "", "","", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "","", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "gene50")pheatmap(TEST, annotation_col = annotation_col, labels_row = labels_row,cluster_rows = FALSE)自己又只做了一個(gè)數(shù)據(jù)，得到下面的圖library(pheatmap)TEST=read.csv("中國加油.csv",sep = ',',header = T,row.names=1)pheatmap(TEST,cluster_cols=F,cluster_rows=F,show_colnames=F,show_rownames=F,legend = F)下面是pheatmap包常見的函數(shù)color表示顏色，賦值漸變顏色調(diào)色板colorRampPalette屬性kmeans_k繪制熱圖的行聚類數(shù)，如果是NA，那么行不會(huì)聚類scale表示值均一化的方向，或者按照行或列，或者沒有，值可以是"row",  “column” 或者"none"cluster_rows表示進(jìn)行行的聚類，值可以是FALSE或TRUEcluster_cols表示進(jìn)行列的聚類，值可以是FALSE或TRUEclustering_method表示聚類方法，值可以是hclust的任何一種，如"ward.D",“single”,  “complete”, “average”, “mcquitty”, “median”, “centroid”, “ward.D2”border_color表示熱圖上單元格邊框的顏色，如果不繪制邊框，則使用NAcellwidth表示每個(gè)單元格的寬度，若選擇NA則表示適應(yīng)窗口cellheight表示每個(gè)單元格的高度，若選擇NA則表示適應(yīng)窗口cutree_rows基于層次聚類（使用cutree）劃分行的簇?cái)?shù)（如果未聚集行，則忽略參數(shù)）cutree_cols基于層次聚類（使用cutree）劃分列的簇?cái)?shù)（如果未聚集行，則忽略參數(shù)）treeheight_row行的樹的高度,treeheight_col列的樹的高度legendTRUE或者FALSE，表示是否顯示圖例legend_breaks設(shè)置圖例的斷點(diǎn)legend_labelslegend_breaks對應(yīng)的標(biāo)簽例annotation_row行的分組信息annotation_col列的分組信息annotation_colors用于手動(dòng)指定annotation_row和annotation_col  track顏色的列表annotation_legend是否顯示圖例的名稱annotation_names_row是否顯示行注釋的名稱annotation_names_col是否顯示列注釋的名稱show_rownames是否顯示行名show_colnames是否顯示列名main圖的名字fontsize圖的字體大小fontsize_row行名的字體大小，默認(rèn)與圖的字體大小相同fontsize_col列名的字體大小，默認(rèn)與圖的字體大小相同angle_col列標(biāo)簽的角度，可選擇 (0, 45, 90, 270 and 315)display_numbers表示是否將數(shù)值顯示在熱圖的格子中number_format設(shè)置顯示數(shù)值的格式，較常用的有"%.2f"（保留小數(shù)點(diǎn)后兩位），"%.1e"（科學(xué)計(jì)數(shù)法顯示，保留小數(shù)點(diǎn)后一位）number_color設(shè)置顯示內(nèi)容的顏色fontsize_number設(shè)置顯示內(nèi)容的字體大小labels_row代替行名的自定義標(biāo)簽labels_col代替列名的自定義標(biāo)簽na_col缺失值的顏色