GEPIA, 全稱GeneExpression Profiling Interactive Analysis。這個數(shù)據(jù)庫是2017年7月由北京大學(xué)張澤民教授團(tuán)隊的唐澤方等人通過 R 、Perl等語言對數(shù)據(jù)進(jìn)行處理、可視化而設(shè)計的癌癥大數(shù)據(jù)分析網(wǎng)站 ，GEPIA讓沒有任何編程背景的科研工作者能夠輕松執(zhí)行各種基因表達(dá)分析。開發(fā)的相關(guān)的文章發(fā)表在Nucleic Acids Research 雜志上。數(shù)據(jù)庫的數(shù)據(jù)來源主要是TCGA數(shù)據(jù)庫。分析內(nèi)容包括腫瘤/正常差異表達(dá)譜分析、表達(dá)分布、病理分期、生存分析，相似基因，基因表達(dá)相關(guān)性和降維分析等。
網(wǎng)址：http://gepia.cancer-pku.cn/
目前已經(jīng)有更新版GEPIA2（更高分辨率和更多功能的加強(qiáng)版GEPIA）。在官網(wǎng)首頁搜索欄可以看出，該網(wǎng)站的分析主要有三個板塊，也是主要功能，分別是Single Gene Analysis、Cancer Type Analysis、Multiple Gene Analysis。
1.General 概況
點擊首頁【GOPIA】就可以看到對ERBB2，酪氨酸激酶受體2（網(wǎng)站默選的，可在搜索框更改）基因概況的介紹。體圖中腫瘤和正常樣品的中位表達(dá)，顯示了該基因在人體不同器官組織中的表達(dá)情況，紅色的表示腫瘤組織，綠色的表示正常組織，顏色越深表示表達(dá)水平越高，表達(dá)量可以用鼠標(biāo)點擊部位顯示出來。
同時，為了幫助那些不了解縮寫的人，網(wǎng)站在頂部有“Click here to get the extensio of tumor abbreviations”，點擊即可顯示這些縮寫的全稱。
網(wǎng)站還給出了不同腫瘤中正常樣本和腫瘤樣本中表達(dá)量的對比圖，每個點代表一個樣本，如下所示。還有柱狀圖，取了所有樣本的平均值，清晰明了，但是沒有p值。總而言之，散點圖和柱狀圖各取所需。
2. Differential Genes
Differential Genes部分，可以分析在特定腫瘤中正常樣本和腫瘤樣本中的差異表達(dá)基因，用戶可以定義差異基因分析的算法和對應(yīng)的閾值，這里試驗性地把q-value Cutoff改為0.005，點擊List，查看差異基因?qū)?yīng)的表格數(shù)據(jù)結(jié)果如下：
點擊Plot顯示差異基因在各個染色體上的分布，示意如下：
3. Expression DIY
這部分是用戶選擇感興趣的腫瘤，在Expression DIY標(biāo)簽下可以對檢索的基因進(jìn)行表達(dá)水平的作圖，從下拉菜單可以選擇Profile散點圖，Boxplot箱式圖和Stage plot小提琴圖。每一種格式的圖都可以DIY作圖的參數(shù)，選擇呈現(xiàn)的癌種并對其進(jìn)行排序，甚至顏色和大小。如果輸入多個基因列表，還可以以熱圖的形式進(jìn)行可視化。
4. Survival
生存分析，對于醫(yī)學(xué)研究來說很常見。Survival標(biāo)簽也有下拉菜單，單基因分析用Survival Plots，另一個Most Differential Survial Genes是多基因分析時用。用Survival Plots做單基因生存分析效果圖如下：
用Most Differential Survial Genes分析出與生存狀態(tài)相關(guān)的差異基因，結(jié)果如下所示：
5.Similar Gene
想了解目標(biāo)基因有哪些類似基因的情況下，可以用這個類似基因篩選功能，強(qiáng)大到可以羅列Top 1 到Top 9999999的相似性基因。
6.Correlation
人體疾病很少會單個基因起發(fā)揮功能，一般都是多個基因一起起作用。如果想了解兩個基因之間的關(guān)聯(lián)性，可以用這個功能?？梢宰约禾暨x樣本，指定相關(guān)系數(shù)的算法，結(jié)果如下所示。
7.PCA
多基因的降維分析一般使用的是PCA主成分分析（Principal Component Analysis），這部分進(jìn)行PCA分析，可以指定多組樣本，然后根據(jù)輸入的基因的表達(dá)量進(jìn)行PCA分析，可以生成2D、3D PCA的圖。
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