一、孔子后代基因分析
據(jù)統(tǒng)計，當代孔姓人口有270多萬，排全國姓氏第83位。按理說，孔家譜系在漢族內是最嚴謹和純正的，可是經(jīng)檢測，有相當一部分孔姓家族DNA序列卻與蒙古高原貴族王罕克烈、北元達延汗后裔相似，而且比例還相當高。包括蒙古基因C3在內，還有Q1a1、O3人群。
測試樣本數(shù)為曲阜地區(qū)孔姓人群1118例個例。測試結果表明，曲阜孔姓出現(xiàn)三種高頻單倍群：C3(46.06%）、Q1a1（27.01%）、O3（20.66%）。其中O3因為沒有集中趨勢，也就是沒有同源共祖聚集，估計O3三大支等全都有，而被排除在孔子后裔之外。認為C3和Q1a1都有可能是孔子后裔的類型。
從曲阜孔姓Q1a1人群與C3人群網(wǎng)絡結構圖來看，Q1a1相對松散，歷史更久遠，與孔子年代接近，普遍認為人數(shù)較少但是共祖年代是孔子時期的就是Q1a1-M120。而C3聚合度相對更緊密，人多的C3-M217，是晚期聚合的，歷史更晚近，與蒙古人擴張時間相仿。科學判斷，孔子是Q系的可能性很高。
下圖是曲阜孔姓兩類高頻單倍群的網(wǎng)絡結構分析圖：
如果對號入座的話，比例較小的Q1a1當為孔氏之正宗；O3是多數(shù)漢族共有的基因，應當是孔末之后和早先衛(wèi)國、鄭國、陳國孔姓后裔；占比最大的C3，從元朝開始，一直到經(jīng)過明清，都受到朝廷優(yōu)待，經(jīng)濟條件和社會地位占明顯優(yōu)勢，其繁衍數(shù)量龐大，也在情理之中了。
二、歷史上孔子嫡系家族的幾次變故
五代孔末亂孔事件
孔末亂孔，又名孔末之亂，是五代十國時期的謀殺事件，因此事，孔子家族的大宗支（注意是大宗，不是全部）險些斷絕，逃過劫難的孔仁玉則在日后中興孔族?？鬃雍笕死^承衍圣公這頭銜是從西漢開始一直持續(xù)到南宋?？拙霸臼强赘囊粋€雜役，據(jù)說原本姓劉（進孔府之后都改姓孔），后梁乾化三年（公元913年），孔景的后裔孔末眼見天下大亂，時局動蕩，起了謀逆奪位的野心，遂伙同暴徒將生活在曲阜的闕里孔氏一一殺害，最后，孔末又到泗水殺了孔子四十二世孫孔光嗣，奪其家產(chǎn)，取代其位，主孔子祀，儼然以孔子嫡裔自居。經(jīng)此事件，曲阜的孔子后裔幾乎被殺。孔仁玉，孔光嗣之子，孔子四十三代孫?？兹视癖缓笫勒J為孔氏中興之祖。孔光嗣的堂兄孔檜避亂，輾轉南遷到浙江平陽。
宋代孔氏南北宗并立事件
北宋靖康元年，金兵大舉南下，后來俘虜走宋徽宗、宋欽宗兩個皇帝。公元1128年，宋高宗在揚州舉行郊祀，征召孔子后裔參加，以表明自己的正統(tǒng)身份。此時，孔子第四十八世孫孔端友奉詔帶族人南下?lián)P州。后來，宋高宗又輾轉來到臨安，將這里當做行在。宋高宗下令賜孔氏定居衢州，并在那里興建家廟，供奉孔子夫婦楷木像，一切禮儀和曲阜一樣，孔氏南宗就此形成?？锥擞涯隙珊?，金國扶持劉豫建立大齊政權，劉豫封孔端友胞弟孔端操次子孔璠為“衍圣公”，主奉曲阜孔林孔廟祭祀。如此一來，“衍圣公”出現(xiàn)了南、北兩宗并立的情況，金國貴族曾在曲阜冊封過“衍圣公”?？锥擞押髞頍o子絕戶，南宋這邊后來還找了孔端操幼子孔玠襲爵。
三、當代曲阜孔姓幾大可能來源
孔子后裔：孔末主要殺的是孔姓大宗，未見得孔子后裔都殺完。中興孔仁玉也有可能真是孔子后裔。
孔末后裔：孔末為孔府雜役，孔末亂孔后，繁衍了一些子孫。后世多認為其為外孔。
蒙古人后裔：因孔姓子孫拒受蒙古人冊封，蒙古人找個蒙古人做替身冊封為衍圣公，這種可能性非常大。而且如果蒙古人繼承“衍生公”封號，與孔子后裔同居內孔，受到歷朝歷代優(yōu)待，其人口發(fā)展速度會很快。
張氏后裔：傳說孔仁玉被乳母所救，孔末追殺孔仁玉時，張家乳母以親子代替。如果真孔仁玉被殺，那么后來的孔仁玉就應該是張氏子孫。
四、“衍圣公”應為蒙元后裔
人類基因分子學研究證明“衍圣公”為蒙元后裔
接下來C3和Q1a1都有可能是“內孔”。關鍵是誰才是真正的孔子后裔，誰是冒牌的？冒牌來源有兩個，一是蒙古人冒牌，二是張氏子孫冒牌，其中又以蒙古人冒牌的可能性最高！
那么，基于以上目前已經(jīng)有的分子人類學證據(jù)，其實可以很輕松判斷Q1a1才是孔子真正后裔，Q1a1的聚集可以上溯到秦漢時期。而C3形成的最晚，與蒙元的崛起時間吻合?？梢奀3是蒙古人冊封的假衍圣公后裔，03是大部分漢人的基因，孔末的后裔則應在O3內?？兹视駷檎婵鬃雍笠峥赡苄愿?，但是后來“衍圣公”被蒙古人冒替了，所以“外孔”認定“內孔”為“偽孔”也有道理，但是真孔子后裔應該也在內孔之內，而不太可能在外孔，或內外孔皆有。
結合分子人類學證據(jù)，可以驗證歷史真?zhèn)?！其實元清進入中原，極大改變漢人姓氏血統(tǒng)。在分析五胡亂華之前歷史名人Y類型時，基本上可以把C3和O3看成是干擾因素而排除在外，分析曹操后裔如是，分析孔子后裔如是，分析姬周衍生各姓氏也如是！曲阜孔姓Y測試結果是北方民族基因進入漢人姓氏的一個縮影！
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