DAVID數(shù)據(jù)庫

簡介

DAVID （the Database for Annotation，Visualization and Integrated Discovery）的網(wǎng)址是http://david.abcc.ncifcrf.gov/。 DAVID是一個(gè)生物信息數(shù)據(jù)庫，也是一款在線免費(fèi)分析軟件，其整合了生物學(xué)數(shù)據(jù)和分析工具，為大規(guī)模的基因或蛋白列表（成百上千個(gè)基因ID或者蛋白ID列表）提供系統(tǒng)綜合的生物功能注釋信息，幫助用戶從中提取生物學(xué)信息。目前DAVID數(shù)據(jù)庫主要用于差異基因的功能和通路富集分析，對很多科研工作者來說，是個(gè)非常好的工具。

DAVID這個(gè)工具在2003年發(fā)布，目前版本是DAVID 6.8 。和其他類似的分析工具一樣，都是將輸入列表中的基因關(guān)聯(lián)到生物學(xué)注釋term上，進(jìn)而通過統(tǒng)計(jì)學(xué)方法找出最顯著富集的生物學(xué)注釋。

• 準(zhǔn)備輸入文件 需要一列類似的含有基因名數(shù)據(jù)

• 開始進(jìn)入分析

選擇functioal annotation選項(xiàng)

（1）粘貼基因（2）選擇official—gene-symbol（3）選擇genelist（4）提交list

提交完成后，界面會彈出上面所示的提示框 ，按確定即可。

按照如上流程進(jìn)行，1 list1——2 Use——3選擇物種“homo sapines（人類）”——4 點(diǎn)擊Select Species

首先把所有默認(rèn)選項(xiàng)都清空，只選擇Gene_Ontology下的GOTERM_BP_DIRECT和CC、MP和Pathways 下的KEGG_PATHWAY ，最后點(diǎn)擊 Functional Annotation chart，結(jié)果就出來了。

可以點(diǎn)擊右上角的Download File 按鈕，將結(jié)果進(jìn)行復(fù)制保存。其中結(jié)果包括功能和通路兩部分。

Kobas數(shù)據(jù)庫

簡介

KOBAS（KEGG Orthology Based Annotation System）是一個(gè)被廣泛用于基因/蛋白質(zhì)功能注釋和功能集富集的網(wǎng)頁版數(shù)據(jù)庫。使用者在給定一組基因或蛋白質(zhì)，該數(shù)據(jù)庫可以確定某些通路和基因本體論（GO）是否有統(tǒng)計(jì)學(xué)顯著性。

KOBAS 3.0的輸入不支持gene symbol，所以使用者在使用前需將Symbol ID轉(zhuǎn)換成Entrez Gene ID（或者）ensembl格式的ID。

推薦進(jìn)行基因ID轉(zhuǎn)換的網(wǎng)站：gprofiler ： http://biit.cs.ut.ee/gprofiler/gconvert.cgi

使用者需要（1）上傳或者粘貼含有基因列表的數(shù)據(jù)（2）選擇物種為homo sapines（人類）（3）確定輸出格式為ENSG（4）點(diǎn)擊RUN（5）下載注釋后的數(shù)據(jù)：Export to CSV。下載的注釋后的數(shù)據(jù)如下所示：

KOBAS注釋

使用者將轉(zhuǎn)換后的ID輸入http://kobas.cbi.pku.edu.cn/anno_iden.php，根據(jù)研究對象類型，進(jìn)行相應(yīng)選擇：選擇KEGG Pathway與GO，點(diǎn)擊Run；

將富集結(jié)果下載：

下載得到富集結(jié)果如下：

GO與KEGG富集分析，DAVID和KOBAS是比較簡單同時(shí)受歡迎和認(rèn)可的選擇。