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• 1.home網(wǎng)址：http://www.kegg.jp/kegg/

• 2.關(guān)于kegg數(shù)據(jù)庫的一些統(tǒng)計(jì)情況：http://www.kegg.jp/kegg/docs/statistics.html截止2018.4.12該數(shù)據(jù)庫總共包含：525個代謝通路(Pathway maps)，21,952條同源群(KEGG Orthology (KO) groups)，涉及物種442真核生物、4654細(xì)菌，268古細(xì)菌和317種病毒。涉及到基因數(shù)目26,161,327條。

• 3.區(qū)分map00010、ko00010、hsa00010

??map:參考參考代謝通路圖（圖1），

??ko:高亮過KOs的參考代謝通路圖(圖2紫色表示)

??單屬于人的代謝通路圖以綠色標(biāo)注出（圖3綠色）

圖 1代謝通路圖map00010

圖 2高亮KO后的map00010

圖 3 人的map00010 

• 4. 特殊的代謝通路以及備注

??（1）011與012:編碼以011或012開頭的代謝通路圖為一些整合性質(zhì)的

代謝通路圖，總共包含9個。

??（2）010:是化學(xué)結(jié)構(gòu)圖并沒有新的KO擴(kuò)展

??（3）07:與藥物結(jié)構(gòu)相關(guān)的代謝通路圖，并沒有新的KO擴(kuò)展

??（4）常規(guī)基因kegg數(shù)據(jù)庫注釋分析，就是分析ko中去除011、012、010以及07開頭的代謝通路，總共431條目。

??（5）ko與KO的區(qū)別：ko號碼是KEGG中一類參考代謝通路，而KO代表的是一類具有相似功能的基因簇。

• 5.在kegg數(shù)據(jù)庫收費(fèi)的情況如何實(shí)現(xiàn)對基因序列的批量注釋？

??（1）通過KEGG的API,首先你可以獲得KEGG數(shù)據(jù)庫中所有物種簡寫列表：http://rest.kegg.jp/list/organism

??（2）使用kobas軟件，與koabs數(shù)據(jù)庫做比對注釋，kobas可以選擇對應(yīng)的參考物種，如果是未知物種可以選擇ko,從kobas的輸出結(jié)果中你可以獲得你所注釋的基因與kegg數(shù)據(jù)庫中的geneID的對應(yīng)關(guān)系

??（3） 以人（hsa）為例，通過KEGG的API你可以獲得你關(guān)心物種的基因geneID所對應(yīng)的代謝通路也就是ko：http://rest.kegg.jp/link/pathway/hsa

??（4）以人（hsa）為例，通過KEGG的API你可以獲得你關(guān)心物種的基因geneID所在的同源群也就是KO號: http://rest.kegg.jp/link/ko/hsa

??（5）最后結(jié)合kobas得到的query與geneID以及kegg數(shù)據(jù)庫中得到的geneID與KO, geneID與ko之間的關(guān)系,就可以完整的到一組未知基因的kegg數(shù)據(jù)庫注釋了。

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才子 撰文

TC 、一棵麥子 整理編輯

本文系歐易生物原創(chuàng)