荊州刺史殷仲堪派殷遹率七千水軍到達西江口防守，桓玄派郭銓和苻宏（苻堅之子，曾為前秦太子，苻堅兵敗被擒后，苻宏因為國內遍地皆反走投無路投奔了東晉，成了桓玄的部下。）進攻他，殷遹不敵敗走，桓玄駐扎在巴陵，吃的是殷仲堪留下的糧食。殷仲堪派楊廣和自己的侄兒殷道護等人抵抗，又被桓玄打敗，江陵一帶大為震驚恐慌。
殷仲堪所在的江陵城中缺乏糧食，士兵們只能靠胡麻來充饑?；感藙俚竭_零口，距離江陵只有二十里的距離。殷仲堪急忙寫信請楊佺期前來救援自己，楊佺期卻說：“江陵沒有糧草，用什么來對付敵人，你可以屈尊到我這里來，我們一起據守襄陽。”
殷仲堪只想保全自己的部隊和地盤，不打算放棄自己的屬地到別處流亡，于是欺騙楊佺期說：“最近我們征集到了許多糧草，已經有所儲備了。”
楊佺期相信了他，率領精壯步騎八千人，兵強馬壯，鎧甲錚亮發(fā)光，到達江陵后，殷仲堪卻只能用一些米飯來犒賞他的軍隊。楊佺期十分生氣地說：“這一次必敗無疑了！”連殷仲堪也不去會見，便與他的哥哥楊廣一起向桓玄發(fā)動進攻。
桓玄害怕他的銳氣，把部隊退到馬頭。第二天，楊佺期又帶兵緊急攻打郭銓，幾乎都要抓到郭銓了，恰好趕上桓玄的兵馬來到，楊佺期軍隊大敗潰散，他一個人騎著馬逃奔襄陽，殷仲堪也逃奔酂（cuo）城。
桓玄派遣馮該追捕楊佺期和楊廣兄弟，把他們全部抓住殺掉了，又把他們的人頭送到建康。楊佺期的弟弟楊思平、堂弟楊尚寶、楊孜敬逃到蠻族地區(qū)。殷仲堪聽說楊佺期已經死了，無心戀戰(zhàn)，帶著幾百人想要去投奔長安，走到冠軍城時，馮該帶兵追上并把他抓了起來，回到柞溪，逼迫他自殺，并且殺死了他的侄子殷道護。
殷仲堪信奉天師道，向鬼神祈禱祭祀從不吝惜錢財，對周濟急需幫助的人卻過于小氣。他喜歡用一些小恩小惠來取得別人的歡心，但功于心計，使用計謀過于頻繁，又缺乏遠見卓識和雄才大略，所以才導致慘敗身亡。
殷仲堪逃走的時候，沒有一個來送行的人，只有羅企生一個跟他走。羅企生路過家門時，他的弟弟羅遵生說：“我們現(xiàn)在這樣分別，你不和我握一下手嗎？”
羅企生把馬轉過來，伸手給弟弟，羅遵生非常有力，把他從馬上拉了下來，說：“家里還有年邁的母親，你要跑到哪里去？”
羅企生流著淚說：“今天這事，我是一定要去死了，由你供養(yǎng)老母，不會失去兒子的孝道。我們一家之中，既有忠于主上的，也有盡孝道的，還有什么可以遺憾的呢？”
羅遵生把他抱得越發(fā)緊了，殷仲堪在路上等著，看到羅企生根本沒有掙脫的希望，就獨自騎馬走了。
桓玄到達荊州的時候，荊州的人士沒有不去拜訪的，只有羅企生一個人不去，卻在料理殷仲堪家里的后事。有人說：“你這樣做，一定會大禍臨頭！”
羅企生說：“殷侯待我以國士，我只是被弟弟牽制，才不能跟他一起去殺那些丑惡的叛逆之徒，現(xiàn)在還有什么臉面去桓玄那里乞求保全性命呢！”
桓玄聽聞了這番話，很是生氣，但他又想收服人心，于是對待羅企生一直很好，他先是派人告訴羅企生說：“你如果向我道歉，我就會放過你！”
羅企生卻說：“我是殷仲堪手下的一員官吏，殷仲堪失敗，我不能救助他，還有什么可以道歉的呢？”
桓玄這才把他抓了起來，又派人去問羅企生還有什么話想說，羅企生說：“晉文帝殺了嵇康，他的兒子嵇紹卻是晉朝的忠臣，我只向你請求，留下我的一個弟弟，讓他侍奉我的老母！”桓玄于是殺了羅企生，而赦免了他的弟弟。
桓玄在攻克了荊州、雍州之后，向朝廷上疏請求管轄江、荊二州。朝廷下詔，任命桓玄都督七州諸軍事、荊州刺史，但是把江州給了桓修?；感俅紊鲜?，堅持要求兼管江州，于是朝廷只得提升桓玄督八州軍事，再兼任江州刺史。
桓玄又任命自己的哥哥桓偉為雍州刺史，侄兒桓振為淮南太守，朝廷也不敢拒絕。
東部的謝琰屢戰(zhàn)屢勝，他在將孫恩逼得逃往海島后，心中升起了輕敵之心。朝廷因為他資深望重，命他鎮(zhèn)守會稽，但他既不撫慰百姓，又不整頓裝備。手下的將領都勸告他說：“孫恩為首的盜賊近在海邊，正在窺探我們的態(tài)度，我們是否應該給他們提供一個悔過自新的機會呢？”
謝琰嗤之以鼻，說：“苻堅的軍隊有百萬之多，還不是在淮南的淝水落得個送死的下場，孫恩這個小小的蟊賊，慘敗之后逃到海中，怎么還能跑出來呢？如果他真的回到陸地上來，那是老天爺準備殺他了。”（謝琰在淝水之戰(zhàn)中帶領晉軍以少勝多，因戰(zhàn)功被封為望蔡公。）
謝琰不知道的是，孫恩海上叛亂被后世稱為“中原?？苤肌?，他為后來的海盜活動提供了經驗，后人常稱海盜為孫恩，孫恩即海盜的代名詞，可見其影響力之深遠。
不久之后，孫恩果然帶兵進犯浹口，進入余姚，攻破了上虞，進軍到了邢浦。謝琰派參軍劉宣之把他打敗，孫恩退了回去。
沒有幾天，孫恩又重新進犯邢浦，上黨太守張虔碩在作戰(zhàn)中失敗，孫恩乘勝縱深向會稽城挺進。部將都認為應該嚴密防守，在南湖設水軍列陣，并分派伏兵突擊來襲的叛軍，然而謝琰都沒有聽從。
孫恩的軍隊到達會稽城時，謝琰正準備吃飯，他不慌不忙地說：“我消滅了這個賊盜之后再回來吃飯?！比缓罂缟蠎?zhàn)馬，出城迎戰(zhàn)。他先派遣桓寶為前鋒，殺敵甚多。但后來謝琰在河塘之間的窄路行軍時，被孫恩在船艦中射箭攻擊，當時謝琰帳下都督張猛從后砍謝琰的馬，謝琰墮地被殺死，二個兒子謝肇和謝竣同時遇害。
吳興太守庾桓害怕當?shù)氐陌傩赵俅雾憫獙O恩，一連殺死了幾千名百姓。孫恩掉轉方向進犯臨淮，朝廷震驚，派遣將軍桓不才、孫無終、高雅之等前去抵抗。
高雅之與孫恩在余姚交戰(zhàn)，高雅之大敗，向山陰逃跑，士兵戰(zhàn)死的有十分之七八。朝廷再下詔，任命劉牢之統(tǒng)帥兵眾前去攻擊孫恩。猛將劉牢之出馬自然是不同凡響，孫恩戰(zhàn)敗被迫逃回大海，劉牢之于是在上虞駐扎，并派遣劉裕去戍守句章。
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