作者：SciRes
來源：科研小助手
miRNA(microRNA)是一類長度約20～23個核苷酸的非編碼RNA，通過和靶基因mRNA堿基配對引導(dǎo)沉默復(fù)合體(RISC)降解mRNA或阻礙其翻譯。在物種進化中相當(dāng)保守，在植物、動物和真菌中發(fā)現(xiàn)的miRNA大部分在特定的組織和發(fā)育階段表達(dá)。miRNA的組織特異性和時序性，決定組織和細(xì)胞的功能特異性，表明miRNA在細(xì)胞生長和發(fā)育過程的調(diào)節(jié)過程中起多種作用。之前小助手為大家介紹了miRNA常用的數(shù)據(jù)庫『研究miRNA，這些數(shù)據(jù)庫你必須得知道！| 常用數(shù)據(jù)庫匯總』，面對數(shù)據(jù)庫中各種名稱是否曾想過這其中是否有著某種規(guī)范？今天我們就為大家講解一下miRNA的命名規(guī)則，小助手還特意為大家整理一個包含200多個物種三字母縮寫（少數(shù)為多個字母）的列表，如欲索取PDF版本請按照文末要求添加小助手微信。
miRNA成熟體命名規(guī)則(以動物miRNA為例)
①確定命名規(guī)則之前發(fā)現(xiàn)的miRNA，保留原來名字，如hsa-let-7。
②miRNA成熟體簡寫成miR，再根據(jù)其物種名稱，及被發(fā)現(xiàn)的先后順序加上阿拉伯?dāng)?shù)字，如hsa-miR-122；
③高度同源的miRNA在數(shù)字后機上英文小寫字母(a,b,c,…)，如hsa-miR-34a，hsa-miR-34b，hsa-miR-34c等；
④由不同染色體上的DNA序列轉(zhuǎn)錄加工而成的具有相同成熟體序列的miRNA，則在后面加上阿拉伯?dāng)?shù)字以示區(qū)分，如hsa-miR-199a-1和hsa-miR-199a-2；
⑤通常一個miRNA前體長度大約為70~80nt，很可能兩個臂分別產(chǎn)生miRNA，則繼續(xù)在名稱之后加上-5p/-3p等，如hsa-miR-122-5p。
補充說明：在較早文獻(xiàn)中可看到，表達(dá)水平較高的miRNA后面不加任何符號，而表達(dá)水平較低的miRNA后面加上*號，如rno-miR-9*。有時帶“*”的miRNA就根本不出現(xiàn)。有時也會以“-s”和“-as”來命名，但現(xiàn)在已經(jīng)取消了這種命名方式。
目前的miRBase 21.0對miRNA成熟體的名稱進行了大量的修改，很多帶“*”的miRNA都變成了“-5p”或“-3p”。如hsa-miR-26b-5p和hsa-miR-26b-3p，分別表明從hsa-mir-26b前體的5’端臂和3’端臂加工而來的。
miRNA編號及名稱(以動物miRNA為例)
miRBase記錄了miRNA前體序列及miRNA成熟體序列，其中：
① miRNA的前體(precursor miRNA, pre-miRNA)
發(fā)夾狀結(jié)構(gòu)的miRNA前體轉(zhuǎn)錄本以“mir”命名，其編號以“MI”編號，如人的miRNA 122的前體ID為hsa-mir-122，Accession為MI0000442。
② miRNA的成熟體(mature sequence)
大約20～23nt的miRNA成熟體以“miR”命名，其編號以“MIMAT”編號，如人的miR-122有兩個成熟體，其中之一ID為hsa-miR-122-5p ，Accession為 MIMAT0000421；另一個為ID為hsa-miR-122-3p ，Accession為 MIMAT000 4590。
不同物種命名方式差別
① 動物：
miRNA前體：以動物物種縮寫+“-”+ mir+“-”+命名順序，如hsa-mir-122；
miRNA成熟鏈：以動物物種縮寫+“-”+ miR+“-”+命名順序，如hsa-miR-122-5p；
② 植物：
miRNA前體：以植物物種縮寫+“-”+ MIR+命名順序，如ath-MIR156a。注意：MIR是大寫，并與命名順序之間沒有“-”；
miRNA成熟鏈：以植物物種縮寫+“-”+ miR+命名順序，如ath-miR156a。注意：miR是小寫，并與命名順序之間沒有“-”；
③ 病毒：
miRNA前體：以病毒物種縮寫+“-”+ mir+命名順序，如bhv1-mir-B1；
miRNA成熟鏈：以病毒物種縮寫+“-”+ miR+命名順序，如bhv1-miR-B1。
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