昨天我們介紹了轉(zhuǎn)錄因子研究常用的數(shù)據(jù)庫（研究轉(zhuǎn)錄因子，這個數(shù)據(jù)庫很好用！），今天我們結(jié)合文章說一下轉(zhuǎn)錄因子研究的“套路”。在大家說的轉(zhuǎn)錄調(diào)控到底是什么（下）？一文中，我們說簡單來看，轉(zhuǎn)錄因子有兩個特性：
(1) 是蛋白質(zhì)，而且是我們說的工具類蛋白的一類；
(2) 能與特定的DNA序列結(jié)合。
根據(jù)以上這兩個特點，我們從幾個角度來看一下，因為可以講的角度比較多，我們今天只講兩個方面：
（1）轉(zhuǎn)錄因子調(diào)控下游靶基因和信號通路——與DNA結(jié)合的特性；
（2）轉(zhuǎn)錄因子被激酶磷酸化（泛素化）修飾——蛋白的翻譯后修飾。
（下）期再寫其它角度。
一、轉(zhuǎn)錄因子調(diào)控下游靶基因和信號通路
案例文章：
這篇文章是今年發(fā)表在Theranostics雜志（IF 8.5）上的文章，研究的是轉(zhuǎn)錄因子TFAP-4 在肝癌中通過活化Wnt/β-catenin信號通路促進腫瘤發(fā)生的功能和機制。從研究內(nèi)容上看，前面部分是我們常說的臨床、細胞和動物三部分實驗：
這三部分我們已經(jīng)說了很多了，下面我們說TFAP-4調(diào)控Wnt/β-catenin通路的機制。在這篇文章中，機制用三張圖來展示：
首先是TFAP4過表達后對Wnt/β-catenin通路及下游分子的表達/定位調(diào)控：
其次是找到了TFAP4直接結(jié)合的靶基因（DVL1和LEF1）啟動子（DNA）序列，并通過干預表達、Luciferase reporter assay、ChIP-qPCR和挽救實驗來證明TFAP4對DVL1和LEF1的直接結(jié)合和轉(zhuǎn)錄調(diào)控：
最后回歸臨床，研究的是TFAP4與靶基因DVL1、LEF1 及Wnt通路蛋白在臨床樣本中的表達及相關(guān)性：
這樣的一個研究可以說是轉(zhuǎn)錄因子往下游研究的最常見和經(jīng)典套路了，我們通過一張思路圖進行展示：
好，第一個套路就講到這里，整套研究做下來，一般發(fā)表的文章分數(shù)5-8分，比較適合青年和地區(qū)類項目申請。
二、轉(zhuǎn)錄因子被激酶磷酸化（泛素化）修飾
案例文章：
這篇文章是今年發(fā)表在Cell Death Differ雜志（IF 8.0）上的文章，研究的是轉(zhuǎn)錄因子肺癌中低表達的FOXN2 促進肺癌發(fā)生和放療抵抗，低表達的原因是：由蛋白的泛素鏈接酶β-Trcp和激酶RSK2介導的蛋白降解。我們看到在機制研究上，與上面一篇文章不同的是，這篇文章更偏重于探索轉(zhuǎn)錄因子FOXN2 低表達的原因，即上游機制。
從文章的研究內(nèi)容上，包括了細胞、動物和機制三部分（沒有涉及臨床），其中機制部分首先闡述，細胞與動物功能做最后的驗證。
為了更清楚的說明β-Trcp和RSK2 介導的翻譯后修飾對轉(zhuǎn)錄因子FOXN2 的降解調(diào)控機制，我們把機制單獨拎出來講：
首先是通過Co-IP 實驗驗證FOXN2與β-Trcp結(jié)合這一在文獻中的報導：
其次通過干預β-Trcp表達并結(jié)合CHX（cycloheximide，蛋白合成抑制劑，處理后降低新蛋白的合成）處理發(fā)現(xiàn)β-Trcp下調(diào)FOXN2的穩(wěn)定性（縮短FOXN2的半衰期）：
接下來通過對β-Trcp結(jié)合底物的Motif分析預測到Ser365和Ser369可能是關(guān)鍵位點，并構(gòu)建關(guān)鍵位點突變的FOXN2，然后通過判斷β-Trcp 是否與突變型FOXN2結(jié)合、突變型FOXN2半衰期以及in vivo ubiquitination assay明確Ser365和Ser369在β-Trcp介導FOXN2泛素化和降解中的作用：
最后考慮到在β-Trcp介導FOXN2泛素化和降解中需要蛋白激酶的參與，結(jié)合軟件預測和IP的方法找到了與FOXN2 特異性結(jié)合的激酶RSK2，然后對RSK2進行干預表達后檢測FOXN2表達水平、in vivo ubiquitination assay檢測FOXN2泛素化水平以及半衰期來驗證RSK2是β-Trcp介導FOXN2泛素化和降解中的關(guān)鍵激酶：
最后，我們把這篇文章的順序調(diào)整過來通過一張思路圖進行展示：
同上一個套路，一般發(fā)表的文章分數(shù)5-8分，比較適合青年和地區(qū)類項目申請。
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