基因（蛋白）常見的功能分析方法有：代謝信號(hào)通路（pathway）和GO（Gene ontology，基因本體論）分析。其中，常見的pathway數(shù)據(jù)由KEGG、Reactome、Biocarta等。對(duì)比KEGG，記載BIOCARTA數(shù)據(jù)庫的資料不多，今天跟大家一起學(xué)習(xí)一下BIOCARTA數(shù)據(jù)庫。
基本介紹
該數(shù)據(jù)庫的特點(diǎn)是對(duì)通路數(shù)據(jù)，用來進(jìn)行分子互作關(guān)系、富集分析、通路為基礎(chǔ)的研究等。觀察基因如何相互作用的動(dòng)態(tài)圖形化模型。從分子的關(guān)系角度描繪了一個(gè)網(wǎng)絡(luò)圖模型。是“開源”數(shù)據(jù)庫的典型代表法，通過社區(qū)論壇而成長起來的數(shù)據(jù)庫，通過不斷整合蛋白質(zhì)組信息迅速發(fā)展壯大起來。它還提供了目錄并且
總結(jié)了12萬多個(gè)多物種的基因信息的重要資源。發(fā)現(xiàn)了過去的已有的通路的同時(shí)也發(fā)現(xiàn)了一些新的通路。
這個(gè)數(shù)據(jù)庫可以說是和KEGG數(shù)據(jù)庫齊名，盡管其數(shù)據(jù)量目前可能沒有KEGG的多，但在一些通路相關(guān)的研究中，這個(gè)數(shù)據(jù)庫也和KEGG一道用來研究基因的功能，注釋信息，進(jìn)行富集分析等。
如何使用該數(shù)據(jù)庫？
首先，打開網(wǎng)頁 https://cgap.nci.nih.gov/Pathways/BioCarta_Pathways，然后查找你所感興趣研究的通路。
比如，我所感興趣的通路是p53 Signaling Pathway，點(diǎn)開相應(yīng)鏈接，你可以看到一副信號(hào)通路圖。這張通路圖是默認(rèn)為人類的，你可以通過右手邊的按鈕切換成小鼠的通路。
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