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Meanwhile, when I fed the ENTREZID to enrichKEGG, it show me two unreasonable results:

kegg_enrich <- enrichkegg(gene="">
                         organism = 'hsa',
                         keyType = 'ncbi-geneid',
                         pvalueCutoff = 0.05,
                         #pAdjustMethod = 'BH',
                         #qvalueCutoff = 0.2,
                         use_internal_data = FALSE)

head(kegg_enrich)

             ID                           Description GeneRatio  BgRatio       pvalue   p.adjust     qvalue
hsa04380 hsa04380            Osteoclast differentiation    14/281 128/7299 0.0003817040 0.04767338 0.04508266
hsa04070 hsa04070 Phosphatidylinositol signaling system    12/281  99/7299 0.0003875885 0.04767338 0.04508266

I noted that only 281 genes are remained(there are 700+ genes in my list). In case that there is something wrong wtihin my gene list, I also tried my list with DAVID. It gave me reasonable results. So this is my second question, why enrichKEGG cannot recognize my geneids?

大概說他有700+的基因，clusterProfiler做KEGG時只認得281個，比DAVID要差。他有提供一個gene_list.txt在github上，這樣我就有可能幫他看一下。

說比DAVID差是不可能，我把他的gene list上傳到DAVID上，只認得197個，啪啪啪，DAVID的臉好疼。

那么問題回到為什么這么多基因沒有注釋，這大家得問KEGG，KEGG的通路注釋主要集中在代謝通路上，很多基因沒有注釋是事實，你可以嘗試一下用我的另一個包ReactomePA，試一下reactome pathway分析。

當然我不能只說「沒注釋就是沒注釋啊」，「我也很絕望啊」，我必須還給出事實。

clusterProfiler給出了很多的小工具，讓我們檢驗結果相當之容易，我們可以把基因映射到KEGG通路上去：

提示說~63%的基因是沒有KEGG注釋的，有注釋的基因我們可以通過轉換后的結果得到：

而沒有注釋的，也很容易通過比較而得到：

那么有了這個結果，我們就可以去KEGG數據庫去核查了，看看clusterProfiler有沒有欺騙你。

KEGG的基因注釋可以通過類似于下面這樣的鏈接得到：

http://www.genome.jp/dbget-bin/www_bget?hsa:ENTREZID.

比如說，上面有注釋的基因10023, 通過這個頁面：
http://www.genome.jp/dbget-bin/www_bget?hsa:10023，

可以確認確實是有注釋的。

而沒有注釋的基因100506775, 通過網頁：http://www.genome.jp/dbget-bin/www_bget?hsa:100506775，

也確實可以確認是沒有KEGG注釋的。