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長(zhǎng)鏈非編碼RNA（lncRNA）是一類長(zhǎng)度大于200nt的非編碼的RNA分子，其數(shù)目遠(yuǎn)遠(yuǎn)大于編碼基因數(shù)，現(xiàn)在發(fā)現(xiàn)的長(zhǎng)鏈非編碼RNA的作用方式非常多樣。

特別的是，長(zhǎng)鏈非編碼RNA在多種疾病中被證明有獨(dú)特的表達(dá)模式，具有重要作用，也可以作為潛在的分子標(biāo)志物。

因?yàn)槠湓诓煌膊≈芯哂斜萴RNA更獨(dú)特的表達(dá)模式，近年來(lái)，關(guān)于長(zhǎng)鏈非編碼RNA在不同疾病中的表達(dá)芯片研究成為的研究熱點(diǎn)，對(duì)于擁有很多臨床樣品收集機(jī)會(huì)的醫(yī)院科研工作者，長(zhǎng)鏈非編碼RNA的表達(dá)芯片更是成為了進(jìn)入科研領(lǐng)域和發(fā)表文章的實(shí)惠之選，往往只通過(guò)表達(dá)芯片和分析加上PCR的驗(yàn)證就可以發(fā)表高點(diǎn)數(shù)SCI文章。

今天，就帶大家來(lái)了解下lncRNA表達(dá)芯片的研究套路。下面，就通過(guò)一個(gè)例子帶大家了解一下lncRNA表達(dá)芯片是怎么研究的：

這是一篇中國(guó)學(xué)者今年發(fā)表在Oncotarget（IF=5.16）上的文章（回復(fù)關(guān)鍵詞070903可下載該文獻(xiàn)原文）

當(dāng)然，沒(méi)人報(bào)道最佳。來(lái)看看文章，研究者選擇的是非小細(xì)胞肺癌的一種亞型：肺鱗狀細(xì)胞癌（lung squamous cell carcinoma；LSCC），其早期階段缺乏靈敏的診斷標(biāo)志物（此類疾病診斷標(biāo)志物的研究尤其適合長(zhǎng)鏈非編碼RNA）。

以此為出發(fā)點(diǎn)，作者在3對(duì)早期階段的LSCC樣品和相應(yīng)的癌旁組織進(jìn)行了lncRNA和mRNA的芯片分析（很多國(guó)內(nèi)公司的lncRNA芯片包含mRNA）,一共檢測(cè)到了30,586 個(gè)lncRNAs和 26,109 個(gè)mRNA，其中，1407個(gè)lncRNA在癌癥樣品中上調(diào)，1261個(gè)下調(diào)。

得到了lncRNA和mRNA的差異表達(dá)之后，lncRNA行使的功能如何研究呢？大多數(shù)lncRNA是沒(méi)有注釋的，怎么辦，很多研究者在這里就卡住了。

解決方法很簡(jiǎn)單，lncRNA沒(méi)有注釋，但是mRNA有呀，這里有一個(gè)基本假設(shè)，和mRNA表達(dá)模式類似的lncRNA可能互相調(diào)控具有相似的功能。作者對(duì)三類lncRNA(芯片結(jié)果會(huì)給lncRNA分類)和基因都做了共表達(dá)分析。

有了共表達(dá)的mRNA之后，就可以對(duì)差異表達(dá)的lncRNA進(jìn)行基于此的功能聚類（GO）分析啦，可以得到可能lncRNA參與的通路。

通過(guò)聚類分析得到的一些可能具有功能的lncRNA之后，作者擴(kuò)大樣品使用qPCR驗(yàn)證了他們?cè)贚SCC癌和癌旁組織的表達(dá)，在選取的26個(gè)lncRNA，其中5個(gè)有和芯片類似的表達(dá)模式。

最后，回到作者問(wèn)的第一個(gè)問(wèn)題，是否能發(fā)現(xiàn)LSCC早期診斷的標(biāo)志物，作者把上一步驗(yàn)證道德差異表達(dá)的5個(gè)lncRNA作為一個(gè)集合，發(fā)現(xiàn)它們的表達(dá)變化能很好的區(qū)分癌和癌旁組織，提示可以作為診斷的標(biāo)志物。

整篇文章僅僅做了qPCR一個(gè)實(shí)驗(yàn)，剩下的就是芯片和功能臨床分析，其中，很多分析芯片公司可以代做，結(jié)果發(fā)表在了很不錯(cuò)的雜志上。對(duì)于醫(yī)學(xué)工作者來(lái)說(shuō)，是性價(jià)比很高的發(fā)表文章方式。

總結(jié)下來(lái)，重點(diǎn)就在于疾病類型的選取和臨床樣品的收集，各位醫(yī)學(xué)工作者，趕快去看看自己手上有什么樣的臨床樣品吧，開(kāi)啟屬于你的lncRNA的研究之旅。