為了提高皇權(quán)，維護(hù)秦皇朝的政治體制及其統(tǒng)治秩序，在文化意識(shí)領(lǐng)域，秦始皇也采取過加強(qiáng)思想控制，反對(duì)是古非今，打擊異己勢(shì)力的嚴(yán)厲措施。其中最主要的就是史籍經(jīng)常提到的焚書坑儒。
秦始皇三十四年（公元前213年），始皇在咸陽宮置酒宴飲，博士七十人向前祝壽。博士仆射周青臣當(dāng)面頌揚(yáng)始皇，稱其“神靈明圣，平定海內(nèi)”，“以諸侯為郡縣，人人自安樂”，“自上古不及陛下威德”。博士齊人淳于越不以為然。他提出：古時(shí)殷周分封子弟功臣，故能長(zhǎng)有天下?！敖癖菹掠泻?nèi)，而子弟為匹夫”，一旦有事，誰來救助？為此，他主張以古為師，認(rèn)為“事不師古而能長(zhǎng)久者，非所聞也?！北緛?，分封郡縣之爭(zhēng)，早在秦皇朝初建時(shí)就出現(xiàn)過。眼下淳于越舊事重提，且又涉及到“師古”與“師今”的大問題，故始皇“下其議”，著令群臣討論。
這時(shí)，已由廷尉升任丞相的李斯當(dāng)即指出：“五帝不相復(fù)，三代不相襲?！辈煌臅r(shí)代，有不同的治國(guó)措施?！敖癖菹聞?chuàng)大業(yè)，建萬世之功”，三代之事，何足效法！現(xiàn)在，“諸生不師今而學(xué)古，以非當(dāng)世，惑亂黔首”；而私學(xué)又“相與非法教，人聞令下，則各以其學(xué)議之，入則心非，出則巷議”，嘩眾取寵，“造謗”生事。如不加以禁止，其結(jié)果必然是“主勢(shì)降乎上，黨與成乎下”。因此，李斯建議禁止私學(xué)，規(guī)定“若有欲學(xué)者，以吏為師”；還建議焚燒《詩》、《書》，提出：
史官非《秦記》皆燒之；非博士官所職，天下敢有藏《詩》、《書》、百家語者，悉詣守、尉雜燒之：有敢偶語《詩》，《書》者棄市；以古非今者族；吏見知不舉者與同罪；令下三十日不燒，黥為城旦：所不去者，醫(yī)藥、卜筮，種樹之書。
根據(jù)李斯的這一建議，當(dāng)時(shí)只有《秦記》和博士官所藏《詩》、《書》、百家語以及醫(yī)藥、卜筮、種植之書可以保存，其余的各種書籍，特別是諸侯國(guó)的史籍和儒家一些著作，均在焚燒之列。本來。焚書是秦很早就實(shí)行過的政策。商鞅變法時(shí)就曾“燔《詩》、《書》而明法令，塞私門之請(qǐng)而遂公家之勢(shì)”。所以秦始皇一聽到李斯的建議，就表示認(rèn)可，并隨即付諸實(shí)施。于是，一次全國(guó)范圍的焚書事件發(fā)生了。
就在焚書的次年，即秦始皇三十五年（公元前212年），又發(fā)生了一起坑儒生的事。這件事是由幾個(gè)方士的畏罪逃亡引起的。原來，秦始皇十分迷信方術(shù)和方術(shù)之士，以為他們可以為自己找到神仙真人，求得長(zhǎng)生不老之藥。他甚至宣稱：“吾慕真人， 自謂‘真人’，不稱‘朕’。”而一些方士，如侯生、盧生之徒，也投其所好，極力誑稱自己與神相通，可得奇藥妙方。但時(shí)間一長(zhǎng)，他們的許諾和種種奇談總是毫無效驗(yàn)，騙局即將戳穿。而秦法規(guī)定：“不得兼方，不驗(yàn)，輒死。”因此，侯生、盧生密謀逃亡，在逃亡之前，還說秦始皇“剛戾自用”，“專任獄吏”，“貪于權(quán)勢(shì)”，未可為之求仙藥。始皇知道后大怒道：“盧生等吾尊賜之甚厚，今乃誹謗我，是重吾不德也。諸生在咸陽者，吾使人廉問，或?yàn)檠砸詠y黔首?！庇谑鞘褂穼徲嵲谙剃柕娜糠绞颗c儒生。諸生轉(zhuǎn)相牽連告發(fā)，結(jié)果查出犯禁者四百六十余人，全部坑殺于咸陽。同時(shí)還謫遷了一批人至北方邊地。事情發(fā)生后，始皇長(zhǎng)子扶蘇進(jìn)諫道：“天下初定，遠(yuǎn)方黔首未集，諸生皆誦法孔子，今上皆重法繩之，臣恐天下不安，唯上察之?！笔蓟什粌H怒而不聽，還使扶蘇離開咸陽，北監(jiān)蒙恬于上郡。
秦始皇焚書坑儒，意在維護(hù)統(tǒng)一的集權(quán)政治，反對(duì)是古非今，打擊方士荒誕不經(jīng)的怪談異說，但并未收到預(yù)期的效果。這一點(diǎn)和秦始皇采用的其他措施有所不同，是秦始皇、李斯所始料不及的。
荀子學(xué)派法家學(xué)派與孔盂正統(tǒng)派儒學(xué)的斗爭(zhēng)，集中表現(xiàn)在中央集權(quán)（地主政治）與分封諸侯（領(lǐng)主政治）的爭(zhēng)論上，終于爆發(fā)了焚書坑儒的大破裂。前二二一年，初并天下，以丞相王縮為首的群臣，都主張?jiān)陔x秦較遠(yuǎn)的燕齊楚等地分封皇子為王，獨(dú)廷尉李斯反對(duì)分封。秦始皇從李斯議，確定行施郡縣制度。前二一二年，秦始皇大宴群臣，博士齊人淳于越倡議，主張學(xué)古法，分封皇子功臣為諸侯。丞相李斯斥儒生不師今而學(xué)古，各尊私學(xué)，誹謗朝政，惑亂民心，建議禁私學(xué)。辦法是除了史官所藏秦國(guó)史記以外，別國(guó)史記一概燒毀；除了博士官所藏圖書，私人所藏儒家經(jīng)典和諸子書一概送官府燒毀。下今后三十天不送所藏私書到官府，罰筑長(zhǎng)城四年。聚談詩書的人斬首，是古非今的人滅族，只有醫(yī)藥、卜箍、農(nóng)作書不禁。民間求學(xué)以吏為師。秦始皇從李斯議，實(shí)行了焚書法令。前二一一年，方士求神仙不得，畏罪逃走，秦始皇太怒，活埋儒生四百六十余人。這個(gè)焚書坑儒的野蠻行為，反映出當(dāng)時(shí)統(tǒng)治階級(jí)內(nèi)部斗爭(zhēng)的極端尖銳。李斯主張中央集權(quán)，是適合時(shí)宜的，他所代表的儒家荀子學(xué)派（與韓非派法家合流）卻是一種極端壓制人民的政治思想。王綰、淳于越主張分封諸侯，是違反時(shí)宜的，他們所代表的儒家孔孟正統(tǒng)派（包括陰陽五行家與神仙家）卻是講仁義的政治思想。政治上學(xué)派上的斗爭(zhēng)一直發(fā)展到大慘殺，把孟子學(xué)派的儒生大體殺盡（東漢趙岐說），李斯算是取得了勝利。但是，焚書坑儒，絲毫也不能消滅學(xué)派上的分歧，而且還促成了秦朝的滅亡。秦始皇實(shí)行李斯的主張，皇位的當(dāng)然繼承人長(zhǎng)子扶蘇，替孔孟派儒生說話，秦始皇發(fā)怒，使扶蘇到上郡（在陜西綏德縣）監(jiān)蒙恬軍。前二一○年，秦始皇出巡，在路上病死。李斯怕扶蘇繼位，自己不得寵信，與韓非派法家宦官趙高用陰謀抑立秦始皇第十八子胡亥為秦二世，偽造遺詔殺扶蘇、蒙恬。不久，胡亥趙高又殺李斯。秦失去頗得民心的扶蘇與擁有威望的大將蒙恬、丞相李斯，政權(quán)落在胡亥、趙高手中。胡亥厲行督責(zé)，昏暴無比，是完全的獨(dú)夫，秦崩潰的條件全部成熟了。
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