清初沿明舊制，“章疏票擬，主之內(nèi)閣。軍國機要，主之議政處”。到雍正七年（公元1729年）因西北用兵，往返軍報頻繁，內(nèi)閣距內(nèi)廷太遠，皇帝不便親授機宜，故在這年元月，在內(nèi)廷設立軍機處，其全稱為“辦理軍機事務處”。初設時名為“軍機房”，雍正十年（公元1732年）改名辦理軍機處。
軍機處是分割內(nèi)閣之權，所以說它是“內(nèi)閣之分局”。軍機處在清代統(tǒng)治了180余年，成為大政所出的宰輔之區(qū)。它的體制特殊，職官簡煉，有官而無吏。它的全部工作，由軍機大臣主持，軍機章京辦理。
軍機大臣俗稱“大軍機”，分設滿、漢員，由滿、漢大學士、各部尚書、侍郎、總督等奉特旨應召入值，為兼差，人員無定額；由親王或大學士滿、漢各一員為首領，當時稱為“揆首”、“領袖”。依清制，親王不能入軍機。嘉慶四年一月，曾以軍機處事繁，命成親王永瑆在軍機處行走。同年十月，又以“非祖制”罷值。至咸豐三年（公元1853年）以后，始有親王任軍機大臣。初期，凡應皇帝召見商議政務，或依皇帝旨意起草詔諭等，均為領班軍機大臣之責。凡經(jīng)皇帝選調到軍機處工作的軍機大臣，則稱為“軍機處行走”或“軍機大臣上行走”。初入值軍機處者，若因其資歷或能力尚淺，則命在“軍機大臣上學習行走”，即是見習之意，其地位稍低，排班時列于后。一、二年后，再由領班軍機大臣專折奏請皇帝，除去“學習”二字。各軍機大臣之間，也有資格、品位高低之分，權力各不相同。例如有的滿洲大臣只準閱看滿文奏折，或新任大臣不準閱看皇帝朱批的奏折。這些不同待遇都是由皇帝親定。
據(jù)《光緒會典》卷1017記載，嘉慶五年（公元1800年）規(guī)定：軍機大臣只準在軍機處承寫當曰所奉上諭，部院稿案不準在軍機處辦理（因軍機大臣為兼職，仍保留部院原職實缺）。各部司員不準至軍機處“回事”（找他們本衙門堂官請示事務）。軍機章京辦事之處，不準閑人窺視。自王以下滿、漢文武大臣，都不準到軍機處找軍機大臣談話，“違者重處不赦”。為了嚴格執(zhí)行這些規(guī)定，每天派都察院御史一人到軍機處旁邊的內(nèi)務府值房監(jiān)視，軍機大臣散值后，才準他們退值。
軍機處初設時，所掌僅限軍務。《清史稿·軍機大臣年表序》說：“初只承廟謨商戎略而已?！钡院笫聶嘀饾u擴大，以至軍國大計莫不總攬。其具體職掌有如下幾方面：
一、負責皇帝下達諭旨的撰擬和參預官員上報之奏折文書的處理。官員上報的文書，凡折奏“請旨”者歸軍機處，照例的題本歸內(nèi)閣，直到清末未變。
二、辦理皇帝交議的大政，凡遇重要政事，皇帝不能裁決的，或交軍機處議奏，或密議，或交軍機處會同關系衙門議奏。特交的，由軍機處查議其可否，密擬辦法上奏；會同議奏的，或由軍機處主稿，或由所會衙門主稿，臨時酌定。
三、某些重大案件，皇帝特交軍機大臣審理擬定，或由軍機大臣會同三法司審擬。軍機大臣可在軍機處提訊，也可使用刑訊。應刑訊時，選用內(nèi)務府公所或于步軍統(tǒng)領衙門進行。凡秋審案件，軍機大臣也參預。
四、重要文武官員之任免及各部尚書、侍郎、各省總督、巡撫、以至道、府、學政、關差、鹽政以及駐防將軍、都統(tǒng)、駐各邊疆地區(qū)之領隊大臣、辦事大臣等官員的補放，均由軍機大臣負責開列應補人員名單，交皇帝選擇任用。遇科考，也由軍機大臣開列主考、總裁名單，奏請皇帝選用。復試或殿試，軍機大臣負責核對試卷、檢查筆跡或任命閱卷官。
五、考查行軍之山川、道里與兵馬錢糧：凡有行軍，軍機處根據(jù)有關圖書，考查山川險要，道里遠近，如系邊遠地區(qū)，圖書中沒有記載的，要考查新舊檔案并加諮訪。應用的兵馬、錢糧，則由戶部、兵部、理藩院等衙門取簡明確數(shù)備查。遇有皇帝查訊的問題，即時呈遞。
六、軍機大臣可奉皇帝旨意，以“欽差”身分，往各地檢查或處理一些政事。
軍機章京，俗稱“小軍機”，早期也稱為“司員”。最初，章京無一定額數(shù)，在內(nèi)閣中書等官員中選調。乾隆初，改由內(nèi)閣、各部、理藩院等衙門調派。自嘉慶四年（公元1799年）始，定軍機章京分滿、漢各兩班，每班8人，共32人。各班設領班、幫領班章京各1員，由軍機大臣于章京中選資深望重者任之。軍機章京的選任，據(jù)《樞恒紀略》卷7載：“漢軍機章京由內(nèi)閣中書、六部郎中、員外郎、主事、七品小京官由進士、舉人出身者兼充；滿軍機章京以內(nèi)閣中書、六部、理藩院郎中、員外郎、主事、筆帖式兼充”。光緒三十二年（公元1906年）確定漢章京額缺為20人。
軍機章京也是兼差，凡承旨入值軍機處的官員，仍為原衙門的實缺并照例升轉。軍機章京一般為五、六品，領班章京為從三品或正四品。軍機章京按例不參加京察，其獎敘升轉由軍機大臣酌情保奏，平時每屆三年奏保，凡遇修補檔案，編修方略等事結束時，均照例特保，故章京的提升較快，當時人視之為升官的捷徑。光緒三十二年（公元1906年）十二月初十曰奏定變通軍機章京升補章程，定軍機章京為實缺，其領班章京秩視三品，幫領班章京秩視四品，以下各章京俱按原品實授。并規(guī)定了三年遞升一級的升補辦法。軍機章京辦理軍機處的曰常工作，處理文書，記注檔冊，撰擬文稿等。自乾隆時傅恒任領班軍機大臣始，軍機章京亦同時負撰擬諭旨之責；還參預軍機處新承辦案件之審理；跟隨軍機大臣或單獨奉派往各省查辦和處理政務。
軍機處設于禁廷隆宗門內(nèi)靠北、乾清門外西側，軍機大臣辦公處名為軍機堂。軍機處內(nèi)部組織，不見記載。從軍機處檔案的《交片檔》看，有滿、漢軍機處之分，或簡稱“滿屋”、“漢屋”，由滿、漢章京分別任事。又《行文檔》中有“清檔案處”、“漢檔案處”之設，或稱“清檔房”、“漢檔房”，這是管理滿、漢檔案的分工。在宮廷之內(nèi)，滿屋的辦公處設在隆宗門內(nèi)之南，在軍機堂對面之左，右為漢屋。其職掌據(jù)《光緒會典》卷3所載，滿屋分管在京旗營及各省駐防和西北兩路軍營官員的補放事務，負責內(nèi)、外蒙古、藩部及喇嘛等朝貢時擬賞單，并掌管軍機處本身的一切事務性工作；漢屋辦理在京部院及各省文職官員、綠營武職官員的補放進單，王公內(nèi)外大臣賞單及擬給外國朝貢使臣賞單，辦理皇帝交下的應當查考和應當辦理的一切事情，以及負責軍機處的對外聯(lián)系，管理軍機處的檔案等工作。
軍機處的設立，是清王朝對中央行政機構的一次重大變革，表現(xiàn)出清代前期政治制度高度集權的趨向。軍機處成立以后，逐漸代替了清建國以來所依靠的滿洲親王，貝勒參預議政的制度，廢除了議政處；同時也削弱了內(nèi)閣參預國政的權力。軍機處以“君權附庸”的地位，成為凌駕于內(nèi)閣及各部、院之上的全國政務的總匯機關，軍國大計，無不總攬。
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