中醫(yī)理論主要來源于對實踐的總結，并在實踐中不斷得到充實和發(fā)展。早在兩千多年前，中國現(xiàn)存最早的中醫(yī)理論專著《黃帝內經》問世。該書系統(tǒng)總結了在此之前的治療經驗和醫(yī)學理論，結合當時的其他自然科學成就，運用樸素的唯物論和辨證法思想，對人體的解剖、生理、病理以及疾病的診斷、治療與預防，做了比較全面的闡述，初步奠定了中醫(yī)學的理論基礎?！峨y經》是一部與《黃帝內經》相媲美的古典醫(yī)籍，成書于漢之前，相傳系秦越人所著。其內容亦包括生理、病理、診斷、治療等各方面，補充了《黃帝內經》之不足。
秦漢以來，內外交通日漸發(fā)達，少數(shù)民族地區(qū)的犀角、琥珀、羚羊角、麝香，以及南海的龍眼、荔枝核等，漸為內陸醫(yī)家所采用。東南亞等地的藥材也不斷進入中國，從而豐富人們的藥材知識?！渡褶r本草經》就是當時流傳下來的、中國現(xiàn)存最早的藥物學專著。它總結了漢以前人們的藥物知識，載藥365種，并記述了君、臣、佐、使、七情和合、四氣五味等藥物學理論。長期臨床實踐和現(xiàn)代科學研究證明：該書所載藥效大多是正確的，如麻黃治喘，黃連治痢，海藻治癭等。
公元三世紀，東漢著名醫(yī)家張仲景在深入鉆研《素問》、《針經》、《難經》等古典醫(yī)籍的基礎上，廣泛采集眾人的有效藥方，并結合自己的臨床經驗，著成《傷寒雜病論》。該書以六經辨?zhèn)?，以臟腑辨雜病，確立了中醫(yī)學辨證施治的理論體系與治療原則，為臨床醫(yī)學的發(fā)展奠定了基礎。后世又將該書分為《傷寒論》和《金匱要略》。其中，《傷寒論》載方113首（實為112首，因其中的禹余糧丸有方無藥），《金匱要略》載方262首，除去重復，兩書實收劑269首，基本上概括了臨床各科的常用方劑，被譽為“方書之祖”。
西晉醫(yī)家皇甫謐（公元215～282）將《素問》、《針經》、《明堂孔穴針灸治要》三書的基本內容，進行重新歸類編排，撰成《針灸甲乙經》12卷，128篇。該書為中國現(xiàn)存最早的一部針灸專書，其內容包括臟腑、經絡、腧穴、病機、診斷、針刺手法、刺禁、腧穴主治等。書中經過考查確定了當時的腧穴總數(shù)和穴位349個（包括單穴49個，雙穴300個），論述了各部穴位的適應證與禁忌，總結了操作手法等，對世界針灸醫(yī)學影響很大。公元701年日本政府制定醫(yī)藥職令時規(guī)定，本書為醫(yī)學士必修書。
公元610年，巢元方等人集體編寫的《諸病源候論》，是中國現(xiàn)存最早的病因證候學專著。全書共50卷，分67門，載列證候1，700余條，分別論述了內、外、婦、兒、五官等各疾病的病因病理和癥狀。其中對一些疾病的病因及發(fā)病原理已描述得比較詳盡而科學。例如：對某些寄生蟲的感染，已明確指出與飲食有關；認為絳蟲病系吃不熟的肉類所致。書中還記載了腸吻合術、人工流產、拔牙等手術，說明當時的外科手術已達到較高水平。隋唐時期，由于政治統(tǒng)一，經濟文化繁榮，內外交通發(fā)達，外來藥物日益增多，用藥經驗不斷豐富，對藥物學成就進一步總結已成為當時的客觀需要。公元657年唐政府組織蘇敬等二十余人集體編修本草，于公元659年完稿，名為《唐·新修本草》（又名《唐本草》）。這是中國古代由政府頒行的第一部藥典，也是世界上最早的國家藥典。它比歐州紐倫堡政府公元1542年頒行的《紐倫堡藥典》早883年。該書共54卷，包括本草、藥圖、圖經三部分，載藥850種，在國外影響較大。公元713年，日本官方就以此書的傳抄本規(guī)定為學醫(yī)的必讀課本。
唐代醫(yī)家孫思邈（公元581～682）集畢生之精力，著成《備急千金要方》、《千金翼方》。其中，《千金要方》分為30卷，合方論5，300首；《千金翼方》亦30卷，載方2，571首。二書還對臨床各科、針灸、食療、預防、養(yǎng)生等均有論述。尤其在營養(yǎng)缺乏性疾病防治方面，成就突出。如認為癭?。ㄖ讣谞钕倌[類疾病）是因人們久居山區(qū)，長期飲用一種不好的水所致，勸告人們不要久居這些地方；對夜盲病人，采用動物肝臟治療等。公元752年，王燾著成《外臺秘要》，全書共40卷，1，104門（據(jù)今核實為1，048門），載方6，000余首，可謂集唐以前方書之大成。
宋代對中醫(yī)教育比較重視。宋政府設立“太醫(yī)局”，作為培養(yǎng)中醫(yī)人材的最高機構。學生所學課程包括《素問》、《難經》、《傷寒論》和《諸病源候論》等。教學方法也有很大改進，如針灸醫(yī)官王惟一曾設計鑄造銅人兩具（公元1026年），精細刻制了十二經脈和354個穴位，作為針灸教學和考試醫(yī)師之用?？荚嚂r，試官將銅人穴位注水，外用蠟封。受試者如取穴正確，可針進水出。是這中國醫(yī)學教育事業(yè)的創(chuàng)舉。公元1057年，宋政府專設“校正醫(yī)書局”，有計劃地對歷代重要醫(yī)籍進行了搜集、整理、考證和?？保瑲v時十余年，約在1068～1077年陸續(xù)進行。目前我們所能讀到的《素問》、《傷寒論》、《金匱要略》、《針灸甲乙經》、《諸病源候論》、《千金要方》、《千金翼方》和《外臺秘要》等，都是經過此次校訂、刊行后流傳下來的。
公元十二至十四世紀的金元時代，中醫(yī)學出現(xiàn)了許多各具特色的醫(yī)學流派。其中有代表性的有四大家、即：劉完素（公元1120～1200），認為傷寒（泛指發(fā)熱性疾?。┑母魈幇Y狀多與“火熱”有關，因而在治療上多用寒涼藥物，被后世稱之為“寒涼派”：張從正（約公元1156～1228），認為病由外邪侵入人體所生，一經致病，就應祛邪，故治療多用汗、吐、下三法以攻邪，被后世稱之為“攻下派”；李東垣（公元1180～1251），提出“內傷脾胃，百病由生”，治療時重在溫補脾胃，因脾在五行學說中屬“土”故被后世稱之為“補土派”，朱震亨（公元1281～1358），認為人體“陽常有余，陰常不足”（即認為人體常常陽氣過盛，陰氣不足），治療疾病應以養(yǎng)陰降火為主，被后世稱之為“養(yǎng)陰派”。
明代醫(yī)藥學家李時珍（公元1518～1593）親自上山采藥，廣泛地到各地調查，搞清了許多藥用植物的生長形態(tài)，并對某些動物藥進行解剖或追蹤觀察，對藥用礦物進行比較和煉制，參考文獻800余種，歷時27年之久，寫成了《本草綱目》，收載藥物1，892種，附方10，000多個，對中國和世界藥物學的發(fā)展做出了杰出的貢獻。
大約在公元十一世紀，中醫(yī)即開始應用“人痘接種法”預防天花，成為世界醫(yī)學免疫學的先驅。公元十七至十九世紀，由于傳染病的不斷流行，人們在同傳染病作斗爭的過程中，形成并發(fā)展了溫病學派。如明代吳有性認為傳染病的發(fā)生，“非風非寒，非暑非濕，乃天地間別有一種異氣所感，”他稱之為“戾氣”。他指出“戾氣”的傳染途徑是自口鼻而入，無論體質強弱，觸之皆病。這就突破了中醫(yī)學歷來認為的病邪是由體表進入人體的傳統(tǒng)理論，在細菌學尚未出現(xiàn)的十七世紀中葉，這無疑是一偉大創(chuàng)舉。到了清代，中醫(yī)在治療溫?。ò▊魅拘院头莻魅拘园l(fā)熱性疾?。┓矫娉删偷拇碇饔腥~桂的《溫熱論》、薛雪的《濕熱條辨》、吳瑭的《溫病條辨》及王士雄的《溫熱經緯》等。
清代醫(yī)家王清任（1968～1831）根據(jù)尸體解剖和臨床經驗寫成《醫(yī)林改錯》，改正了古代醫(yī)書在人體解剖方面的的一些錯誤，強調了解剖知識對醫(yī)生的重要性，并發(fā)展了瘀血致病理論與治療方法。
近百年來，隨著西醫(yī)在中國廣泛地傳播，形成中醫(yī)、西醫(yī)、中西醫(yī)結合并存的局面。一些醫(yī)家逐漸認識到中西醫(yī)各有所長，因此試圖把兩種學術加以匯通，逐漸形成了中西醫(yī)匯通學派。其代表人物及其著作是：唐宗海（1862-1918）之《中西匯通醫(yī)書五種》；朱沛文約19世紀中葉）之《華洋臟腑圖像合纂》；張錫純（1860-1933）之《醫(yī)學衷中參西錄》等。
中醫(yī)藥學是中華民族燦爛文化的重要組成部分。幾千年來為中華民族的繁榮昌盛做出了卓越的貢獻，并以顯著的療效、濃郁的民族特色、獨特的診療方法、系統(tǒng)的理論體系、浩瀚的文獻史料，屹立于世界醫(yī)學之林，成為人類醫(yī)學寶庫的共同財富。中醫(yī)藥學歷數(shù)千年而不衰，顯示了自身強大的生命力，它與現(xiàn)代醫(yī)藥共同構成了我國衛(wèi)生事業(yè)，是中國醫(yī)藥衛(wèi)生事業(yè)所具有的特色和優(yōu)勢。
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