數(shù)學有自己的理論體系,一類是基礎(chǔ)數(shù)學,一類是應用數(shù)學,再一類是計算數(shù)學。大家知道數(shù)學在天文、物理和工程領(lǐng)域得到了非常成功的應用,天文上很多小行星的發(fā)現(xiàn),包括軌道的計算都有賴于數(shù)學;物理學更是如此,量子論和相對論的提出都深深打下了數(shù)學的印記;工程方面橋梁的設(shè)計、宇宙飛船和導彈的發(fā)射等都要用到大量計算,可以說數(shù)學的應用及其價值無可估量。
數(shù)學生物學:生命是數(shù)字游戲
-----淺談數(shù)學在現(xiàn)代生命科學研究中的作用
'21世紀將是生命科學的世紀',近代生物科學的發(fā)展可以說有兩個特點:
一是微觀方向的發(fā)展,如'細胞生物學'、'分子生物學'、'量子生物學'的發(fā)展等等,顯微鏡的出現(xiàn)使得生物科學向微觀方向發(fā)展得到了可能,顯微鏡下人們可以看到生物的細胞和細胞的結(jié)構(gòu),但是顯微鏡下無法使人們了解各種細胞群體之間的互相關(guān)系。
作為一個系統(tǒng),它的發(fā)展過程以及發(fā)展趨勢,就必須用數(shù)學的方法來研究。人們可以通過顯微鏡觀察和實驗去了解生物細胞的各種特性,但是顯微鏡和實驗都不能得到綜合的結(jié)論,而這種結(jié)論也必需用數(shù)學的方法來進行,因此也可以說生命科學的微觀方向發(fā)展必不可少的要引用數(shù)學方法。
另一發(fā)展特點是宏觀方向,從研究生物體的器官、整體到研究種群、群落、生物圈,生物體、生物器官、細胞分之的研究,我們都可以通過觀察和實驗來進行,但是對于生態(tài)學的研究則不完全是這樣,數(shù)學的推理顯示了特別的重要性,可以說生態(tài)學是一個以推理為主體的科學,所以有人說'生態(tài)學就是數(shù)學'。
人們深信數(shù)學也將象顯微鏡一樣幫助人們?nèi)ソ沂旧膴W秘,生物數(shù)學的研究就是通過數(shù)學模型來實現(xiàn)的,只要模型的建立符合生物發(fā)展規(guī)律,然后通過對模型的數(shù)學推理,進而發(fā)現(xiàn)新的生命現(xiàn)象。
就如人們周知的事實一樣,在天體力學的發(fā)展史中曾有利用萬有引力的假設(shè),依靠數(shù)學模型和嚴格的數(shù)學推理,準確的預測尚未被人們發(fā)現(xiàn)的天體的具體位置和大小,人們也深信數(shù)學在生命科學中的地位。數(shù)學模型不但可以幫助人們?nèi)パ芯可矬w、了解生物體,而且可以幫助人們?nèi)グ焉铿F(xiàn)象與工程聯(lián)系起來,為生物工程的理論工作展現(xiàn)出美好的前景。
凝膠,顯微鏡和移液器是現(xiàn)代分子生物學家們的必備物品。但是基因和蛋白網(wǎng)絡的數(shù)學模型不久也將成為同等重要的工具。2000年是數(shù)學開始在主流生物學中發(fā)揮作用的一年。這一領(lǐng)域的帶頭人之一,劍橋大學的DennisBray說:'這個領(lǐng)域正在創(chuàng)造出大量的驚喜,而且有大量的人開始進入這個領(lǐng)域。'
盡管結(jié)構(gòu)生物學家們和神經(jīng)科學家們長期以來一直以來用數(shù)學來解釋他們的實驗,但是大多數(shù)的分子生物學家,細胞生物學家和發(fā)育生物學家們還沒有使用太多的數(shù)學方法。但是隨著基因組數(shù)據(jù)的積累,以及同時研究數(shù)千個細胞成分的技術(shù)的出現(xiàn),情況即將發(fā)生改變。
Bray說:'我們即將實現(xiàn)用模型來進行有意義的預測。'今年6月華盛頓大學的GeorgevonDassow和他的同事們的工作暗示了該領(lǐng)域的巨大前景1。他們的目的是使用一個由100多個微分方程構(gòu)成的模型,模仿一個幫助控制胚胎發(fā)育過程的,稱為體節(jié)極性網(wǎng)絡的果蠅基因群的行為。
但是研究者盡管努力去實現(xiàn)自己的目標,他們可能不能讓他們的虛擬基因的行為真的象果蠅。經(jīng)過幾個星期,對蛋白質(zhì)半衰期,擴散常數(shù)和結(jié)合系數(shù)等參數(shù)進行了研究,研究者們重新審視了自己模型中的各成分。
超級模型:從數(shù)學的視角來闡述基因網(wǎng)絡,如那些上圖中對果蠅發(fā)育的理解,現(xiàn)在可以提供對真實生物系統(tǒng)的很好描述。
結(jié)果發(fā)現(xiàn)似乎缺少兩個關(guān)鍵性的聯(lián)系。當vonDassow和他的同事們對有關(guān)文獻進行檢索的時候,他們發(fā)現(xiàn)了兩個表明基因產(chǎn)物可以影響基因活動的另兩個途徑的研究。應用這種數(shù)學方法已經(jīng)發(fā)現(xiàn)了被大多數(shù)生物學家們忽略了的結(jié)果蘊含的重大意義。vonDassow工作的研究組的領(lǐng)導GarretOdell說:'以我的觀點看,數(shù)學模型的作用是要告訴你你所不知道的。'
了解了這些知識之后,vonDassow和他的同事們更新了他們的模型。他們希望優(yōu)化每個基因和蛋白的活動以使模型可以工作。但是讓他們吃驚的是,該模型不僅僅可以沒有任何障礙地進行工作,而且可以容忍大量的錯誤。大約十分之九的情況下,以一個隨機數(shù)據(jù)取代模型中的一個數(shù)據(jù),不會影響基因網(wǎng)絡的整體功能。
Odell說:'這是一個可以超越人類能力的工程設(shè)計,人類做的每件事,如果任何一個部分稍稍超出耐受值或者出錯,幾乎都會以失敗告終。'
StanislasLeibler和在普林斯頓大學的同事們,建立了一個細菌對化學信號做出反應進行移動的模型,已經(jīng)發(fā)現(xiàn)了類似的耐受范圍。這些發(fā)現(xiàn)表明這種強壯特征可能正是生命的廣泛特征,這個特征是經(jīng)過漫長的進化產(chǎn)生以幫助應付無法預知的世界的。
其他研究者也正在開始應用數(shù)學模型來操作生物學系統(tǒng)。比如,波士頓大學的生物醫(yī)學工程師JamesCollins和他的同事們已經(jīng)使用不同的方程式來設(shè)計一個由一對對外部化學信號以互斥形式打開和關(guān)閉的基因構(gòu)成的回路--一種基因套索開關(guān)3。
他們通過遺傳加工將該回路置入大腸桿菌中。Leibler的研究組通過獨立工作,已經(jīng)使用一個幾乎完全一致的策略將一個基因振蕩器加工入大腸桿菌中--以更規(guī)則或更不規(guī)則的周期打開和關(guān)閉的一個基因4。
但是也許數(shù)學生物學不斷發(fā)展的重要性的最確信的信號是該領(lǐng)域新項目,甚至完全研究所的出現(xiàn)。比如,著名生物學家LeroyHood和SydneyBrenner已經(jīng)分別在西雅圖建立了系統(tǒng)生物學研究所,和加州伯克利建立了分子科學研究所。
同時,德克薩斯大學西南醫(yī)學中心的諾貝爾獎獲得者AlGilman已經(jīng)為他的細胞信號合作聯(lián)盟獲得了一筆為期5年,2500萬美元的經(jīng)費,該聯(lián)盟的工作將大大地依賴于數(shù)學模型。美國國際科學基金會也已經(jīng)感受到了數(shù)學的重要性,并且正在呼吁增加對數(shù)學研究的投資,其中的一個原因就是為了支持生物學研究。
這些改革正在將不同背景的科學家們帶到生物學實驗室來。在Odell開始將研究重點移到生物學上之前,他的研究點是流體力學;Hood的研究所已經(jīng)將GeorgeLake招至麾下,而他是一位一直從事天體物理學和星體科學研究的數(shù)學家。
也許該領(lǐng)域遇到的最大挑戰(zhàn)是讓主流細胞和分子生物學家與這些理論學家和數(shù)學家進行合作。洛克菲勒大學的理論物理學家AlbertLibchaber預言:'這一限速步驟將是一種思想狀況。'
數(shù)學推動了生物的發(fā)展,生物數(shù)學研究工作本身也推動了數(shù)學的發(fā)展。人們發(fā)現(xiàn),不但以前許多數(shù)學中的古典方法在生物科學中得到了很好的利用,而且對生物科學問題的研究,也給數(shù)學工作者提出了許多新的課題。例如近年來人們很有興趣的關(guān)于混沌現(xiàn)象的研究等等,這種新的課題的出現(xiàn)并非偶然,因為數(shù)學從研究非生命體到研究生命體是從簡單到復雜的一個飛躍。
生物數(shù)學是一門獨立的學科,是一門邊緣性的新興的學科。作為一名數(shù)學系的學生,我以數(shù)學的廣泛應用而驕傲,但也激勵我要更好的學好數(shù)學
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