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生物學(xué)家和物理學(xué)家怎么做朋友?來自生物學(xué)家的13條建議

原文作者:Ken Kosik

與物理學(xué)家合作,讓我學(xué)會更好地進行學(xué)術(shù)溝通,同時也幫助我弄清楚了自身的知識空白,Ken Kosik如是說。

神經(jīng)科學(xué)家Kenneth S. Kosik。來源:Sonia Fernandez


作為一名醫(yī)生兼科學(xué)家,當(dāng)我將實驗室從布萊根婦女醫(yī)院的波士頓長木醫(yī)學(xué)區(qū),搬到加州大學(xué)圣塔巴巴拉分校(UCSB)時,許多同事都感到非常驚訝,畢竟那里既沒有醫(yī)學(xué)院,也沒有大學(xué)附屬醫(yī)院。

我收到不止一封郵件——有疑惑、有意外、也有理解,但他們無一例外都用了感嘆號。

十年前的那次搬遷,源于我想和物理科學(xué)研究人員建立更緊密的合作關(guān)系,發(fā)現(xiàn)生物學(xué)框架內(nèi)廣泛適用的原理,層層揭開幾乎每一個生物學(xué)問題背后都隱藏著的復(fù)雜謎團。

波士頓并不缺物理學(xué)家。事實上,他們堪稱世界一流。但當(dāng)時我的實驗室位于查爾斯河的“醫(yī)學(xué)”一岸,可以說與對岸哈佛大學(xué)的物理科學(xué)實驗室相去甚遠(yuǎn)。因此,和物理學(xué)家、化學(xué)家、計算機科學(xué)家或工程師交流,非常具有挑戰(zhàn)性,特別是對于一名只接受過分子和細(xì)胞生物學(xué)訓(xùn)練的醫(yī)學(xué)博士來說。

我的目標(biāo)不是成為一名物理學(xué)家,而是和物理學(xué)家們進行對話,并在可能的情況下展開合作。之所以選擇UCSB,是因為它作為學(xué)術(shù)機構(gòu),規(guī)模相對較小,但在物理學(xué)和工程學(xué)領(lǐng)域擁有眾多杰出的人才。正是因為我的冒險舉動,在接下來的十年中,我和計算機科學(xué)、工程、物理和化學(xué)系的同事共同培養(yǎng)了許多研究生和博士后。這些合作極大地拓展了我的論文內(nèi)容的廣度。

我制定了一些簡單的規(guī)則,幫助我跨過生物學(xué)和物理學(xué)之間那道線。在學(xué)習(xí)如何與物理學(xué)家打交道的過程中,我發(fā)現(xiàn)我的溝通能力得到了提升,而且我還弄清楚了在生物學(xué),也就是我自己的領(lǐng)域中,哪些是我明白和不明白的。

01

理解物理學(xué)家口中的“我不理解”

如果物理學(xué)家說他們不能理解你所說的生物學(xué)內(nèi)容,那意味著你對這個主題可能也只是一知半解。

“理解”在不同學(xué)科中有不同的含義,當(dāng)物理學(xué)家想要“理解”某項內(nèi)容時,他們希望掌握的內(nèi)容可能和生物學(xué)家不一樣。

舉個例子,生物學(xué)家理解基因轉(zhuǎn)錄,意味著了解特定的轉(zhuǎn)錄因子及它們的結(jié)合位點,知曉RNA聚合酶的作用以及被激活的基因。

但在物理學(xué)家看來,基因的名字和結(jié)合位點——轉(zhuǎn)錄的重要內(nèi)容——都是無關(guān)緊要的細(xì)節(jié)。他們希望知道的是轉(zhuǎn)錄復(fù)合體結(jié)合到具體位點的概率分布,以及其中涉及的作用力的量化。

顯然,如果生物學(xué)家拋開固定的認(rèn)知框架,這些問題就變得非常有意義。

02

尋找共同話題

當(dāng)物理學(xué)家說他們不了解生物學(xué)領(lǐng)域的某個方面時,他們需要的并不是“生物學(xué)十萬個為什么”那樣的解釋。以我的經(jīng)驗,當(dāng)物理學(xué)家詢問生物學(xué)問題時,他們是想將物理學(xué)的思想應(yīng)用于生物學(xué);具體來說,他們試圖找到通用的數(shù)學(xué)解釋。

物理學(xué)家對既定的事實不感興趣。但生物學(xué)里有的是懸而未決。與其滔滔不絕地講述已知的生物學(xué)知識,不如講講你想解決的問題。

生物學(xué)領(lǐng)域很多有待解決的問題都是定量的細(xì)節(jié),例如單個細(xì)胞中介導(dǎo)某種功能的蛋白質(zhì)或RNA的絕對拷貝數(shù),以及細(xì)胞如何確保那么多條調(diào)節(jié)通路正常運作。細(xì)胞是否會定期進行自我維護,更換故障零件,就像人們檢修飛機那樣?還是只有發(fā)生損傷才會觸發(fā)“更換零件”?損傷有時間規(guī)律可循嗎?解答生物學(xué)中的這類未知問題,遠(yuǎn)比復(fù)述教科書上的內(nèi)容更具啟發(fā)性。

03

看清謙虛背后的驕傲

我發(fā)現(xiàn),每每涉及生物學(xué)問題,物理學(xué)家們總是表現(xiàn)得很謙虛。他們總是說生物學(xué)比物理學(xué)難多了,因為有很多東西需要記憶。他們可能會說:你知道大量細(xì)節(jié),而我只知道幾個等式。

04

數(shù)學(xué)是生物學(xué)的短板

對于大多數(shù)生物學(xué)現(xiàn)象,我們并沒有精確的方程式——這一點與物理學(xué)不同。這不是說生物學(xué)全然不涉及數(shù)學(xué),只是需要更細(xì)致的量化。缺乏量化數(shù)據(jù)是生物學(xué)的致命弱點,甚至影響到我們的日常生物學(xué)概念。

很少有生物學(xué)家能夠解釋RNA測序中使用的負(fù)二項分布;能夠在評估主動轉(zhuǎn)運和擴散時,將細(xì)胞器的形狀和距離尺度參數(shù)化;或能夠解讀生物分子縮合物相對應(yīng)的相圖——盡管越來越多生物學(xué)家對這部分內(nèi)容感興趣。

扎實的計算機知識對生物學(xué)家來說,是一筆巨大的財富,但是許多人沒有機會磨練,甚至沒有機會接觸這些技能。從我的經(jīng)驗來看,與物理科學(xué)家進行交流并開展學(xué)生聯(lián)合培養(yǎng),是彌補知識空白的第一步。

05

別被物理學(xué)家的數(shù)學(xué)唬到

物理學(xué)家做研究分析的最終目標(biāo)是獲得一個公式。寫下方程后,他們會像欣賞 Mark Rothko(馬克·羅斯科)的畫作一樣,凝視它們,然后可能提出一種解釋。即便你沒有很多物理學(xué)基礎(chǔ),不知道哈密頓量或無法對伊辛相變進行建模,你仍能和物理學(xué)家進行卓有成效的溝通。請記住,對于數(shù)學(xué),物理學(xué)家比數(shù)學(xué)家更敏感,數(shù)學(xué)家不受現(xiàn)實束縛并將周圍世界視為一個約束。

愛因斯坦說過:“數(shù)學(xué)定律離現(xiàn)實越近,就越不確定;數(shù)學(xué)定律越確定,離現(xiàn)實就越遠(yuǎn)?!鄙飳W(xué)家必須充分接受不確定性。與物理學(xué)理論良好的預(yù)測性相比,生物學(xué)領(lǐng)域的預(yù)測(例如進化)更像股市周期——只有在回顧時,才能真正看清。

06

首先確定大小尺度

從這個角度考慮一下:大部分情況下,物理學(xué)家所做的研究與生物學(xué)家所做的研究相比,尺度體系不同,環(huán)境溫度也不同。

生物學(xué)家應(yīng)該知道大分子的大小——包括細(xì)胞器和與之相關(guān)的細(xì)胞,并首先考慮它們對應(yīng)的物理學(xué)體系尺度是什么。

07

物理學(xué)家對精確度要求更高

物理學(xué)家對結(jié)論的準(zhǔn)確性要求更高。當(dāng)你得到P值小于0.05的結(jié)果時,他們并不會特別興奮。對他們而言,P值等于0.05,就仿佛用棒球擊中谷倉門:你不會失手的。

08

避免太多專業(yè)術(shù)語

讓物理學(xué)家頭大的最快方法是什么?背誦生物學(xué)術(shù)語,例如基因表和通路。仔細(xì)想想,這會讓任何人頭昏腦脹。

09

不必事無巨細(xì)

物理學(xué)家不必知道所有被控制的條件。他們需要的只是概念,他們會假定你已經(jīng)適當(dāng)控制了變量并選擇了正確的實驗方法。如果要為物理學(xué)家做“粉筆演講”(畫圖解說),請務(wù)必強調(diào)概念想法,而不是詳細(xì)的數(shù)據(jù)和技術(shù)。物理學(xué)家進行判斷的基礎(chǔ)是清晰、有力、令人信服的想法。

10

 理性看待預(yù)期

物理學(xué)家會期待你建造自己的設(shè)備。如果一個理論家提出了這個意見,不要放在心上。但如果是實驗人員提出的,那或許你就不得不承認(rèn)為買現(xiàn)成的設(shè)備,你可能多花了很多錢。

11

理解“最優(yōu)”和“差不多”

生物學(xué)過程自帶進化潛能,因此一時得到的解決方案未必是最佳的。比如,如果你想設(shè)計一個能夠行走的機器,以人作為模型可能不是最好的,因為人類步行未必是到達目的地最有效的方法。物理學(xué)世界沒有進化,因此常常被假定是根據(jù)最優(yōu)參數(shù)運行的。相比之下,生物學(xué)則在所謂的“沃丁頓地帶”(Waddington terrain)中運行:即使不是最高效的,只要差不多,生物學(xué)過程也能夠正常發(fā)揮作用。

12

物理學(xué)家眼中的還原論

使用還原論方法處理復(fù)雜生物體系,并不一定意味著將這些體系拆減為多個小單元。使用涉及多個變量的系統(tǒng)方法解決生物學(xué)問題,本身就很容易吸引物理學(xué)家,因為它們在概念上與統(tǒng)計力學(xué)問題類似——將微觀和宏觀特性與很大的自由度聯(lián)系在一起,且無法提出精確的答案。如果生物學(xué)家可以使用這些術(shù)語,對研究問題進行描述,也許就能吸引到物理學(xué)家。

13

配合物理學(xué)家的幽默

物理學(xué)家的笑點很奇怪,幾乎所有出乎意料的事情都可以帶來歡樂。物理學(xué)家的笑話一般都很有內(nèi)涵,并非瞬間就能找到笑點。但笑一笑無妨——即便你并不覺得好笑,反正他們也看不出來。

選擇適合自己的路

最后,我想說,我走的道路并非適合每一個人。首先得知道自己想要什么。如果你不愿與非同行的專家接觸,或者不想鉆研可能與自身領(lǐng)域沒有明確聯(lián)系的主題,那么我所選擇的路可能并不適合你。但如果你不僅能夠適應(yīng)這種跨學(xué)科合作的方法,而且迫切希望從外界獲得靈感,那么就大膽地邁出第一步吧,沒什么比未知世界更值得期待的了。


今日互動


原來生物學(xué)家是這樣與物理學(xué)家打交道的, 這13條建議對你有用嗎?

啊,你說你是學(xué)物理的!

那么物理學(xué)家又是怎么想的呢?從物理學(xué)家的角度,如何從物理跨進生物呢?

????

想知道嗎?千萬不要錯過明天的推送哦!

原文以Thirteen tips for engaging with physicists, as told by a biologist標(biāo)題發(fā)表在2020年 1月6日的職業(yè)專欄上

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Nature|doi:10.1038/d41586-019-03960-z

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