一般納稅人與小規(guī)模納稅人的計(jì)稅方法不同，使得這兩類納稅人的增值額相同而增值稅稅負(fù)不同。
計(jì)稅方法。一般納稅人采用購(gòu)進(jìn)扣稅法，按17%、13%的稅率計(jì)稅，基本計(jì)算公式為：
當(dāng)期應(yīng)納稅額 = 當(dāng)期銷項(xiàng)稅額－當(dāng)期進(jìn)項(xiàng)稅額
=銷售額×稅率 －購(gòu)進(jìn)額×稅率
=（銷售額－購(gòu)進(jìn)額）×稅率
=增值額×稅率
=銷售額×增值率×稅率
增值率 =（銷售額 －購(gòu)進(jìn)額）÷銷售額
這里的增值率相當(dāng)商業(yè)企業(yè)的銷售毛利率。
而商業(yè)企業(yè)小規(guī)模納稅人不按一般納稅人的規(guī)定計(jì)算應(yīng)納稅額，而是按照簡(jiǎn)易辦法計(jì)算納稅，即：對(duì)其銷售貨物或應(yīng)稅勞務(wù)，以其銷售額乘以4%的征收率計(jì)算應(yīng)納稅額，不得抵扣進(jìn)項(xiàng)稅額，基本計(jì)算公式為：
應(yīng)納稅額 =銷售額×征收率。
小規(guī)模納稅人的稅負(fù)明顯高于一般納稅人。小規(guī)模納稅人與一般納稅人發(fā)生相同的購(gòu)銷業(yè)務(wù)，前者增值稅稅負(fù)重。假設(shè)某企業(yè)從一般納稅人處購(gòu)入存貨，不含稅價(jià)為R，適用17%的稅率，以含稅價(jià)Rt銷售。
如果該企業(yè)屬于一般納稅人，那么:
其不含稅銷售價(jià)為:Rt/（1+17%），
進(jìn)銷差價(jià)為：[Rt/（1+17%）]－R，
銷售毛利率 ={[Rt/（1+17%）]－R}/[Rt/（1+17%）]
=1-1.17R/Rt
如果該企業(yè)屬于小規(guī)模納稅人，進(jìn)項(xiàng)稅額不準(zhǔn)抵扣，那么:
其進(jìn)價(jià)為：R（1+17%），因?yàn)椴荒艿挚圻M(jìn)項(xiàng)稅額，按有關(guān)會(huì)計(jì)制度規(guī)定，進(jìn)項(xiàng)稅額計(jì)入所購(gòu)貨物的成本。
不含稅銷售價(jià)為：Rt/（1+4%），
進(jìn)銷差價(jià)為：[Rt/（1+4%）]－[R（1+17%）]，
銷售毛利率 ={[Rt/（1+4%）]－[R（1+17%）]}/[Rt/（1+4%）]
=1-1.22R/Rt
因此，發(fā)生同樣購(gòu)銷業(yè)務(wù)，小規(guī)模納稅人的銷售毛利率比一般納稅人低:
（1-1.17R/Rt）－（1－1.22R/Rt）=0.05R/Rt,
其增值稅稅負(fù)相對(duì)較重。特別是隨著目前國(guó)內(nèi)買方市場(chǎng)的出現(xiàn)，平均利潤(rùn)率降低，一般納稅人的稅負(fù)可以隨著增值率的下降而降低，而小規(guī)模納稅人的征收率是固定不變的，與其利潤(rùn)率的升降無(wú)關(guān)，導(dǎo)致兩類納稅人的稅負(fù)差異加大。
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