公元前110年（西漢武帝元封元年），海南始置珠崖、儋耳郡，標(biāo)志著中央政權(quán)對(duì)海南島及南海諸島直接統(tǒng)治的開始。此后，隨著生產(chǎn)發(fā)展和航海技術(shù)的進(jìn)步，我國(guó)人民經(jīng)常航行于南海之上，并在西沙群島和南沙群島一帶居住和生產(chǎn)。南海諸島與祖國(guó)大陸的關(guān)系越來越密切，歷代統(tǒng)治者對(duì)南海和南海諸島的認(rèn)識(shí)不斷加深。
唐代唐代，海南島環(huán)島已建置有北部的崖州、西部的儋州、南部的振州（今三亞市），振州，前身為臨振縣，607年（隋朝大業(yè)三年），增設(shè)臨振郡，622年（唐高祖武德五年）改郡為州，時(shí)號(hào)振州。《舊唐書地理志》（嶺南道:振州）中已有振州管轄海南島南部海域的記載。自此以后大陸中原王朝對(duì)南海諸島的行政管轄從未中斷過。724年（唐開元十二年），由僧一行等人主持子午線測(cè)量，南至南海及南海諸島，并曾在南海上對(duì)有關(guān)星座進(jìn)行了測(cè)量。這是行使主權(quán)之舉。
宋代位于海南島島北的崖州南移，改振州為崖州，后易名為朱崖軍，繼后又改為吉陽(yáng)軍。由吉陽(yáng)軍直接管轄南海諸島。當(dāng)時(shí)，北宋朝廷首命水師出巡至“九乳螺州”（即今西沙群島），這是我國(guó)海軍最早的巡?；顒?dòng)。
元朝1278年（元世祖至元十五年），將海南的瓊州改為瓊州路。仍由吉陽(yáng)軍管轄南海諸島。是時(shí)，宋代的軍制多已改州，唯四川行省的長(zhǎng)寧軍和湖廣行省的南寧（今儋州市）、萬安（今萬寧市）、吉陽(yáng)（今三亞市）三軍未改，是以特殊行政制度管理邊疆的方法，可見其統(tǒng)治者對(duì)海防邊疆的重視。元世祖忽必烈還親派著名天文學(xué)家郭守敬到西沙群島進(jìn)行天文觀測(cè)，表明主權(quán)歸屬元代王朝而無疑。
明朝海南設(shè)立統(tǒng)一的地方行政管理機(jī)構(gòu)——瓊州府，隸屬?gòu)V東?；謴?fù)崖州、儋州、萬州。將南海諸島劃歸瓊州府領(lǐng)屬的萬州管轄。并明確區(qū)分為“南澳氣”、“七洲洋”、“萬里長(zhǎng)沙”、“萬里石塘”等四大島群（即今的東沙、西沙、中沙、南沙群島）。
清朝前期和中期基本沿襲明制不變。至清明后期，東沙群島歸屬惠州管轄。西沙群島、南沙群島、中沙群島仍由海南的萬州管轄。自此南海諸島分屬于不同的兩個(gè)州級(jí)地方行政機(jī)構(gòu)管轄。
民國(guó)1911年辛亥革命后，廣東省政府宣布把西沙群島劃歸海南崖縣（今三亞市）管轄。1921年，南方軍政府又重申了這一政令。
第二次世界大戰(zhàn)結(jié)束后，根據(jù)1947年中英美三國(guó)的《開羅宣言》和1945年7月《波茨坦公告》的精神，中國(guó)政府指派高級(jí)專員，前往西沙群島進(jìn)行接收，在島上舉行接收儀式，重豎主權(quán)碑；并在南沙群島中最大的島嶼——太平島駐軍隊(duì)和設(shè)立漁民服務(wù)站。
中華人民共和國(guó)我國(guó)政府繼續(xù)對(duì)西沙群島、南沙群島、中沙群島的島礁及其海域行使主權(quán)，對(duì)行政管理體制的調(diào)整和完善。
1959年3月24日，中央政府批準(zhǔn)成立“西南中沙工作委員會(huì)”，并設(shè)立了西沙群島、南沙群島、中沙群島辦事處（簡(jiǎn)稱西南中沙群島辦事處），當(dāng)時(shí)隸屬于廣東省。
1969年3月4日更名為“廣東省西、南、中沙群島革命委員會(huì)”。
1981年10月22日再次恢復(fù)為“廣東省西沙群島、南沙群島、中沙群島辦事處”的縣級(jí)辦事機(jī)構(gòu)。
1984年10月1日海南行政區(qū)成立后由行政區(qū)人民政府接管。
1988年4月13日海南建省成立后，西南中沙辦也隨之劃歸海南省管轄。
1988年9月19日正式更名為“海南省西沙群島、南沙群島、中沙群島辦事處”（簡(jiǎn)稱西南中沙群島辦事處）。為海南省人民政府的派出行政機(jī)構(gòu)，為縣級(jí)編制。中國(guó)共產(chǎn)黨海南省委員會(huì)的派出機(jī)構(gòu)為“中國(guó)共產(chǎn)黨海南省西沙群島、南沙群島、中沙群島工作委員會(huì)”（簡(jiǎn)稱西南中沙群島黨工委、西南中沙工委或西沙工委等），與辦事處合署辦公，實(shí)行“兩塊牌子，一套班子”的體制。工委、辦事處駐西沙群島以及整個(gè)南海諸島中最大的島嶼永興島，負(fù)責(zé)行使西沙群島、南沙群島、中沙群島及其邊臨海域的主權(quán)與管轄權(quán)。海南省西沙群島、南沙群島、中沙群島辦事處下分西沙群島、中沙群島、南沙群島三個(gè)鄉(xiāng)級(jí)行政區(qū)。
2007年11月19日，國(guó)務(wù)院批準(zhǔn)海南省人民政府的提議，將設(shè)立正式的縣級(jí)市“三沙市”，取代海南省西沙群島、南沙群島、中沙群島辦事處來管理這三個(gè)群島，此次設(shè)立縣級(jí)市三沙市因越南方面風(fēng)波而被迫中止，但仍然掛名存在。并將由距離西沙群島最近的文昌市來承擔(dān)三沙市的補(bǔ)給工作，三沙市的后勤補(bǔ)給基地、碼頭供給基地將會(huì)建在文昌市的清瀾港。
2012年6月21日，國(guó)務(wù)院正式批準(zhǔn)撤銷海南省西沙群島、南沙群島、中沙群島辦事處，將此前的縣級(jí)三沙市升格并設(shè)立為地級(jí)市“三沙市”，管轄西沙群島、中沙群島、南沙群島的島礁及其海域。三沙市人民政府駐西沙永興島。
