鄧元起字仲居，南郡當(dāng)陽人。少年時就有膽略才干，具俠義之氣，在齊朝官作到武寧太守。梁武帝起兵時，蕭穎胄寫信征召他，他當(dāng)天就起身上路，率兵和武帝在夏口會合。齊和帝即位，委任他為廣州刺史。齊中興元年(501)，任益州刺史，仍為伐齊的前軍將軍。平定建康后，進(jìn)官號為征虜將軍。天監(jiān)初年，封為當(dāng)陽縣侯，才開始到益州去上任。
當(dāng)初，梁武帝起兵時，益州刺史劉季連態(tài)度曖昧。等聽說元起到任，便出兵抗拒。元起到巴西，巴西太守朱士略開城門迎降。先前蜀地人民為避兵多逃亡山中，這時都爭相出山投奔元起，都說是起義響應(yīng)朝廷。元起軍隊(duì)在路上日子長了，軍糧快要斷絕，有人向元起進(jìn)言說：“蜀郡的政令廢弛。戶口不實(shí)，如果檢查巴西一郡的戶籍，對隱瞞戶籍的人課以重罰，一定會收獲不小?！痹鹫J(rèn)為不錯。涪縣令李膺勸諫說：“使君前有嚴(yán)陣以待之?dāng)常竺鏇]有后繼援兵，山中人剛剛歸附，對我們還處于觀察階段，如果措施太苛刻，他們一定不能忍受。眾心一旦離散，后悔就來不及了。請讓我另想辦法，不怕軍資糧草不足?！痹鹫f：“好哇，這事就全委托你了?！崩钼咄顺?，率領(lǐng)富戶捐獻(xiàn)軍糧，很快得到三萬斛。
元起進(jìn)兵屯駐西平，季連才開始布置軍隊(duì)環(huán)城守衛(wèi)。當(dāng)時益州久遭兵禍，農(nóng)耕荒廢，城內(nèi)外的都受饑餓威脅，以至人吃人，路斷人稀。劉季連走投無路，正好第二年武帝使人來赦免季連之罪，并準(zhǔn)予投降，于是季連當(dāng)日便開城迎元起入城，元起派人把他送往建康。
元起任用同鄉(xiāng)庾黔婁為錄事參軍，又得荊州刺史蕭遙欣的舊客蔣光濟(jì)，都給予厚待，把州里的政務(wù)交他們辦理。黔婁很廉潔，光濟(jì)多計(jì)謀，都勸助元起行施仁政。元起克服劉季連時，城內(nèi)的財(cái)寶不據(jù)為私有，勤政愛民，從不談?wù)撠?cái)物女色。他很能喝酒，飲一斛也不醉，到這時也把酒戒了，受到蜀地人士的稱頌。元起舅舅的兒子梁矜孫性情輕浮，和庾黔婁的志向行事不合，于是就對元起挑撥說：“城里頭人們都說有三個刺史，您怎么能受得了呢？”元起因此而疏遠(yuǎn)黔婁而政績漸不如前。
在益州任上二年后，因母親年老請求回家奉養(yǎng)，武帝下詔準(zhǔn)許。征召他為右衛(wèi)將軍，用西昌侯蕭淵藻代替他。當(dāng)時梁州長史夏侯道遷占據(jù)南鄭叛亂，招引北魏將領(lǐng)王景胤、孔陵攻打東、西晉壽郡，兩郡派人告急，眾人勸元起趕快救援，元起說：“朝廷距此萬里之遙，軍隊(duì)如不能馬上到達(dá)，一旦賊寇勢力蔓延，那時需要用兵討伐，統(tǒng)領(lǐng)軍隊(duì)的責(zé)任，不是我還有誰呢？為什么現(xiàn)在這樣著急催促我？”黔婁等人苦苦勸說，他一概不聽。等梁武帝下詔授以他兵符，令他統(tǒng)率各路軍馬救援漢中，這時，北魏已攻占了兩晉壽郡。
蕭淵藻將要到來前，元起大肆收拾行裝，把儲備的糧食器械都準(zhǔn)備帶走。蕭淵藻入城后，向元起要匹好馬，他說：“小毛孩子，要馬干什么?！睖Y藻惱恨，乘他醉酒把他殺死。元起部下包圍成都，大哭并追問原因，淵藻害怕，謊稱：“天子有詔令?！北娙瞬派⑷ァＳ谑撬虺⒓賵?bào)元起謀反，武帝對此懷疑。有官員追加彈劾，要求取消他的爵位封地，武帝下詔減去一半封邑，封為松滋縣侯。元起舊時部下廣漢人羅研到朝廷上為他訴冤，武帝說：“果然與我料想的一樣?！庇谑桥扇巳ヘ?zé)備蕭淵藻說：“元起平益州是為你報(bào)仇，你殺他卻是為仇人報(bào)仇，忠孝之道哪里去了？”貶蕭淵藻官號為冠軍將軍。追贈元起為征西將軍，賜鼓吹儀仗一部，謚為忠侯。
當(dāng)初，元起在荊州時，刺史隨郡王蕭子隆上奏齊帝薦他作從事別駕，荊州別駕庾蓽堅(jiān)決不同意，元起很惱恨他。后來梁武帝的軍隊(duì)到建康城下，庾蓽在城里很害怕。平定建康后，元起先派人把庾蓽接出來，對別人說：“庾別駕要是被亂兵殺了，我就沒法說清楚了?！庇谑琴浰外咨溤S多錢財(cái)。少年時有一次到他家在西沮的田舍，碰上有和尚登門乞討，他有稻米近二十斛，全都施舍給和尚。當(dāng)時人們稱贊他這兩件事辦得有氣量。元起剛被委任為益州刺史時，路過江陵接他的母親，他母親信奉佛教，正在家里頭做佛事，不肯離去。元起拜請她和自己同行。他母親說：“你貧賤家的孩子忽然得到了富貴，怎么會保持長久？我寧可死在這里，也不能和你一起陷進(jìn)災(zāi)禍。”元起行至巴東，聽到蜀地動亂，讓蔣光濟(jì)卜筮，碰上《蹇》卦，長嘆道：“我難道是鄧艾而碰上這種事了嗎？”后來果然應(yīng)了卜筮的結(jié)果。
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