Divenn 可以將來(lái)自多個(gè)RNA-seq實(shí)驗(yàn)中的基因列表進(jìn)行比較，并顯示每個(gè)基因(集)的調(diào)控水平和整合到Kegg pathway和GO term的數(shù)據(jù)信息。我們通過(guò)該工具更加方便的了解重疊基因與其相關(guān)的pathway或Go terms之間的表達(dá)模式，十分有趣。

Divenn有以下三種優(yōu)勢(shì)：

• 添加基因表達(dá)調(diào)控信息于Venn圖中（可比較多個(gè)數(shù)據(jù)集）
• 交互性可視化整合于GO和代謝通路數(shù)據(jù)庫(kù)的生物注釋，可高亮感興趣的基因node
• 高分辨率的圖形和基因相關(guān)信息輸出

Github地址：https://github.com/BCH-RC/DiVenn

網(wǎng)頁(yè)地址：https://divenn.tch.harvard.edu/

視頻地址：https://www.youtube.com/watch?v=A7Ldx24e9UU&feature=youtu.be

輸入數(shù)據(jù)

當(dāng)前支持兩種類型的輸入數(shù)據(jù)：

1. 兩列tab分割的自定義數(shù)據(jù)。比如Gene ID 和相應(yīng)的通路信息，轉(zhuǎn)錄因子和它們所調(diào)節(jié)的下游基因，microRNAs和相應(yīng)的靶基因。注意：第二列數(shù)據(jù)必須設(shè)置為 "1" 或者 "2"。
2. 基因表達(dá)數(shù)據(jù) 第一列為GeneID，第二列為基因調(diào)節(jié)信息，也就是我們鑒定到的差異基因上下調(diào)信息，設(shè)置"1"為上調(diào)，"2"為下調(diào)基因。如果我們想去鏈接這些基因至KEGG通路或者GO數(shù)據(jù)庫(kù)，開(kāi)發(fā)者提供支持14個(gè)模式物種。目前，通路分析只接受3種類型的ID: KEGG, Uniport,和NCBI。所有的agriGO數(shù)據(jù)庫(kù)內(nèi)支持的ID都支持在Divenn中GO分析。

示例文件可以參考：https://divenn.tch.harvard.edu/data.html

可視化

我們選擇物種，分組設(shè)置為3組，加載示例文件進(jìn)行可視化，點(diǎn)擊提交

在圖形上滾動(dòng)鼠標(biāo)滾輪將放大/縮小圖形。

左鍵點(diǎn)擊一個(gè)節(jié)點(diǎn)會(huì)顯示連接的邊緣顏色，這將顯示每個(gè)實(shí)驗(yàn)的基因調(diào)控狀態(tài)。雙擊同一節(jié)點(diǎn)將隱藏連接邊的顏色。

右鍵單擊一個(gè)節(jié)點(diǎn)將顯示5個(gè)功能選項(xiàng):顯示或隱藏一個(gè)或所有節(jié)點(diǎn)標(biāo)簽，顯示該基因或所有基因通路或GOterm。這樣我們能方便的查看各個(gè)交集或者獨(dú)立基因集設(shè)計(jì)的功能信息~

右側(cè)面板show Gene Details中選中pathway或者Gene Ontology, 即可生成所有基因相關(guān)的功能及通路信息的表格，且支持搜索排序。

如果需要在基于此表格中篩選部分基因重新作圖，可選中后面的復(fù)選框。按SHIFT進(jìn)行加選。最后點(diǎn)擊表格下方的“Redraw”按鈕將所選基因重新繪制出圖。

之后我們點(diǎn)擊右側(cè)的保存圖形即可，支持svg、png和jpg三種格式，感興趣的快去試試吧~~

參考文獻(xiàn)

Sun, Liang, et al. "DiVenn: An Interactive and Integrated Web-based Visualization Tool for Comparing Gene Lists." Frontiers in Genetics (2019),doi: 10.3389/fgene.2019.00421.