馬來西亞是君主立憲，國王僅是象征性的職位，但柔佛州是個例外，他們甚至有自己的小型“御林軍”。
柔佛王朝除了需要應付葡萄牙，蘇門答臘北方也出現(xiàn)了勁敵——亞齊王朝。三方之間互相攻伐，多是柔佛王朝占下風，當中亦曾發(fā)生幾次國都遭亞齊焚毀，蘇丹遭擄殺的屈辱事件。
由于血統(tǒng)問題，盤陀訶羅王朝立國不久就遭宣稱蘇丹馬末二世遺腹子的碩坡王子（Siak，蘇門答臘小國）攻擊，之后更有來自蘇拉威西島望加錫的武吉斯人卷入權(quán)力斗爭。隨著武吉斯人取得最后勝利，武吉斯人首領被委任為副王，掌控大權(quán)并與馬六甲的荷蘭人爭奪馬六甲海峽及錫礦貿(mào)易的經(jīng)濟利益；而蘇丹則淪為傀儡。
當英國人斯坦?！とR佛士于1818年抵達新加坡，并欲與天猛公阿都拉曼簽訂協(xié)定，在當?shù)亟⒅趁駬?jù)點。但是根據(jù)廖內(nèi)蘇丹和荷蘭之間的條約，天猛公無權(quán)代表蘇丹與外國定約。當時新加坡正由柔佛廖內(nèi)蘇丹阿都拉曼穆阿占沙統(tǒng)治。當萊佛士得知蘇丹阿都拉曼穆阿占沙的兄長東姑胡先本該是王位繼承人（由于其父王駕崩時，人正在彭亨訪問而不在身邊，遂被取消資格），他隨即覲見并宣布支持東姑胡先出任蘇丹，聲稱英國只承認東姑胡先為合法的廖內(nèi)蘇丹，而東姑胡先則于1819年2月6日和英國簽署條約，租借新加坡予英國為商港用途。
1824年，英國與荷蘭簽署1824年英荷條約，蘇丹胡先統(tǒng)治的柔佛本土（包括新加坡）歸英國人而蘇丹阿都拉曼穆阿占沙掌控的廖內(nèi)群島范圍則劃歸荷蘭，至此柔佛盤陀訶羅王朝一分為二。
1855年，蘇丹阿里（蘇丹胡先的繼任者）與新加坡的英國人簽署條約，同意將柔佛統(tǒng)治權(quán)交予天猛公阿都拉曼之子達因依布拉欣(DaengIbrahim)，而蘇丹阿里本身的統(tǒng)治僅限于麻坡地區(qū)。達因依布拉欣(DaengIbrahim)在華裔富商黃亞福的協(xié)助下，在正對新加坡的柔佛南部建立新都丹絨布蒂里(TanjongPuteri)。
1866年，達因依布拉欣之子蘇丹阿布巴卡正式登基為柔佛天猛公王朝第一任蘇丹，并于1877年蘇丹阿里駕崩后收回麻坡的統(tǒng)治權(quán)。蘇丹阿布巴卡將丹絨布蒂里改名為柔佛峇魯（JohorBahru）。他把新山由一個漁村發(fā)展成一個市鎮(zhèn)，接著將發(fā)展計劃逐一延伸到其它的小地方。蘇丹阿布巴卡采用了稱之為“柔佛政府文職機關”的西方制度來管理內(nèi)政的工作，也將這先進的管理制度提倡給公眾。蘇丹阿布巴卡是柔佛州第一位憲法條規(guī)的設立者。以后他被冠上“現(xiàn)代柔佛之父”的稱號。
隨著國際市場對甘蜜和胡椒的需求增加，大量的中國移民前來柔佛開港（見港主制度），振興柔佛州的經(jīng)濟。從1910年代到1940年代，柔佛一直都是整個馬來半島最大的橡膠產(chǎn)地，同時至今還一直是最大的棕櫚油出產(chǎn)州。
二戰(zhàn)時期，柔佛州是馬來半島最后一個被日軍攻占的州屬。新山淪陷后，日軍利用城中的武吉士嶺行宮作為攻占新加坡的指揮部。光復后，拿督翁加化在新山皇宮建立巫統(tǒng)，柔佛也在1948年加入馬來亞聯(lián)合邦。
今日的柔佛州，是一個繁榮、富裕的州屬。它的經(jīng)濟迅速發(fā)展，其來源自農(nóng)業(yè)、制造業(yè)和旅游業(yè)，而當中的農(nóng)業(yè)和制造業(yè)則是州內(nèi)最主要的經(jīng)濟活動。
2015年6月，柔佛二王子發(fā)了一張貼圖，表明若中央政府違反條約，柔佛可退出馬來西亞聯(lián)邦。這張貼圖引來了不少人在佳禮網(wǎng)發(fā)表言論。有的甚至已在討論柔佛獨立后的細節(jié)了。
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