windows下，我的軟件都安裝在D盤，所以每次重做系統(tǒng)都是格式化C（系統(tǒng)），D（軟件），其他的不動。linux下我一開始也是如是考慮，后來慢慢發(fā)現(xiàn)我對linux的系統(tǒng)理解不能照搬windows（廢話……無奈當時慣性思維嚴重……）。linux里理論上，軟件可以隨便放在你要的地方，反正系統(tǒng)知道，不過大部分情況下，/usr和/home下都是好選擇（也是推薦的），一般軟件也都會在/etc（全局）或者/home/yourname（針對用戶:yourname）下存放軟件的配置文件（有點像windows里一些軟件的配置存放在我的文檔里，很多游戲就這么做的）。
我個人把linux里的軟件分為兩類，一類是基礎包，一類是應用軟件，linux就像積木，很多基礎包一層層依賴性的堆建起來，構建出一個平臺，應用軟件在這個平臺上運行。大部分基礎包我都用源直接apt安裝（針對Ubuntu，別的發(fā)行版沒怎么用過），應用軟件分情況，源里的夠好就apt，不夠好就自己編譯。
自己編譯的軟件我一般放在/usr/local/xxxx（xxxx是軟件名稱）。如果是多用戶使用的機器，放在/home/yourname下可能更好吧。
下面針對你的問題說下，
/usr里確實裝不少軟件（或者叫包，庫什么的），不過不一定都在這里。
/home下都是各個用戶的主文件夾
重裝的時候，我一般格式化“/boot”，“/”這倆個。我的/home是單獨的一個分區(qū)，/boot是一個單獨的分區(qū)，/是一個單獨的分區(qū)。
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