納稅檢查后，關(guān)于所偷稅款的補征，國稅發(fā)[1998]66號《國家稅務(wù)總局關(guān)于一般納稅人發(fā)生偷稅行為如何確定偷稅數(shù)額和補稅罰款的通知》第二條是這樣規(guī)定的：“偷稅款的補征入庫，應(yīng)當(dāng)視納稅人不同情況處理，即：根據(jù)檢查核實后一般納稅人當(dāng)期全部的銷項稅額與進項稅額（包括當(dāng)期留抵稅額），重新計算當(dāng)期全部應(yīng)納稅額，若應(yīng)納稅額為正數(shù)，應(yīng)當(dāng)作補稅處理，若應(yīng)納稅額為負(fù)數(shù)，應(yīng)當(dāng)核減期末留抵稅額?！睂τ谠鲋刀悪z查后企業(yè)如何進行帳務(wù)調(diào)整，國稅發(fā)[1998]44號文件的附件2：《增值稅檢查調(diào)帳方法》也作了詳細(xì)的規(guī)定。因此，稅務(wù)檢查人員在計算補征稅款時就要先計算出所偷稅款及滯納金，然后還必須從偷稅當(dāng)期逐期調(diào)整計算直至當(dāng)前納稅期，并根據(jù)計算結(jié)果要求納稅人逐期進行帳務(wù)調(diào)整。于是就出現(xiàn)了下列五種情況和不同的申報納稅數(shù)額及不同的稅務(wù)處理方式。
情況一：檢查結(jié)果為“應(yīng)交稅金——增值稅檢查調(diào)整”科目借方余額，檢查當(dāng)期，納稅人“應(yīng)交稅金——應(yīng)交增值稅”科目為借方余額或零，調(diào)整后企業(yè)期末留抵稅額大于或等于調(diào)整稅額。例如：檢查人員發(fā)現(xiàn)某商業(yè)企業(yè)將未付款的進項稅額3000元予以抵扣，做出補稅罰款加收滯納金的處理，于付款月份準(zhǔn)予抵扣并逐期調(diào)整，檢查結(jié)果為增值稅檢查調(diào)整科目借方余額為3000元，納稅人期末留抵稅額1000元或期末沒有留抵稅額。調(diào)整后此種情況納稅人雖然補交了稅款和滯納金與罰款，但所補交稅額要并入檢查當(dāng)期留抵稅額，還原帳務(wù)處理的真實面目。因此，納稅人在填報當(dāng)前增值稅申報表時申報表上期留抵稅額的數(shù)額就等于期末留抵稅額（1000元或0）加已交納的稅額（3000元）。于是就必然出現(xiàn)了當(dāng)前增值稅少納（不納）或結(jié)轉(zhuǎn)下期留抵稅額的結(jié)果。出現(xiàn)這種情況納稅人一般都積極與稅務(wù)部門聯(lián)系，要求調(diào)增稅務(wù)申報大系統(tǒng)里的留抵稅額，稅務(wù)部門也應(yīng)及時調(diào)增納稅人的留抵稅額，以便正常納稅申報。
情況二：檢查結(jié)果為“應(yīng)交稅金——增值稅檢查調(diào)整”科目是貸方余額，檢查當(dāng)期，納稅人“應(yīng)交稅金——應(yīng)交增值稅”科目為借方余額，調(diào)整后期末留抵稅額小于查補稅額。例如：檢查人員檢查某企業(yè)少計收入1000元，應(yīng)調(diào)增銷項稅額170元，該企業(yè)上期留抵稅額100元。此種情況檢查人員計算稽查結(jié)果為查補偷稅額減去當(dāng)前留抵稅額等于應(yīng)補交稅額。納稅人交納查補稅額與留抵稅額之差（70元）后，“應(yīng)交稅金——應(yīng)交增值稅”科目借方余額為零。納稅人在填報當(dāng)前增值稅申報表時上期留抵稅額就應(yīng)該為零。這時稅務(wù)機關(guān)必須及時從稅務(wù)申報大系統(tǒng)里調(diào)減該納稅人的上期留抵稅額。出現(xiàn)這種情況幾乎很少有納稅人主動找稅務(wù)機關(guān)要求調(diào)減上期留抵稅額，如果稅務(wù)申報大系統(tǒng)里留抵稅額沒有得到及時調(diào)整，就有可能存在部分查補稅款再次流失的隱患。
情況三：檢查結(jié)果為“應(yīng)交稅金——增值稅檢查調(diào)整”科目貸方余額，檢查當(dāng)期，納稅人“應(yīng)交稅金——應(yīng)交增值稅”科目為借方余額。調(diào)整后當(dāng)前留抵稅額大于查補稅額。同情況二的例，只是企業(yè)上期留抵稅額為200元。此種情況納稅人只交納所偷稅款的滯納金與罰款，查補稅款從期末流抵稅款中沖減，因此，填報當(dāng)前增值稅申報表上期留抵稅額就應(yīng)該等于調(diào)整前“應(yīng)交稅金——應(yīng)交增值稅”科目借方余額與查補稅額之差（200-170=30元）?！皯?yīng)交稅金——應(yīng)交增值稅”科目借方余額就由上期的200元調(diào)減為30元。此種情況稅務(wù)機關(guān)也必須及時調(diào)減稅務(wù)申報大系統(tǒng)里該企業(yè)的上期留抵稅額。否則就會形成全部查補稅款流失的可能。
情況四：檢查結(jié)果為“應(yīng)交稅金——增值稅檢查調(diào)整”科目為貸方余額，檢查當(dāng)期，納稅人“應(yīng)交稅金——應(yīng)交增值稅”科目為借方余額，經(jīng)過調(diào)整正好與納稅人上期留抵稅額相等，也就是調(diào)整后當(dāng)前留抵稅額等于查補稅額。此種情況納稅人只交納偷稅額所形成的滯納金和罰款，查補稅款與期末流抵稅額相抵。這時納稅人“應(yīng)交稅金——應(yīng)交增值稅”科目借方余額為零。納稅人在填報當(dāng)前增值稅申報表時上期留抵稅額也應(yīng)該為零。此種情況稅務(wù)機關(guān)也應(yīng)及時將該納稅人的上期留抵稅額從稅務(wù)申報大系統(tǒng)中調(diào)減為零。否則也將造成全部查補稅款流失的隱患。
情況五：檢查結(jié)果為“應(yīng)交稅金——增值稅檢查調(diào)整”科目貸方余額，檢查當(dāng)期，納稅人“應(yīng)交稅金——應(yīng)交增值稅”科目借方余額為零。此種情況納稅人直接交納查補稅款與滯納金、罰款，并進行帳務(wù)調(diào)整。稅務(wù)機關(guān)不涉及留抵稅額的調(diào)整。
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