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本研究針對(duì)來自全球的28060份宏基因組和2898個(gè)腸道細(xì)菌基因組數(shù)據(jù)分析其中噬菌體序列，利用VirFinder和VirSorter篩選到4500萬個(gè)contig，通過“machine-learning approach”過濾可移動(dòng)遺傳元件（MGE），并利用基因密度和假想蛋白質(zhì)分?jǐn)?shù)來區(qū)分質(zhì)粒和整合性接合元件(ICE)中的噬菌體從而提高序列集的質(zhì)量，最終通過95%的ANI值進(jìn)行序列過濾，得到142809個(gè)腸道噬菌體序列，構(gòu)建了迄今為止最完整的人類腸道噬菌體數(shù)據(jù)庫(GPD)，通過CheckV評(píng)估，組裝的噬菌體基因組中，9.4%達(dá)到完整水平，19.6%為高質(zhì)量基因組。與其他腸道噬菌體數(shù)據(jù)庫（IMG/VR、GVD、refSeq）相比，GPD中噬菌體基因組中值為~31 kb，是其他數(shù)據(jù)庫的2-3倍。根據(jù)序列相似度≥90%＆覆蓋度≥75%構(gòu)建病毒群體（VCs）。

通過收集2898個(gè)高質(zhì)量的人類腸道細(xì)菌分離體基因組，預(yù)測(cè)每個(gè)噬菌體預(yù)測(cè)最可能的細(xì)菌宿主，通過在原始集合中分析原噬菌體以及 CRISPR spacers，我們將40932個(gè)GPD噬菌體與2157個(gè)菌株關(guān)聯(lián)起來。共現(xiàn)性分析發(fā)現(xiàn)在92%的時(shí)間里，噬菌體與其預(yù)測(cè)的宿主同時(shí)存在于同一個(gè)宏基因組樣本中。在人腸道常見的四種菌門中（Firmicutes,Bacteroidetes, Proteobacteria, and Actinobacteriota），GPD噬菌體更傾向于感染Firmicutes。

針對(duì)GDP中的28060個(gè)宏基因組進(jìn)行分析，通過計(jì)算樣本間的Jaccard距離，發(fā)現(xiàn)北美、歐洲和亞洲的噬菌體組成與非洲和南美樣本具有顯著差異。推測(cè)人體腸道噬菌體的組成模式與人類生活方式差異息息相關(guān)，如城市和農(nóng)村不同的生活方式會(huì)造成腸道噬菌體組成的差異，人體腸道微生物群落中的細(xì)菌組成也會(huì)影響噬菌體組成，普氏菌科細(xì)菌（Prevotellaceae bacteria）在生活在農(nóng)村的人體腸道中更為常見，而擬桿菌類細(xì)菌（Bacteroides）在生活在城市的人體腸道中更為常見，基于噬菌體的宿主溯源數(shù)據(jù)發(fā)現(xiàn)，非洲和南美宏基因組樣本中Prevotellaceae 家族的比例明顯高于北美、歐洲、亞洲和澳大利亞；相反，擬桿菌噬菌體在北美、歐洲、亞洲和澳大利亞的人腸道微生物群中明顯更為普遍。

crASS家族包括10個(gè)屬，具有明顯的全球分布性，所以我們推測(cè)VCs也具有全球性，通過分析得到280個(gè)至少在五大洲中發(fā)現(xiàn)的VCs。在這280個(gè)VCs中，有119個(gè)屬于尾病毒目，其中有10個(gè)屬于短尾噬菌體科、28個(gè)屬于肌尾噬菌體科和43個(gè)長(zhǎng)尾噬菌體科。全球分布的VCs-宿主網(wǎng)絡(luò)圖中發(fā)現(xiàn)，普雷沃菌屬與37個(gè)VCs密切相關(guān)，其次糞桿菌屬和羅斯氏菌屬。同時(shí)還發(fā)現(xiàn)全球分布的噬菌體比在單一大陸發(fā)現(xiàn)的噬菌體分類跨度更大，說明VCs的宿主范圍廣泛有助于它們?cè)谌祟愔辛餍小?/span>