01
以Miseq為代表的Illumina測序儀
（二代）
輸入：
支持預(yù)先準(zhǔn)備好的SampleSheet作為文件輸入（部分機器也支持全界面式下一步操作）
優(yōu)點：1、提前配置好測序類型，如單端測序或雙端測序、測序讀長、文庫類型和數(shù)量、樣本名稱等。2、支持樣本名和文庫的直接配對，輸出測序文件名稱中涵蓋樣本名，便于區(qū)分。
缺點：如填寫不正確，影響測序分樣。雖然有補救方法可重新分樣，但浪費時間。
輸出：在默認(rèn)路徑（如D:\Illumina）下，建立時間戳文件夾，在該文件夾下輸出分樣后的測序文件。文件格式為*.fastq.gz。
優(yōu)點：直接分樣；按照samplesheet中樣本名分樣，容易區(qū)分。
02
BGIseq華大測序儀
（二代）
輸入：
測序儀自帶可視化操作系統(tǒng)，設(shè)置時基本是下一步下一步的方式進(jìn)行，無samplesheet
優(yōu)點：簡單，無需單獨填寫文庫信息
輸出：
在默認(rèn)路徑下，建立時間戳文件夾，在該文件夾下輸出分樣后的測序文件。文件格式為*.fastq.gz。
優(yōu)點：直接分樣。
缺點：（1）輸出所有文庫（包含沒有上機的）。比如上機的樣本數(shù)是48，只用了48個barcode，但是測序儀還是會按照96個barcode執(zhí)行拆分，拆分出一些空文件。
（2）輸出fastq文件是按barcode命名，與樣本的對應(yīng)關(guān)系需要分析人員一一對應(yīng)。
03
Nanopore
（三代）
輸入：
測序儀自帶系統(tǒng)設(shè)置，下一步下一步的方式進(jìn)行，無samplesheet
輸出：在默認(rèn)路徑下，建立時間戳文件夾，在該文件夾下的pass/fastq文件夾下輸出多個fastq格式的文件（默認(rèn)為每4000條序列保存于一個文件）。
優(yōu)點：數(shù)據(jù)實時產(chǎn)生。
缺點：對于多個樣本同時上機的情況，需對測序數(shù)據(jù)額外進(jìn)行分樣。
簡單的小結(jié)一下：
三款測序儀的相同點：
1、輸出的都是fastq或fastq.gz文件。
2、各測序儀都有圖形化的操作軟件供實驗人員使用。
3、輸出文件都存放在默認(rèn)路徑下的帶時間戳的文件夾下。
三款測序儀的不同點：
1、Illumina和BGIseq支持自動分樣，Nanopore不支持。
2、Nanopore實時產(chǎn)生測序數(shù)據(jù)，Illumina和BGIseq需要在測序反應(yīng)全部完成的情況下再等1個小時左右時間等待數(shù)據(jù)文件輸出。
3、Illumina通過samplesheet的方式支持樣本管理以及樣本與數(shù)據(jù)的配對。
End
微微碎碎念：以上信息只是基于筆者操作過的測序儀所總結(jié)的，也有特殊型號測序儀有不同要求的可能性哦。具體信息還是要以測序儀廠家官方信息為準(zhǔn)。
每一天獲得一點微小的收獲和進(jìn)步。小確幸的科研也很好。與君共勉！
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