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【好文共賞】全基因組測序在細(xì)菌性傳染病檢測和監(jiān)測中的應(yīng)用

Kan B, Zhou H, Du P, Zhang W, Lu X, Qin T, Xu J. Transforming bacterial disease surveillance and investigation using whole-genome sequence to probe the trace. Front Med. 2018 Jan 9. doi: 10.1007/s11684-017-0607-7. [Epub ahead of print] Review. PubMed PMID: 29318441.

雖然傳統(tǒng)和分子生物學(xué)方法已經(jīng)解決了很多流行病學(xué)問題,然而在疫情爆發(fā)的及時(shí)發(fā)現(xiàn)和溯源方面仍有許多問題亟待解決。

隨著近年來高通量測序技術(shù)的發(fā)展,其立足于DNA水平,同時(shí)兼具了準(zhǔn)確度高和通量大的特點(diǎn),不僅在科學(xué)研究和臨床檢測方面發(fā)揮了巨大作用,也為疾病的預(yù)防和控制,特別是傳染病的檢測和監(jiān)測帶來了新的方法。

這篇于2018年剛剛發(fā)布的精彩綜述,回顧并總結(jié)了基因組測序應(yīng)用于流行病學(xué)研究的諸多方法和經(jīng)典案例。篇幅所限,能力所限,筆者不能一一詳述,取其中一二精彩片段與各位共享。

子標(biāo)題一覽

本文的子標(biāo)題總結(jié)的非常精要,恰恰是基因組測序在疾控應(yīng)用的幾個(gè)重要方向,例如

Identifying outbreaks on the basis of bacterial genome sequencing” -如何基于基因組信息發(fā)現(xiàn)疫情暴發(fā)

Tracing pathogen transmission”-如何基于基因組信息追蹤病原體的傳播

Discovering new modes or ways of transmission”-如何基于基因組發(fā)現(xiàn)新的傳播方式或模式

Identifying new clones or clades”-基于基因組如何發(fā)現(xiàn)新的病原菌或新的型別

Applications of bacterial genomic sequencing in regional and global surveillance networks for infectious diseases”-細(xì)菌基因組測序在傳染病區(qū)域和全球監(jiān)測網(wǎng)絡(luò)中的應(yīng)用

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